مطالعهی پویش کل ژنوم جهت شناسایی جایگاههای ژنتیکی مرتبط با بیماری یون در گاوهای هلشتاین ایران | ||
| علوم دامی ایران | ||
| دوره 55، شماره 1، بهار 1403، صفحه 31-45 اصل مقاله (1.79 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2023.354767.653931 | ||
| نویسندگان | ||
| یونس دوستی* 1؛ محمد مرادی شهربابک* 2؛ حسین مرادی شهربابک1؛ حسین محمدی3؛ مهدی جوان نیکخواه4؛ فرناز ارجمندکرمانی5 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران | ||
| 2گروه علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران. | ||
| 3گروه ژنتیک و اصلاح دام، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه اراک، اراک، ایران | ||
| 4گروه ژنتیک واصلاح دام، پردیس بین المللی ارس دانشگاه تهران، جلفا، ایران. | ||
| 5گروه ژنتیک واصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران | ||
| چکیده | ||
| پاراتوبرکلوزیس یک بیماری مسری، مزمن و رودهای در نشخوارکنندگان است که در اثر عفونت زیرگونه مایکوباکتریوم آویوم پاراتوبرکلوزیس (MAP) ایجاد میشود و خسارات اقتصادی فراوانی به صنعت پرورش دام تحمیل میکند. در حال حاضر واکسن یا درمان موثری برای عفونت MAP وجود ندارد، بنابراین بررسی مناطق ژنتیکی مرتبط با حساسیت به عفونت MAP میتواند درک بهتری از مکانیسمهای پاراتوبرکلوزیس ارائه دهد و به بهبود ژنتیکی حیوانات کمک کند. هدف این پژوهش شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدا مرتبط با حساسیت به عفونت MAP در گاوهای شیری هلشتاین ایران با استفاده از روش پویش کل ژنوم (GWAS) بود. در این پژوهش، از ۱۵۰ راس گاو نمونه گرفته شد. پس از استخراج DNA و سرم، نمونههای DNA با استفاده از تراشههای k30 (SNPchip30k) (شرکت ایلومینا) تعیین ژنوتیپ شدند. کنترل کیفیت نشانگرها براساس شاخصهای فراوانی آلل نادر (05/0PMAF <)، ژنوتیپ از دست رفته (05/0PMIND >)، نرخ تعیین ژنوتیپ (05/0PGENO >) و تعادل هاردی واینبرگ (PH-W < 1×10-6) توسط نرمافزار PLINK انجام شد. بعد از کنترل کیفیت، ۲۸۷۴۹ نشانگر روی ۱۴۲راس گاو (۹۹ راس بیمار و ۴۳ راس شاهد) برای ادامه آنالیز باقی ماند. پس از انجام آنالیز پویش ژنومی (GWAS) در نرم افزار PLINK ۱۶ نشانگر به عنوان نشانگر های معنی دار شناسایی شدند که بیشتر روی کروموزومهای ۳۰ و ۶ قرار داشتند. با بررسی بیوانفورماتیکی مناطق ژنومی معنیدار در پایگاههای برخط ensemble و genecards، ژنهای کاندیدای برای بیماری یون شناسایی شد. مهمترین ژنهای شناسایی شده LMX1A، THSD7A، ELMOD2، ATP6AP2، RNF150، SLIT3، SDE2، PARP1، PBX1، TFB2M، SMYD3 و PYCR2 بودند. آنالیز هستیشناسی نشان داد که بیشتر این ژنها در سیستم عصبی، سیستم اسکلت سلولی، تنظیم سیتوکینز، دستگاه گلژی، فعالیت کاتالیزوری، انتقال یون کلسیم و مقاومت در برابر بیماریها نقش دارند. تجزیه و تحلیل پویش کل ژنوم و آنالیز هستی شناسی میتواند به شناسایی ژنهای کاندیدا و مناطق مرتبط با حساسیت بهMAP در گاوهای شیری کمک کند که نقش مهمی در درمان و پیشگیری بیماری یون دارد . | ||
| کلیدواژهها | ||
| پاراتوبرکلوزیس؛ ژنوتیپ؛ سوماتیک؛ GWAS؛ SNP | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 950 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 632 |
||