سامانه پشتیبانی خدمات اطلاعات

  اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات162
تعداد شماره‌ها6,692
تعداد مقالات72,232
تعداد مشاهده مقاله129,200,385
تعداد دریافت فایل اصل مقاله102,030,118
آتشی, هادی, گرگانی فیروزجاه, نرجس. (1394). مطالعۀ اثر افزایش شمار نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روشrrBLUP. , 46(2), 195-200. doi: 10.22059/ijas.2015.55651
هادی آتشی; نرجس گرگانی فیروزجاه. "مطالعۀ اثر افزایش شمار نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روشrrBLUP". , 46, 2, 1394, 195-200. doi: 10.22059/ijas.2015.55651
آتشی, هادی, گرگانی فیروزجاه, نرجس. (1394). 'مطالعۀ اثر افزایش شمار نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روشrrBLUP', , 46(2), pp. 195-200. doi: 10.22059/ijas.2015.55651
آتشی, هادی, گرگانی فیروزجاه, نرجس. مطالعۀ اثر افزایش شمار نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روشrrBLUP. , 1394; 46(2): 195-200. doi: 10.22059/ijas.2015.55651

مطالعۀ اثر افزایش شمار نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روشrrBLUP

علوم دامی ایران
مقاله 11، دوره 46، شماره 2، تیر 1394، صفحه 195-200    اصل مقاله (420.42 K)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2015.55651
نویسندگان
هادی آتشی* 1؛ نرجس گرگانی فیروزجاه2
1استادیار، گروه علوم دامی، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه شیراز
2کارشناس ارشد، گروه علوم دامی، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه شیراز
چکیده
انتخاب ژنومی، روشی برای پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی، با استفاده از شمار زیادی نشانگر است. هزینۀ فراوان ژنوتیپ‌کردن تعداد زیادی حیوان برای تعداد زیادی نشانگر، کاربرد گستردۀ انتخاب ژنومی را محدود می‌کند. هدف این مطالعه، بررسی اثر استفاده از تراکم کم تا متوسط نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از مدل rrBLUP بود. صفات با وراثت‌پذیری 10، 20 و 40 درصد شبیه‌سازی شد. ژنوم شبیه‌سازی‌شده دارای25 جفت کروموزوم بدنی، هرکدام با طول یک مورگان بود. شمار نشانگرها روی 25 کروموزوم،12500، 27500 و 50000 نشانگر بود که 125، 250، 500 و 1000 QTL در طول کروموزوم‌ها توزیع تصادفی شدند. میانگین حداقل مربعات صحت برآوردهای ژنومی، بین سطوح متفاوت وراثت‌پذیری و بین تراکم‌های متفاوت نشانگرها، متفاوت بود (P< 0.05). در صفات با وراثت‌پذیری کم (10 درصد)، افزایش تعداد نشانگرها در تراکم‌های کم (250) یا زیاد (1000)QTL بر صحت ارزیابی ژنومی تأثیر نداشت، اما در تراکم‌های متوسط QTL (250 و 500QTL ) صحت ارزیابی ژنومی را افزایش داد. در صفات با وراثت‌پذیری متوسط (20 درصد) افزایش تعداد نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی تأثیر نداشت. در صفات با وراثت‌پذیری بالا (40 درصد) افزایش تعداد نشانگرها در تراکم‌های کم QTL (125) صحت ارزیابی ژنومی را افزایش داد، اما در تراکم‌های متوسط یا زیاد QTL (250، 500 و 1000) بر صحت ارزیابی ژنومی تأثیر نداشت.
کلیدواژه‌ها
تراکم نشانگر؛ صحت برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی؛ وراثت‌پذیری
مراجع
  1. Calus, M. P. L., Meuwissen, T. H. E., De Roos, A. P. W. & Veerkamp, R. F. (2008). Accuracy of genomic selection using different methods to define haplotypes.Genetics, 178, 553-561.
  2. Daetwyler, H. D., Pong-Wong, R., Villanueva, B., & Woolliams, J. A. (2010). The impact of gnetic architecture on genome-wide evaluation methods.Genetics, 185, 1021-1031.
  3. Dekkers, J. C. M. (2004). Commercial application of marker and gene-assisted selection in livestock: strategies and lessons. Journal of Animal Science, 82, E-Suppl, E313-E328.
