شناسایی ژنومی تنوع تعداد کپی (CNV) در گوسفند نژاد عربی افغانستان با استفاده از آرایه Ovine 50k SNPChip | ||
| تولیدات دامی | ||
| مقاله 1، دوره 22، شماره 4، زمستان 1399، صفحه 501-513 اصل مقاله (837.51 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/jap.2020.295903.623493 | ||
| نویسندگان | ||
| رقیه محمودی1؛ محمدحسین مرادی* 2؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی2؛ محمدعثمان کریمی3 | ||
| 1دانش آموخته کارشناسی ارشد.گروه علوم دامی، دانشگاه اراک، اراک، ایران | ||
| 2استادیار. گروه علوم دامی. دانشکده کشاورزی و محیط زیست. دانشگاه اراک. ایران. | ||
| 3استادیار. گروه علوم دامی. دانشکده کشاورزی، دانشگاه هرات، هرات، افغانستان | ||
| چکیده | ||
| هدف از این تحقیق شناسایی تنوع تعداد کپی (CNV) در سطح ژنوم یکی از نژادهای گوسفند کشور افغانستان به نام نژاد عربی و بررسی ارتباط مناطق ژنومی حامل این نوع تنوع، با مسیرهای بیولوژیکی مختلف بود. برای این منظور 15 نمونه حیوان با سن های مختلف از محیط پرورش این دام ها در استان هرات افغانستان جمع آوری و سپس با استفاده از آرایه هایIllumina Ovine 50kSNP تعیین ژنوتیپ شدند. پس از اجرای مراحل مختلف کنترل کیفیت داده ها، شناسایی تنوع CNV در سطح ژنوم این حیوانات با استفاده از مدل Hidden Markov نرم افزار PennCNV (نسخه 1/0/3) انجام شد. نتایج حاصل نشان داد که تمام حیوانات مورد مطالعه دارای تغییر در تعداد کپی در سطح ژنوم بودند. در مجموع، 306 تنوع CNV در تمام کروموزوم های اتوزومی شناسایی شد. کل طول توالی این مناطق ژنومی معادل 128 مگاجفت باز و متوسط CNV به ازای هر گوسفند 20/4 مگا جفت باز بودند. پس از ادغام مناطق همپوشان در مجموع 286 ناحیه CNVR شناسایی شد. این مناطق ژنومی به منظور بررسی مسیرهای متابولیکی مرتبط با آن ها مورد ارزیابی های بیوانفورماتیکی قرار گرفت. نتایج مطالعه هستی شناسی، نشان داد که بسیاری از این مناطق با مسیرهای بیولوژیکی مختلفی مانند باروری و عملکرد تولیدمثلی، خصوصیات لاشه و وزن بدن، توسعه سیستم ایمنی و سیستم اسکلتی-ماهیچه ای در ارتباط هستند. | ||
| کلیدواژهها | ||
| آنالیزهای هستی شناسی؛ تغیرات تعداد کپی (CNV)؛ تنوع ژنتیکی؛ شناسایی ژنومی؛ گوسفندان افغانی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1,009 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 634 |
||