پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 161 |
| تعداد شماره‌ها | 6,532 |
| تعداد مقالات | 70,500 |
| تعداد مشاهده مقاله | 124,090,889 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 97,194,715 |
شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با تعداد نتاج متولد شده در بزهای نژاد مورسیانو-گرانادینا بر پایه روش نشانه‌های انتخاب | ||
| تولیدات دامی | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 11 آذر 1403 | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/jap.2024.375737.623793 | ||
| نویسندگان | ||
| حسین محمدی1؛ امیرحسین خلت آبادی فراهانی* 2 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران | ||
| 2گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه اراک، ایران | ||
| چکیده | ||
| هدف: طی دهه‌های اخیر تمایل به شناسایی مناطق ژنومی که حاوی ژن‌های کاندیدای که هدف انتخاب بوده‌اند، رو به افزایش بوده است. شناسایی نشانه-های انتخاب می‌تواند دیدگاه‌های ارزشمندی در مورد ژن‌ها و یا مناطق ژنومی که تحت انتخاب مثبت بوده و یا هستند فراهم کند که به نوبه خود منجر به درک بهتر ارتباط ژنوتیپ با فنوتیپ می‌شود. هدف از این مطالعه، شناسایی ژن‌های کاندیدای و مناطق ژنومی تحت انتخاب مثبت مرتبط با صفت تعداد نتاج متولد شده در بزهای نژاد مورسیانو-گرانادینا از طریق روش‌های شناسایی ردپای انتخاب بود. روش پژوهش: در این پژوهش اطلاعات ژنوتیپی مربوط به 643 رأس بزهای غیر خویشاوند نژاد مورسیانو-گرانادینا تعیین ژنوتیپ شده با آرایه‌های 50K استفاده شد. ابتدا جهت اطمینان از کیفیت داده‌های تعیین ژنوتیپ، مراحل مختلف کنترل کیفیت روی داده‌های اولیه تعیین ژنوتیپ شده انجام شد. برای فیلتراسیون داده‌های ژنوتیپ شده، ابتدا نمونه‌هایی که فراوانی نرخ تعیین ژنوتیپ آنها کمتر از 90 درصد بود، شناسایی و حذف شد. در مرحله بعد نشانگرهایی که حداقل فراونی آللی در آنها کمتر از یک درصد بود حذف شدند. سپس نشانگرهایی که نرخ تعیین ژنوتیپ آنها در نمونه‌ها کمتر از 90 درصد بود شناسایی و حذف شدند. برای شناسایی نواحی ژنومی تحت انتخاب از دو آزمون آماری برآوردگر نااریب FST و hapFLK استفاده شد. ژن‌های کاندیدا با استفاده از SNPهایی که در بازه‌ی 1/0 درصد ارزش بالای این دو آزمون واقع شده بودند شناسایی شدند. در نهایت، برای تفسیر بهتر عملکرد ژن‌های به دست آمده از پایگاه‌های اطلاعاتی آنلاینGeneCards و UniProtKB استفاده شد. یافته‌ها: نتایج حاصل از آماره تتا در این پژوهش منجر به شناسایی نه منطقه ژنومی روی کروموزوم‌های مختلف گردید که شامل ژن‌های KMT2E، CAMK2D، CTNNAL، DACH1، DNMT3B و STK3 با عملکردهای متفاوتی در رشد اووسیت، توسعه و تفرق فولیکول‌های تخمدانی، اسپرماتوژنزیس، باروری، رشد و توسعه سلول‌های گرانولوزا بودند. همچنین با بررسی QTLهای گزارش شده در مناطق ژنومی ارتولوگوس گاو، مرتبط با تعداد اسپرم و اندازه گوساله بودند. همچنین نتایج حاصل از آماره hapFLK در این پژوهش منجر به شناسایی چهار منطقه ژنومی روی کروموزوم‌های یک، دو، پنج و 11 شد و ژن‌های کاندیدای شامل EDA2R، KCNH7 و CNOT11 مرتبط با فولیکوژنز و اسپرماتوژنزیس بودند. بررسی QTLهای گزارش شده در مناطق انتخابی با مرتبط فاصله گوساله‌زایی قرار داشتند. نتیجه‌گیری: ژن‌هایی که در نواحی ژنومی شناسایی شدند، می‌توانند بر اساس عملکرد به‌عنوان کاندیداهای تحت انتخاب مثبت مطرح باشند. در هر حال نیاز به بررسی‌های پیوستگی و عملکردی بیشتری جهت شناسایی عملکرد ژن‌ها است. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| آماره FST؛ آزمون hapFLK؛ ژن کاندیدا؛ بز؛ باروری | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 27 |
||