  4. Goddard, M. E. (2009). Genomic selection: prediction of accuracy and maximisation of long term response. Genetica, 136, 245-257.
  5. Habier, D., Fernando, R. L., & Dekkers, J. C. M. (2007). The impact of genetic relationship informationon genome-assisted breeding values.Genetics, 177, 2389–2397.
  6. Habier, D., Fernando, R. L., & Dekkers, J. C. M. (2009). Genomic selection using low-density marker panels.Genetics, 182, 343–353.
  7. Hayes, B. J., Bowman, P. J., Chamberlain, A. J., & Goddard, M. E. (2009). Invited review: Genomic selection in dairy cattle: Progress and challenges. Journal of Dairy Science,92, 433-443.
  8. Hill, W. G., & Robertson, A. (1968). Linkage disequilibrium in finite populations. Theoretical and Applied Genetics, 38, 226-231.
  9. Meuwissen, T. H. E. (2009). Accuracy of breeding values of unrelated individuals predicted by dense SNP genotyping. Genetics Selection Evolution, 41, 35.
  10. Meuwissen, T. H. E., Hayes, B. J., & Goddard, M. E. (2001). Prediction of total genetic value using genome-wide dense marker maps.Genetics, 157, 1819-1829.
  11. Meuwissen, T., & Goddard, M. (2010). Accurate prediction of genetic values for complex traits by whole-genome resequencing. Genetics, 185, 623-631.
  12. Muir, W. M. (2007). Comparison of genomicand traditional BLUP-estimated breeding value accuracy and genomic parameters.Journal of Animal Breeding and Genetics, 124, 342-355.
  13. R Development Core Team (2011). R: A Language and Environment for Statistical Computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria.
  14. Saatchi, M., Miraei-Ashtiani, S.R., Nejati-Javaremi, A., Moradi-Shahrebabak, M.,& Mehrabani-Yeghaneh, H. (2010). The impact of information quantity and strength of relationship between training set and validation set on accuracy of genomic estimated breeding values. African Journal of Biotechnology, 9, 438-442.
  15. 15-Sargolzaei, M., & Schenkel, F. S. (2009). QMSim: a large-scale genome simulator for livestock. Bioinformatics, 25, 680-681.
  16. SAS. 2003. User’ s Guide: Statistics, Version 9.1 Edition. Inst., Inc., Cary, NC.
  17. Schaeffer, L. R. (2006). Strategy for applying genome-wide selection in dairy cattle.Journal of Animal Breeding and Genetics, 123, 218-223.
  18. Solberg, T. R., Sonesson, A. K., Woolliams, J. A., & Meuwissen, T. H. E. (2008). Genomic selection using different marker types and densities.Journal of Animal Science, 86: 2447-2454.
  19. VanRaden, P. M., O,Connell, J. R., Wiggans, G. R., & Weigel, K. A. (2011). Genomic evaluations with many more genotypes.Genetics Selection Evolution, 43, 10.
  20. Weigel, K. A., de los Campos, G., Gonzalez-Recio, O., Naya, H., Wu, X. L., Long, N., Rosa, G. J. M., & Gianola, D. (2009). Predictability of direct genomic values for lifetime net merit of Holsteinsires using selected subsets of single nucleotide polymorphism markers.Journal of Dairy Science, 92, 5248-5257.
  21. Zhang, Z., Zhang, Q. & Ding, X. (2011). Advances in genomic selection in domestic animals.Chinese Science Bulletin, 56, 2655-2663.
 

آمار
تعداد مشاهده مقاله: 1,739
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 1,195





سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب