بررسی اثر متقابل ژنوتیپ و محیط با جانهی داده ژنومی شبیه سازی شده با استفاده از مدل های حیوانی مختلف | ||
| تولیدات دامی | ||
| مقاله 3، دوره 20، شماره 3، پاییز 1397، صفحه 375-387 اصل مقاله (1008.43 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/jap.2018.260153.623292 | ||
| نویسنده | ||
| یوسف نادری* | ||
| استادیار و عضو هیات علمی دانشگاه آزاد اسلامی واحد آستارا | ||
| چکیده | ||
| هدف از این تحقیق ارزیابی مدلهای تک-صفتی و چند-صفتی در سناریوهای مختلف ژنومی با در نظر گرفتن جانهی جهت برآورد صحت پیشبینی ژنومی و تشخیص وجود اثر متقابل ژنوتیپ و محیط (G × E) بود. دادههای ژنومی با تعداد متفاوت جایگاههای صفات کمی (90 و 900) و سطوح مختلف عدم تعادل پیوستگی (کم و زیادLD = ) برای تراکم K50 شبیهسازی شدند. سپس بهطور تصادفی 90 درصد نشانگرها حذف و در مرحله بعد این نشانگرها از طریق نرمافزار Flmpute (نسخه 2/2) جانهی شدند. میانگین صحت جانهی در سناریوهای با LD زیاد و کم بهترتیب 976/0 و 943/0 بود. در همه سناریوهای شبیهسازیشده تفاوت جزئی بین صحت ژنومی دادههای اصلی و جانهی مشاهده شد. صحت ژنومی با کاهش سطح LD، وراثتپذیری و همبستگی ژنتیکی بین صفات کاهش یافت. استفاده از مدل چند-صفتی نسبت به مدل تک- صفتی باعث افزایش صحت ژنومی شد. سطح LD و همبستگی ژنتیکی بین محیطهای مختلف، در صورت وجود اثر متقابل محیط و ژنوتیپ نقش مهمی را ایفا کردند. لحاظ کردن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط و تأثیر آن بر افزایش صحت ژنومی از یک طرف و جانهی تراشههای با تراکم کم به تراکم زیاد (خصوصاً در سناریوهای با LD بالا) جهت کاهش هزینههای ژنومی از طرف دیگر، میتواند راه حل مناسب و کاربردی جهت بهبود انتخاب ژنومی باشد. | ||
| کلیدواژهها | ||
| صحت جانهی؛ صحت ژنومی؛ عدم تعادل پیوستگی؛ مدل حیوانی چند صفتی؛ همبستگی ژنتیکی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 673 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 742 |
||