
تعداد نشریات | 163 |
تعداد شمارهها | 6,762 |
تعداد مقالات | 72,827 |
تعداد مشاهده مقاله | 131,650,073 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 103,423,914 |
الگوی هموزیگوسیتی، هتروزیگوسیتی و همخونی ژنومی در جمعیت گوسفندان حساس و مقاوم به گندیدگی سم | ||
علوم دامی ایران | ||
دوره 56، شماره 1، فروردین 1404، صفحه 35-51 اصل مقاله (1.8 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2024.372913.654001 | ||
نویسندگان | ||
فاطمه ابراهیمی؛ محسن قلی زاده* ؛ ایوب فرهادی | ||
گروه علوم دامی، دانشکده علوم دام و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران | ||
چکیده | ||
در مطالعه حاضر، ضریب همخونی ژنومی بر اساس الگوی هموزیگوسیتی در مناطق ژنومی گوسفندان حساس و مقاوم به گندیدگی سم برآورد شد. برای این منظور، از گوسفندان آلپاین سوئیس ) 154 رأس حیوان سالم در مقابل 76 رأس حیوان بیمار شدید) که با تراشه SNP 600K تعیین ژنوتیپ شده بودند، استفاده شد. ضریب همخونی ژنومی از 03/0 تا 13/0، با میانگین 09/0 برای کل ژنوم متغیر بود. بیشترین درصد ضریب همخونی ژنومی مربوط به کروموزوم 2 (5/85 درصد در 65 شمارش) و 1 (3/84 درصد در 129 شمارش) و کمترین درصد آن مربوط به کروموزوم 8 (65/0 درصد در 1 شمارش) بود. در جمعیت سالم 68959 الگوی هموزیگوسیتی و 731026 الگوی هتروزیگوسیتی و در جمعیت بیمار 34569 الگوی هموزیگوسیتی و 364125 الگوی هتروزیگوسیتی شناسایی شد. با استفاده از الگوی هموزیگوسیتی، بالاترین درصد مشاهدات جمعیت سالم (79/98 درصد) مربوط به دسته 0-6 مگا جفتباز و کمترین درصد مشاهدات (01/0 درصد) مربوط به دسته بیش از 48 مگا جفتباز بود. همچنین بالاترین درصد مشاهدات جمعیت بیمار مربوط به دسته 0-6 مگا جفتباز بود (81/98 درصد) و کمترین درصد مشاهدات مربوط به دسته 24-48 مگا جفتباز (01/0 درصد) بود. برای هتروزیگوسیتی، بالاترین درصد مشاهدات جمعیت سالم مربوط به دسته0-6 مگا جفتباز (99/99 درصد) و کمترین درصد مشاهدات مربوط به دسته 6-12 مگا جفتباز بود؛ در جمعیت بیمار، کمترین درصد مشاهدات در دسته 6-12 مگا جفتباز و 24-48 مگا جفتباز بود. در مجموع، جمعیت سالم، همخونی قدیمیتر، تعداد الگوی هموزیگوسیتی و هتروزیگوسیتی و همچنین میانگین طول الگوی هتروزیگوسیتی بیشتری نسبت به جمعیت بیمار داشت. | ||
کلیدواژهها | ||
الگوی هموزیگوسیتی؛ الگوی هتروزیگوسیتی؛ ضریب همخونی ژنومی؛ نشانه انتخاب؛ گوسفند آلپاین | ||
مراجع | ||
REFERENCESAndreini, C., Banci, L., Bertini, I. & Rosato, A. (2006). Counting the zinc-proteins encoded in the human genome. Journal of Proteome Research, 5(1), 196-201. Biscarini, F., Cozzi, P., Gaspa, G. & Marras, G. (2018). detectRUNS: Detect runs of homozygosity and runs of heterozygosity in diploid genomes. Biscarini, F., Mastrangelo S., Catillo, G., Senczuk, G., & Ciampolini, R. (2020). Insights into genetic diversity, runs of homozygosity and heterozygosity-rich regions in Maremmana semi-feral cattle using pedigree and genomic data. Animals (Basel), 10, 2285. Bjelland, D.W., Weigel, K.A., Vukasinovic N., & Nkrumah. J.D. (2013). Evaluation of inbreeding depression in Holstein cattle using whole genome SNP markers and alternative measures of genomic inbreeding. Journal of Dairy Science, 96, 4697-4706. Burren, A., Flury, C., Aeschlimann, C., Hagger, C. & Rieder, S. (2012). Population structure and genetic diversity of Swiss sheep breeds. Agrarforschung Schweiz, 19(3), 140-147. Carracelas, B., Navajas, E.A., Vera, B. & Ciappesoni, G. (2022). Genome-Wide Association Study of Parasite Resistance to Gastrointestinal Nematodes in Corriedale Sheep. Genes, 13(9), 1548. Ceballos, F. C., Joshi, P. K., Clark, D. W., Ramsay, M., & Wilson, J. F. (2018). Runs of Homozygosity: Windows into Population History and Trait Architecture. Nature Review Genetics, 19, 220–234. Curik, I., Ferenčaković, M., & Sölkner, J. (2014). Inbreeding and runs of homozygosity: A possible solution to an old problem. Livestock Sciience, 166, 26–34, Dhungyel, O., Schiller, N., Eppleston, J., Lehmann, D., Nilon, P., Ewers, A. & Whittington, R. (2013). Outbreak-specific monovalent/bivalent vaccination to control and eradicate virulent ovine footrot. Vaccine, 31(13), 1701-1706. Dzomba, E.F., Chimonyo, M., Pierneef, R. and Muchadeyi, F.C. (2021). Runs of homozygosity analysis of South African sheep breeds from various production systems investigated using OvineSNP50k data. BMC genomics, 22(1), 1-14. Hamazaki, Y., Itoh, M., Sasaki, H., Furuse, M. & Tsukita S. (2002). Multi-PDZ domain protein 1 (MUPP1) is concentrated at tight junctions through its possible interaction with claudin-1 and junctional adhesion molecule. Journal of Biological Chemistry, 277, 455–61. Hildersley, K.A., McNeilly, T.N., Gillan, V., Otto, T.D., Löser, S., Gerbe, F., Jay, P., Maizels, R.M., Devaney, E. & Britton, C. (2021). Tuft cells increase following ovine intestinal parasite infections and define evolutionarily conserved and divergent responses. Frontiers in Immunology, 12, 781108. Huang, D.W., Sherman, B.T., & Lempicki, R.A. (2009). Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources. Nature protocols, 4(1), 44-57. Lanaspa, M.A., Almeida, N.E., Andres-Hernando, A., Rivard, C.J., Capasso, J.M. & Berl, T. (2007). The tight junction protein, MUPP1, is up-regulated by hypertonicity and is important in the osmotic stress response in kidney cells. Proceedings of the National Academy of Sciences, 104(34), 13672-13677. Manunza, A., Diaz, J.R., Sayre, B.L., Cozzi, P., Bobbo, T., Deniskova, T., Dotsev, A., Zinovieva, N. & Stella, A. (2023). Discovering novel clues of natural selection on four worldwide goat breeds. Scientific Reports, 13(1), 2110. Marras, G., Gaspa, G., Sorbolini, S., Dimauro, C., Ajmone-Marsan, P., Valentini, A., Williams, J. L., & Macciotta, N. P. P. (2015). Analysis of runs of homozygosity and their relationship with inbreeding in five cattle breeds farmed in Italy. Animal Genetics, 46, 110–121. Marras, G., Wood, B. J., Makanjuola, B., Malchiodi, F., Peeters, K., Van As, P., Baes, C. F., Biscarini, F., & Turkeys, H. (2018). Characterization of runs of homozygosity and heterozygosity-rich regions in a commercial Turkey (Meleagris gallopavo) population. Proceedings of the World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, 11, 763. McQuillan, R., Leutenegger, A.L., Abdel-Rahman, R., Franklin, C.S., Pericic, M., & Barac-Lauc, L. (2008). Runs of homozygosity in European populations. Am. J. Hum. Gene, 83, 359–372. Mucha, S., Bunger, L., & Conington. J. (2015). Genome-wide association study of footrot in Texel sheep. Genetics Selection Evolution, 47, 35. Niggeler, A., Tetens, J., Stäuble, A., Steiner A., & Drögemüller C. (2017). A genome-wide significant association on chromosome 2 for footrot resistance/susceptibility in Swiss White Alpine sheep. Animal Genetics, 48(6):712-715. Purcell, S., Neale, B., Todd-Brown, K., Thomas, L., Ferreira, M.A., Bender, D., et al. (2007). PLINK: a tool set for whole genome association and population-based linkage analyses. American Journal of Humman Genetics, 81, 559–575. Saif-ur-Rehman, M., Hassan, F.U., Reecy, J. & Deng, T. (2023). Whole-genome SNP markers reveal runs of homozygosity in indigenous cattle breeds of Pakistan. Animal Biotechnology, 34(4), 1384-1396. Santos, W., Schettini, G., Fonseca, M. G., Pereira, G. L., Chardulo, L. A., Neto, O., et al. (2021). Fine‐scale Estimation of Inbreeding Rates, Runs of Homozygosity and Genome-wide Heterozygosity Levels in the Mangalarga Marchador Horse Breed. Journal of Animal Breeding and Genetics, 138, 161–173. Santos, W. B., Pereira, C. B., Maiorano, A. M., Arce, C. D. S., Baldassini, W. A., Pereira, G. L., ... & Curi, R. A. (2023). Genomic inbreeding estimation, runs of homozygosity, and heterozygosity-enriched regions uncover signals of selection in the Quarter Horse racing line. Journal of Animal Breeding and Genetics. Signer-Hasler, H., Burren, A., Ammann, P., Drögemüller, C. & Flury, C. (2019). Runs of homozygosity and signatures of selection: a comparison among eight local Swiss sheep breeds. Animal genetics, 50(5), 512-525. Smedley, D., Haider, S., Ballester, B., Holland, R., London, D., Thorisson, G., & Kasprzyk, A. (2009). BioMart – biological queries made easy. BMC Genomics, 10, 22. Solkner, J., Ferencakovic, M., Gredler, B., & Curik, I. (2010). Genomic metrics of individual autozygosity, applied to a cattle population, in: Proceedings of the 61st Annual Meeting of the European Association of Animal Production, Heraklion, Greece. Tsartsianidou, V., Sánchez-Molano, E., Kapsona, V.V., Basdagianni, Z., Chatziplis, D., Arsenos, G., Triantafyllidis, A., & Banos, G. (2021). A comprehensive genome-wide scan detects genomic regions related to local adaptation and climate resilience in Mediterranean domestic sheep. Genetics Selection Evolution, 53(1), 1-17. Uimari, P., & Tapio, M. (2011). Extent of linkage disequilibrium and effective population size in Finnish Landrace and Finnish Yorkshire pig breeds. Journal of animal science, 89(3), 609-614. Williams, J. L., Hall, S. J. G., Del Corvo, M., Ballingall, K. T., Colli, L., Ajmone Marsan, P., et al. (2016). Inbreeding and Purging at the Genomic Level: The Chillingham Cattle Reveal Extensive, Non-random SNP Heterozygosity. Animal Genetics, 47, 19–27. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 430 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 264 |