تعداد نشریات | 161 |
تعداد شمارهها | 6,532 |
تعداد مقالات | 70,501 |
تعداد مشاهده مقاله | 124,114,006 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 97,217,784 |
شناسایی نشانگرهای انتخاب مرتبط با گوسفندان ایرانی در مقایسه با نژاد غیرایرانی رومانف با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنومی | ||
تولیدات دامی | ||
مقاله 1، دوره 26، شماره 1، فروردین 1403، صفحه 1-13 اصل مقاله (1.03 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/jap.2024.365469.623758 | ||
نویسندگان | ||
عباس میرزاپور آبیبگلو1؛ نعمت هدایت* 2؛ رضا خلخالی ایوریق3؛ رضا سید شریفی4 | ||
1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. رایانامه: amirza@student.uma.ac.ir | ||
2نویسنده مسئول، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. رایانامه: nhedayat@uma.ac.ir | ||
3گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. رایانامه: r.khalkhali@uma.ac.ir | ||
4گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. رایانامه: sharifi_r@uma.ac.ir | ||
چکیده | ||
بهدلیل تنوع اقلیمی بالا در ایران، گوسفندان بومی کشور، از تنوع چشمگیری برخوردار هستند. بهنظر میرسد تفاوتهای اقلیمی، ردپایی در ژنوم نژادهای بومی مناطق مختلف جهان به جای گذاشته باشند. هدف از مطالعه حاضر، شناسایی نشانههای انتخاب مرتبط با گوسفندان ایرانی در مقایسه با نژاد غیرایرانی رومانف در سطح ژنوم میباشد. به این منظور، از دادههای توالییابیشده کل ژنوم گوسفندان ایرانی و غیرایرانی موجود در پایگاه دادهای NCBI استفاده گردید. این توالیها، پس از سنجش و پالایش کیفی، به ژنوم مرجع گوسفند همطراز شدند. پس از شناسایی تنوعهای ژنومی، برای شناسایی نواحی تحت انتخاب مثبت در ژنوم گوسفندان ایرانی، از دو روش Fst و XP-EHH استفاده شد. پس از استخراج ژنهای موجود در نواحی تحت انتخاب، با استفاده از نرمافزار BEDtools و فایل GTF مرتبط با ژنوم گوسفند، شرحنویسی عملکردی این ژنها با استفاده از آنالیز هستیشناسی ژن صورت پذیرفت. براساس نتایج بهدستآمده، بهترتیب 907 و 311 ژن کدکننده پروتئین توسط روشهای Fst و XP-EHH شناسایی شدند که تعداد 29 ژن بین این دو روش مشترک بودند. ارزیابیهای بیشتر نشان داد که تعدادی از این ژنها، در صفات مرتبط با بهبود کیفیت چربی شیر (PCCB)، باروری (SPATA5، RAB35 و DICER1)، رشدونمو ماهیچهای (NF1، AKAP6 و HDAC9)، وزن بدن (FBXL3، GRID2 و ADAMTS17)، سازگاری به نواحی سخت بیابانی و کوهستانی (BMPR2 و NF1) و شیر (EXOC6B) دخیل هستند. نتایج نشان داد که گوسفندان ایرانی احتمالاً برای سازگاری به مناطق خشک بیابانی و ارتقای کیفیت گوشت و شیر موردانتخاب قرار گرفتهاند. | ||
کلیدواژهها | ||
توالییابی کل ژنوم؛ رومانف؛ گوسفندان ایرانی؛ نشانههای انتخاب | ||
مراجع | ||
منابع Cheng, J., Zhao, H., Chen, N., Cao, X., Hanif, Q., Pi, L., Hu, L., Chaogetu, B., Huang, Y., Lan, X., & Lei, C. (2020). Population structure, genetic diversity, and selective signature of Chaka sheep revealed by whole genome sequencing. BMC genomics, 21, 1-10. Guðmundsdóttir, Ó. Ó. (2015). Genome-wide association study of muscle traits in Icelandic sheep (Doctoral dissertation). Guo, J., Zhong, J., Liu, G. E., Yang, L., Li, L., Chen, G., Song, T., & Zhang, H. (2020). Identification and population genetic analyses of copy number variations in six domestic goat breeds and Bezoar ibexes using next-generation sequencing. BMC Genomics, 21(1), 1-13. Haberland, M., Arnold, M. A., McAnally, J., Phan, D., Kim, Y., & Olson, E. N. (2007). Regulation of HDAC9 gene expression by MEF2 establishes a negative-feedback loop in the transcriptional circuitry of muscle differentiation. Molecular and Cellular Biology, 27(2), 518-525. Hong, X., Luense, L. J., McGinnis, L. K., Nothnick, W. B., & Christenson, L. K. (2008). Dicer1 is essential for female fertility and normal development of the female reproductive system. Endocrinology, 149(12), 6207-6212. Hu, L., Zhang, L., Li, Q., Liu, H., Xu, T., Zhao, N., Han, X., Xu, S., Zhao, X., & Zhang, C. (2022). Genome-wide analysis of CNVs in three populations of Tibetan sheep using whole-genome resequencing. Frontiers in Genetics, 13, 971464. Khalkhali-Evrigh, R., Hedayat, N., Ming, L., & Jirimutu. (2022). Identification of selection signatures in Iranian dromedary and Bactrian camels using whole genome sequencing data. Scientific Reports, 12(1), 9653. Kijas, J.W., Townley, D., Dalrymple, B.P., Heaton, M.P., Maddox, J.F., McGrath, A., Wilson, P., Ingersoll, R.G., McCulloch, R., McWilliam, S., & Tang, D. (2009). A genome wide survey of SNP variation reveals the genetic structure of sheep breeds. PloS one, 4(3), p.e4668. Lee, Y. L., Bosse, M., Mullaart, E., Groenen, M. A., Veerkamp, R. F., & Bouwman, A. C. (2020). Functional and population genetic features of copy number variations in two dairy cattle populations. BMC Genomics, 21(1), 1-15. Li, G., Tang, J., Huang, J., Jiang, Y., Fan, Y., Wang, X., & Ren, J. (2022). Genome-Wide Estimates of Runs of Homozygosity, Heterozygosity, and Genetic Load in Two Chinese Indigenous Goat Breeds. Frontiers in Genetics, 13. Li, R., Zhao, Y., Liang, B., Pu, Y., Jiang, L., & Ma, Y. (2023). Genome-Wide Signal Selection Analysis Revealing Genes Potentially Related to Sheep-Milk-Production Traits. Animals, 13(10), 1654. Liu, J., Shi, L., Li, Y., Chen, L., Garrick, D., Wang, L., & Zhao, F. (2021). Estimates of genomic inbreeding and identification of candidate regions that differ between Chinese indigenous sheep breeds. Journal of Animal Science and Biotechnology, 12, 1-14. Mohammadi, H., Rafat, S. A., Moradi Shahrbabak, H., Shodja, J., & Moradi, M. H. (2020). Genome-wide association study and gene ontology for growth and wool characteristics in Zandi sheep. Journal of Livestock Science and Technologies, 8(2), 45-55. Pausch, H., Jung, S., Edel, C., Emmerling, R., Krogmeier, D., Götz, K. U., & Fries, R. (2012). Genome‐wide association study uncovers four QTL predisposing to supernumerary teats in cattle. Animal Genetics, 43(6), 689-695. Remsburg, C., Testa, M., & Song, J. L. (2021). Rab35 regulates skeletogenesis and gastrulation by facilitating actin remodeling and vesicular trafficking. Cells & Development, 165, 203660. Serranito, B., Cavalazzi, M., Vidal, P., Taurisson-Mouret, D., Ciani, E., Bal, M., Rouvellac, E., Servin, B., Moreno-Romieux, C., Tosser-Klopp, G., & Hall, S. J. (2021). Local adaptations of Mediterranean sheep and goats through an integrative approach. Scientific Reports, 11(1), p.21363. Shi, H., Li, T., Su, M., Wang, H., Li, Q., Lang, X., & Ma, Y. (2023). Whole genome sequencing revealed genetic diversity, population structure, and selective signature of Panou Tibetan sheep. BMC Genomics, 24(1), 1-15. Sujit, K. M., Singh, V., Trivedi, S., Singh, K., Gupta, G., & Rajender, S. (2020). Increased DNA methylation in the spermatogenesis‐associated (SPATA) genes correlates with infertility. Andrology, 8(3), 602-609. Van Poucke, M., Sjoberg, A., Mattheeuws, M., Van Zeveren, A., Bouquet, Y., Chowdhary, B. P., & Peelman, L. J. (1997). Mapping of the ATP2B2 and PCCB genes on porcine chromosome 13. Mammalian Genome, 8(11), 852. Wei, C., Wang, H., Liu, G., Zhao, F., Kijas, J. W., Ma, Y., Lu, J., Zhang, L., Cao, J., Wu, M., & Wang, G. (2016). Genome-wide analysis reveals adaptation to high altitudes in Tibetan sheep. Scientific Reports, 6(1), 26770. Wiener, P., Robert, C., Ahbara, A., Salavati, M., Abebe, A., Kebede, A., Wragg, D., Friedrich, J., Vasoya, D., Hume, D.A., & Djikeng, A. (2021). Whole-genome sequence data suggest environmental adaptation of Ethiopian sheep populations. Genome Biology and Evolution, 13(3), evab014. Xu, S. S., Gao, L., Xie, X. L., Ren, Y.L., Shen, Z. Q., Wang, F., Shen, M., Eyϸórsdóttir, E., Hallsson, J. H., Kiseleva, T., & Kantanen, J. (2018). Genome-wide association analyses highlight the potential for different genetic mechanisms for litter size among sheep breeds. Frontiers in Genetics, 9, 118. Yang, J. I., Li, W. R., Lv, F. H., He, S. G., Tian, S. L., Peng, W. F., Sun, Y. W., Zhao, Y. X., Tu, X. L., Zhang, M., & Xie, X. L. (2016). Whole-genome sequencing of native sheep provides insights into rapid adaptations to extreme environments. Molecular Biology and Evolution, 33(10), 2576-2592. Zhang, L., Wang, F., Gao, G., Yan, X., Liu, H., Liu, Z., Wang, Z., He, L., Lv, Q., Wang, Z., & Wang, R. (2021). Genome-wide association study of body weight traits in Inner Mongolia cashmere goats. Frontiers in Veterinary Science, 8, 752746. Zhao, H., Guo, T., Lu, Z., Liu, J., Zhu, S., Qiao, G., Han, M., Yuan, C., Wang, T., Li, F., & Zhang, Y. (2021). Genome-wide association studies detects candidate genes for wool traits by re-sequencing in Chinese fine-wool sheep. BMC Genomics, 22, 1-13. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 217 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 263 |