![سامانه نشر مجلات علمی دانشگاه تهران](./data/logo.png)
تعداد نشریات | 162 |
تعداد شمارهها | 6,578 |
تعداد مقالات | 71,072 |
تعداد مشاهده مقاله | 125,681,654 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 98,911,788 |
بررسی ساختار جمعیتی و الگوی عدم تعادل پیوستگی اسبهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای SNP | ||
علوم دامی ایران | ||
دوره 55، شماره 4، دی 1403، صفحه 769-786 اصل مقاله (1.11 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2024.367367.653968 | ||
نویسندگان | ||
محمد عبدلی1؛ محمد باقر زندی باغچه مریم* 1؛ محمد طاهر هرکی نژاد2؛ معین تاند2 | ||
1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران. | ||
2گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان. ایران. | ||
چکیده | ||
هدف این پژوهش، بررسی ساختار و فواصل ژنتیکی، همخونی و الگوی عدم تعادل پیوستگی (LD) و درک روابط بین نژادهای اسب بومی ایران بود. در مجموع از 167 راس اسب که شامل 24 راس از نژاد عرب (اصیل)، 24 راس نژاد کاسپین، 15 راس نژاد درهشوری، 66 راس نژاد کرد و 40 راس ترکمن بودند، استفاده شد. نمونهها با استفاده از تراشه (Illumina 70k SNP equine bead chip) ژنوتایپ شدند. در پالایش دادهها، جایگاههایی با MAF کمتر از 2 درصد، Mind کمتر از 5 درصد، HWE کمتر از و ژنوتاپتهای کمتر از 01/0 حذف شدند و 45270 جایگاه SNP در 159 راس اسب برای آنالیزهای بررسی ساختار ژنتیکی اسبهای بومی ایران به کار گرفته شد. تجزیه ساختار ژنتیکی نشان داد که در K=5 نژادهای کاسپین و کرد در یک خوشه مشترک قرار گرفتند و نژادهای ترکمن، درهشوری و عرب (اصیل) نیز خوشههای متمایزی تشکیل دادند. فاز LD در بین تمام نژادها در فاصله زیر bp400 کاهش معناداری داشت. نژاد کاسپین و درهشوری به ترتیب کمترین و بیشترین LD و بیشترین و کمترین اندازه موثر جمعیت را تجربه کردند. کمترین و بیشترین ضریب همخونی براساس رشتههای هموزیگوت ژنومی (ROH) نیز به ترتیب در نژادهای عرب اصیل و کاسپین دیده شد. نتایج نشان داد نژادهای بومی اسب ایران به خوبی با نشانگرهای (SNP) شناسایی شدند که این موضوع میتواند در تشکیل پایههای ژنومی نژادها (Data Base) و با صحت بالا مورد استفاده قرار گیرد. | ||
کلیدواژهها | ||
اسبهای بومی ایران؛ تنوع ژنتیکی؛ عدم تعادل پیوستگی؛ رشتههای هموزیگوسیتی؛ نشانگرهای چندشکلی تک نوکلئوتیدی | ||
مراجع | ||
Abdoli, M. (2019). Genetic structure survey of Iranian horse breeds by SSR and SNP markers. Master Thesis. Department of Animal Science, University of Zanjan, Iran. pp.197. (In Persian). Alexander, D. H., & Lange, K. (2011). Enhancements to the ADMIXTURE algorithm for individual ancestry estimation. BMC bioinformatics, 12, 1-6. Almarzook, S., Reissmann, M., Arends, D., & Brockmann, G. A. (2017). Genetic diversity of Syrian Arabian horses. Animal genetics, 48(4), 486-489. Asadollahpour Nanaei, H., Nosrati, M. and Mohammadabadi, M.R. (2021). Genetic structure analysis of Akhal-Teke horse population and comparison with other horse breeds by using whole genome sequencing data. Modern Genetics Journal. 16(4), pp.299-307. (In Persian). Babaد yi, N., Rafat, S.A., Moradi, M.H. and Feizi Derakhshi, M.R., 2021. Comparison of principal component analysis (PCA) and discriminant analysis of principal component (DAPC) methods for analysis of population structure in Akhal-Take, Arabian, and Caspian horse breeds using genomic data. Iranian Journal of Animal Science Research, 13(3), pp.453-462. (In Persian). Biscarini, F., Cozzi, P., Gaspa, G., & Marras, G. (2018). detectRUNS: Detect runs of homozygosity and runs of heterozygosity in diploid genomes. Bohmanova, J., Sargolzaei, M., & Schenkel, F. S. (2010). Characteristics of linkage disequilibrium in North American Holsteins. BMC genomics, 11(1), 1-11. Corbin, L. J., Blott, S. C., Swinburne, J. E., Vaudin, M., Bishop, S. C., & Woolliams, J. A. (2010). Linkage disequilibrium and historical effective population size in the Thoroughbred horse. Animal Genetics, 41, 