سامانه پشتیبانی خدمات اطلاعات

  اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات158
تعداد شماره‌ها6,240
تعداد مقالات67,867
تعداد مشاهده مقاله115,408,641
تعداد دریافت فایل اصل مقاله90,177,751
ناوشکی, فاطمه, مرادی شهربابک, حسین, صادقی سفید مزگی, علی, سولکنر, جوهان, جوان نیکخواه, مهدی. (1403). کاوش ژنومی نشانه های انتخاب جهت شناسایی مکان های کروموزومی مرتبط با بیماری یون در گاوهای هلشتاین. , (), -. doi: 10.22059/ijas.2024.367917.653972
فاطمه ناوشکی; حسین مرادی شهربابک; علی صادقی سفید مزگی; جوهان سولکنر; مهدی جوان نیکخواه. "کاوش ژنومی نشانه های انتخاب جهت شناسایی مکان های کروموزومی مرتبط با بیماری یون در گاوهای هلشتاین". , , , 1403, -. doi: 10.22059/ijas.2024.367917.653972
ناوشکی, فاطمه, مرادی شهربابک, حسین, صادقی سفید مزگی, علی, سولکنر, جوهان, جوان نیکخواه, مهدی. (1403). 'کاوش ژنومی نشانه های انتخاب جهت شناسایی مکان های کروموزومی مرتبط با بیماری یون در گاوهای هلشتاین', , (), pp. -. doi: 10.22059/ijas.2024.367917.653972
ناوشکی, فاطمه, مرادی شهربابک, حسین, صادقی سفید مزگی, علی, سولکنر, جوهان, جوان نیکخواه, مهدی. کاوش ژنومی نشانه های انتخاب جهت شناسایی مکان های کروموزومی مرتبط با بیماری یون در گاوهای هلشتاین. , 1403; (): -. doi: 10.22059/ijas.2024.367917.653972

کاوش ژنومی نشانه های انتخاب جهت شناسایی مکان های کروموزومی مرتبط با بیماری یون در گاوهای هلشتاین

علوم دامی ایران
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 19 فروردین 1403    اصل مقاله (1.2 M)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2024.367917.653972
نویسندگان
فاطمه ناوشکی1؛ حسین مرادی شهربابک* 2؛ علی صادقی سفید مزگی1؛ جوهان سولکنر3؛ مهدی جوان نیکخواه2
1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، البرز، ایران:
2گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، البرز، ایران
3. گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه بوکو، وینا، اتریش
چکیده
انتخاب باعث ایجاد نشانه‌های انتخاب در سطح ژنوم می‌‌شود. شناسایی نشانه‌های انتخاب در حیوانات در جهت ارتقا صفات اقتصادی و کاهش بیماریها، یکی از اصلی‌ترین و چالش برانگیزترین تحقیقات در زمینه ژنتیک جمعیت است. در این تحقیق، با هدف شناسایی مناطق ژنومی تحت انتخاب مثبت بین جمعیت-های گاوهای مبتلا به بیماری یون و سالم هلشتاین، پویش گستره ژنوم با استفاده از چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی (SNP) انجام شد. این تحقیق بر روی گاو‌های گاوداری فوکا در اصفهان بر روی 145 راس گاو هلشتاین انجام شد. بر اساس تراشه‌های 30K شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ و گاو‌ها به دو گروه بیمار و سالم گروه بندی شدند. گروه بیمار شامل 45 راس و گروه سالم شامل 100 راس گاو بود. در این مطالعه برای شناسایی مناطق ژنومی تحت انتخاب از دو آماره FST و XP-EHH استفاده شد. ژن‌های شناسایی شده توسط آماره FST در دو جمعیت بیمار و سالم شاملRAB37 ZC3H10, ESR1, HSD17B6, KCNC4, ERBB3 و NACA بودند. ژن‌های شناسایی شده توسط آماره XP-EHH در دو جمعیت بیمار و سالم شاملAK1, ATP8A1, BTBD1, C1GALT1, CCDC6, CEP295, CLGN, CLSTN2, EHHADH, ERBB4, FRK, GRID2, GRIP1 و LRP6 بودند. اکثر ژن های شناسایی شده در این مطالعه با ایمنی، بیماری هایی مثل سرطان، شیردهی، ماهیچه های اسکلتی، چرخه فحلی، مصرف خوراک، چسبندگی اسپرم و رشد در ارتباط بود، که جزو صفات و ویژگی های مهم زیستی جاندار قرار می گیرد.
کلیدواژه‌ها
بیماری یون؛ گاو هلشتاین؛ نشانه‌های انتخاب؛ FST؛ XP-EHH
عنوان مقاله [English]
Genomic probing of selection signature to detect chromosomal region related to Johne’s disease in Holstein cattle
نویسندگان [English]
fateme naveshki1؛ Hossein Moradi Shahrbabak2؛ Ali Sadeghi-Sefidmazgi1؛ johan soelkner3؛ Mahdi JavanNikkhah2
1Department of Animal Sciences, College of Agriculture & Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Alborz, Iran
2Department of Animal Sciences, College of Agriculture & Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Alborz, Iran
3Department for Sustainable Agricultural Systems University of Natural Resources and Life Sciences,
چکیده [English]
Selection as a factor increases the frequency of positive mutations in some subpopulations and creates selection signatures in the genome. Identifying the selection signatures in animals aimed at promoting economic traits and reducing diseases is one of the main and most challenging research areas in population genetics. This study aimed to conduct an extensive genome scan using single nucleotide polymorphisms (SNPs) to identify genomic regions under positive selection between diseased and healthy Holstein cattle populations. The data included 145 Holstein cows from Foka. These cows were genotyped using Illumina 30K chips. The cows were divided into diseased (45 cows) and healthy (100 cows) groups. FST and XP-EHH statistics were used in this study to identify genomic regions under selection. The genes identified by FST statistics in both diseased and healthy populations included RAB37, ZC3H10, ESR1, HSD17B6, KCNC4, and ERBB3. Genes identified by XP-EHH statistics in both diseased and healthy populations included AK1, ATP8A1, BTBD1, C1GALT1, CCDC6, CEP295, CLGN, CLSTN2, EHHADH, ERBB4, FRK, GRID2, GRIP1, and LRP6. Most of the genes identified in this study were related to immunity, diseases such as cancer, lactation, skeletal muscles, estrous cycle, feed consumption, sperm adhesion, and growth, which are among the important biological traits and characteristics of living organisms. Further research using an increased sample size in the population will provide a better understanding of candidate genes for ion disease in cattle. Moreover, the design of successful breeding programs will help reduce the costs associated with this disease.
کلیدواژه‌ها [English]
Ion disease, Holstein cow, selection signatures, FST, XP-EHH
مراجع
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 19
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 71


سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب