شناسایی جایگاههای ژنومی مرتبط با چندقلوزایی تحت انتخاب بین نژادهای گوسفندان بومی ایران و گوسفند نژاد رومانوف با عملکرد تولیدمثلی بالا | ||
| علوم دامی ایران | ||
| دوره 56، شماره 1، بهار 1404، صفحه 1-18 اصل مقاله (1.76 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2024.369473.653982 | ||
| نویسندگان | ||
| پرویز عزیزی1؛ محمد مرادی شهربابک* 2؛ حسین مرادی شهربابک3؛ مهدی مخبر4 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تهران، کرج. ایران | ||
| 2گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران. کرج. ایران | ||
| 3گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی ، دانشگاه تهران، کرج. ایران | ||
| 4گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران. | ||
| چکیده | ||
| به منظور شناسایی ژنهای مرتبط با عملکرد تولیدمثلی تحت انتخاب بین نژادهای گوسفندان بومی ایران و نژاد رومانوف روسی از اطلاعات ژنومی 233 رأس گوسفند استفاده شد. دادههای مربوط به گوسفندان نژاد رومانوف از پایگاه اطلاعاتی iSheep و اطلاعات ژنومی گوسفندان ایرانی از پایگاه اطلاعاتی به آدرس https://disk.yandex.ru/d/3N2wEv0-9_NL0w، تهیه شدند. کنترل کیفی و غربالگری دادهها، آنالیز شاخص تمایز ژنتیکی(FST) و آنالیز مولفههای اصلی (PCA) جهت تعیین گروههای ژنتیکی با استفاده از نرم افزار PLINK1.9، صورت گرفت. متعاقب غربالگری نهایی صورت گرفته، اطلاعات ژنومی تعداد 488752 نشانگر SNP مشترک مربوط به کروموزومهای بدنی تعداد 79 رأس از نژاد رومانوف در مقابل تعداد 120 رأس مربوط به 9 نژاد از جمعیتهای دامی ایرانی برای جستجوی نشانههای انتخاب، مورد استفاده قرار گرفت. از برآوردگر نااریب FST (θ) و آمارهی XPEHH جهت کاوش نشانههای انتخاب مورد استفاده قرار گرفتند. استخراج ژنهای مرتبط با مناطق ژنومی تحت انتخاب توسط پایگاه اطلاعاتی آنلاین BIOMART با انطباق روی ژنوم گوسفند (Oar_v3.1) انجام شد. تعداد 489 ژن مرتبط با مناطق ژنومی تحت انتخاب (معادل 1/0 درصد کل نشانگرهای مورد مطالعه) شناسایی شدند. بررسی مناطق ژنومی تحت انتخاب نشان داد، از میان 489 ژن شناسایی شده مرتبط با تفاوتهای موجود بین دو گروه مورد مطالعه، تعداد 7 ژن درگیر در مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با سنتز استروئید و استروئیدوژنز تخمدان بودند که بهعنوان موارد تحت انتخاب مرتبط با صفت چندقلوزایی، شناسایی شدند. شناسایی این مسیرهای بیولوژیکی و تلفیق آن با سایر اطلاعات مرتبط با صفت چندقلوزایی میتواند در طراحی برنامههای اصلاح نژادی جهت بهبود عملکرد تولیدمثلی، موثر باشد. | ||
| کلیدواژهها | ||
| جاروب انتخاب؛ آرایههای ژنومیکی؛ چندقلو زایی؛ گوسفندان بومی؛ نژاد رومانوف | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 853 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 674 |
||