8-15. Cosgrove, E. J., Sadeghi, R., Schlamp, F., Holl, H. M., Moradi-Shahrbabak, M., Miraei-Ashtiani, S. R., ... & Brooks, S. A. (2020). Genome diversity and the origin of the Arabian horse. Scientific reports, 10(1), 9702. Eltanany, M., Elfaroug Sidahmed, O., & Distl, O. (2015). Assessment of genetic diversity and differentiation of two major camel ecotypes (Camelus dromedarius) in Sudan using microsatellite markers. Archives Animal Breeding, 58(2), 269-275. Fages, A., Hanghøj, K., Khan, N., Gaunitz, C., Seguin-Orlando, A., Leonardi, M., ... & Orlando, L. (2019). Tracking five millennia of horse management with extensive ancient genome time series. Cell, 177(6), 1419-1435. Głażewska, I. (2010). Speculations on the origin of the Arabian horse breed. Livestock Science, 129(1-3), 49-55. Jombart, T., Kamvar, Z. N., Collins, C., Lustrik, R., Beugin, M. P., Knaus, B. J., & Jombart, M. T. (2018). Package ‘adegenet’. Github repository:< https://github. com/thibautjombart/adegenet. Jun, J., Cho, Y. S., Hu, H., Kim, H. M., Jho, S., Gadhvi, P., ... & Bhak, J. (2014). Whole genome sequence and analysis of the Marwari horse breed and its genetic origin. BMC genomics, 15(9), 1-10. Ivanković, A., Bittante, G., Konjačić, M., Kelava Ugarković, N., Pećina, M., & Ramljak, J. (2021). Evaluation of the Conservation Status of the Croatian Posavina Horse Breed Based on Pedigree and Microsatellite Data. Animals, 11(7), 2130. Khalili, M. (2009). Horse and my expertise. Tehran, Nashr-e Zare Publication. pp. 694. (In Persian). Khalt-Abadi Farahani, A. H., & Moradi, M. H. (2018). Estimation of inbreeding values using genomic run of homozygosity and study of an evolutionary trend for effective population size in some Asian horse breeds. Iranian Journal of Animal Science, 49(3), 381-392. (In Persian). Khan Ahmadi, A. (2017). Genomic exploration to track selection patterns in Turkmen and Kurdish horses using high-density SNP markers. Ph.D. Thesis, Sari University of Agricultural Sciences and Natural Resources, Sari, Iran, pp. 140. (In Persian). Mahrous, K. F., Hassanane, M., Mordy, M. A., Shafey, H. I. and Hassan, N. (2011). Genetic variations in horses using microsatellite markers. Journal of Genetic Engineering and Biotechnology. 9:103-9. Maghsoodi, S. M., Mehrabani Yeganheh, H., Nejati Javaremi, A. and Yousefi Mashouf, N. 2017. Investigating population structure and identifying signatures of selection in Iranian Kurdish and Arabian horses. Iranian Journal of Animal Science, 48(3), 429-438. (In Persian). McCoy, A. M., & McCue, M. E. (2014). Validation of imputation between equine genotyping arrays. Animal genetics, 45(1), 153. McCue, M. E., Bannasch, D. L., Petersen, J. L., Gurr, J., Bailey, E., Binns, M. M., ... & Mickelson, J. R. (2012). A high density SNP array for the domestic horse and extant Perissodactyla: utility for association mapping, genetic diversity, and phylogeny studies. PLoS genetics, 8(1), e1002451. Metzger, J., Karwath, M., Tonda, R., Beltran, S., Águeda, L., Gut, M., ... & Distl, O. (2015). Runs of homozygosity reveal signatures of positive selection for reproduction traits in breed and non-breed horses. BMC genomics, 16, 1-14. Mousavi, S. F., Razmkabir, M., Rostamzadeh, J., & Seyedabadi, H. R. (2023). Evaluating of population diversity and detecting of genomic footprints of selection in four main Iranian horse breeds. Agricultural Biotechnology Journal, 15(2), 19-44. (In Persian). Saghi, D., & Mobaraki, A. (2018). Estimation of inbreeding and survey of the pedigree structure of Iranian Turkmen horses population. Research On Animal Production (Scientific and Research), 9(22), 131-137. (In Persian). Nasirpour, M., & Moradi Shahr Babak, H. (2024). Analysis of SNP Chip 70k Genomic Data to Identify Loci Related to Differentiation of Caspian and Kurdish Horses using Selection Sweep. Research On Animal Production, 14(39), 154-162. (In Persian). Ovchinnikov, I. V., Dahms, T., Herauf, B., McCann, B., Juras, R., Castaneda, C., & Cothran, E. G. (2018). Genetic diversity and origin of the feral horses in Theodore Roosevelt National Park. Plos one, 13(8), e0200795. Pemberton, T. J., Absher, D., Feldman, M. W., Myers, R. M., Rosenberg, N. A., & Li, J. Z. (2012). Genomic patterns of homozygosity in worldwide human populations. The American Journal of Human Genetics, 91(2), 275-292. Petersen, J. L., Mickelson, J. R., Cothran, E. G., Andersson, L. S., Axelsson, J., Bailey, E., ... & McCue, M. E. (2013). Genetic diversity in the modern horse illustrated from genome-wide SNP data. PloS one, 8(1), e54997. Pometti, C. L., Bessega, C. F., Saidman, B. O., & Vilardi, J. C. (2014). Analysis of genetic population structure in Acacia caven (Leguminosae, Mimosoideae), comparing one exploratory and two Bayesian-model-based methods. Genetics and molecular biology, 37, 64-72. Pritchard, J. K., Stephens, M., & Donnelly, P. (2000). Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics, 155(2), 945-959. Purcell, S., Neale, B., Todd-Brown, K., Thomas, L., Ferreira, M. A., Bender, D., ... & Sham, P. C. (2007). PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses. The American journal of human genetics, 81(3), 559-575. Purfield, D. C., Berry, D. P., McParland, S., & Bradley, D. G. (2012). Runs of homozygosity and population history in cattle. BMC genetics, 13, 1-11. Qanbari, S., Pimentel, E. C. G., Tetens, J., Thaller, G., Lichtner, P., Sharifi, A. R., & Simianer, H. (2010). The pattern of linkage disequilibrium in German Holstein cattle. Animal genetics, 41(4), 346-356. R Core Team. 2022. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL https://www.R-project.org/. Rafeie, F., Amirinia, C., Javaremi, A. N., Mirhoseini, S. Z., & Amirmozafari, N. (2011). A study of patrilineal genetic diversity in Iranian indigenous horse breeds. African Journal of Biotechnology, 10(75), 17347-17352. Sadeghi, R., Moradi-Shahrbabak, M., Miraei Ashtiani, S. R., Schlamp, F., Cosgrove, E. J., & Antczak, D. F. (2019). Genetic diversity of Persian Arabian horses and their relationship to other native Iranian horse breeds. Journal of Heredity, 110(2), 173-182. Schubert, M., Jónsson, H., Chang, D., Der Sarkissian, C., Ermini, L., Ginolhac, A., ... & Orlando, L. (2014). Prehistoric genomes reveal the genetic foundation and cost of horse domestication. Proceedings of the National Academy of Sciences, 111(52), E5661-E5669. Wade, C. M., Giulotto, E., Sigurdsson, S., Zoli, M., Gnerre, S., Imsland, F., ... & Lindblad-Toh, K. (2009). Genome sequence, comparative analysis, and population genetics of the domestic horse. Science, 326(5954), 865-867. Warmuth, V., Eriksson, A., Bower, M. A., Cañon, J., Cothran, G., Distl, O., ... & Manica, A. (2011). European domestic horses originated in two Holocene refugia. PloS one, 6(3), e18194. Weir, B. S., & Cockerham, C. C. (1984). Estimating F-statistics for the analysis of population structure. evolution, 1358-1370. Yousefi-Mashouf, N., Mehrabani-Yeganeh, H., Nejati-Javaremi, A., Bailey, E., & Petersen, J. L. (2021). Genomic comparisons of Persian Kurdish, Persian Arabian and American thoroughbred horse populations. PLoS One, 16(2), e0247123. Zandi, M. B. 2014. A study of patrilineal genetic diversity in Iranian indigenous horse breeds. Ph.D. Thesis, University of Tehran, Iran. (In Persian). | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 151 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 56 |