سامانه پشتیبانی خدمات اطلاعات

  اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات161
تعداد شماره‌ها6,532
تعداد مقالات70,501
تعداد مشاهده مقاله124,111,940
تعداد دریافت فایل اصل مقاله97,215,590
منظوری, سیاوش, خلت آبادی فراهانی, امیر حسین, مرادی, محمد حسین. (1402). بررسی عملکرد روش های مختلف در انتخاب نشانگرهای SNP موثر بر تمایز نژادی اسب ها. , 25(1), 1-11. doi: 10.22059/jap.2023.347298.623703
سیاوش منظوری; امیر حسین خلت آبادی فراهانی; محمد حسین مرادی. "بررسی عملکرد روش های مختلف در انتخاب نشانگرهای SNP موثر بر تمایز نژادی اسب ها". , 25, 1, 1402, 1-11. doi: 10.22059/jap.2023.347298.623703
منظوری, سیاوش, خلت آبادی فراهانی, امیر حسین, مرادی, محمد حسین. (1402). 'بررسی عملکرد روش های مختلف در انتخاب نشانگرهای SNP موثر بر تمایز نژادی اسب ها', , 25(1), pp. 1-11. doi: 10.22059/jap.2023.347298.623703
منظوری, سیاوش, خلت آبادی فراهانی, امیر حسین, مرادی, محمد حسین. بررسی عملکرد روش های مختلف در انتخاب نشانگرهای SNP موثر بر تمایز نژادی اسب ها. , 1402; 25(1): 1-11. doi: 10.22059/jap.2023.347298.623703

بررسی عملکرد روش های مختلف در انتخاب نشانگرهای SNP موثر بر تمایز نژادی اسب ها

تولیدات دامی
مقاله 1، دوره 25، شماره 1، فروردین 1402، صفحه 1-11    اصل مقاله (923.94 K)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/jap.2023.347298.623703
نویسندگان
سیاوش منظوری1؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی* 2؛ محمد حسین مرادی3
1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران.
2نویسنده مسئول، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران.
3گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران.
چکیده
مطالعه حاضر به‌منظور انتخاب نشانگرهای مؤثر در جداسازی نژاد و مقایسه عملکرد روش‌های انتخاب نشانگر با داده‌های 304 حیوان از 14 نژاد مختلف که با استفاده از پنل نشانگر Illumina SNP50K ژنوتیپ شده بودند، انجام شد. دانش و فهم ساختار ژنتیکی برای درک بهتر تغییرات ژنتیکی در مطالعات پویش ژنومی بسیار مهم است. محتوای اطلاعاتی هر نشانگر زیستی به عنوان شاخصی برای انتخاب نشانگرها در کاهش اندازه پنل‌های نشانگری کاربرد دارد. برای تخمین محتوای اطلاعاتی هر نشانگر، از آماره Fst رایت، آماره θ، آماره دلتا، آماره D، آماره Gst، آماره G'st، آماره G"st و آنالیز مؤلفه های اصلی استفاده گردید. در این مطالعه، از آماره لگاریتم نسبت درستنمایی برای انتخاب نشانگرها استفاده شد. با توجه به نتایج، همه روش‌های انتخاب برای شناسایی نشانگرها دارای رفتار و عملکرد مشابهی بودند. تعداد نشانگرهای مشترک بین روش‌ها حداقل 42 نشانگر و حداکثر 499 نشانگر SNP بود. به طور کلی، روش آماره Fst نیازمند تعداد کمتری از نشانگرها برای رسیدن به انتساب موفق بود. آماره‌های G'st و G"st با بیش از 350 نشانگر برای دستیابی به 95% انتساب صحیح، عملکرد ضعیفی را نشان دادند. لازم به ذکر است که تنها با 60 نشانگر برتر، دستیابی به موفقیت بیش از 70 درصد امکان پذیر است. با توجه به نتایج، Fst جفتی رایت از سایر روش‌های انتخاب SNP دارای عملکرد بهتری بود. نتایج حاصله منجر به ایجاد پنل‌های انحصاری جهت شناسایی نژادهای متنوع می‌گردد که دارای اهمیت اقتصادی زیادی است.
کلیدواژه‌ها
تفکیک افراد؛ چند شکلی تک نوکلئوتیدی؛ ژنوم؛ ساختار ژنتیکی؛ مقایسه
مراجع
  1. Makina SO, Muchadeyi FC, Van Marle-Köster E, Mac-Neil MD and Maiwashe A (2014) Genetic diversity and population structure among six cattle breeds in South Africa using a whole genome SNP panel. Frontiers in Genetics, 5(333) doi:10.3389/fgene.2014.00333.
  2. Rannala B and Mountain JL (1997) Detecting immigration by using multilocus genotypes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 94(17): 9197-9201.
  3. Weller JI, Seroussi E and Ron M (2006) Estimation of the number of genetic markers required for individual animal identification accounting for genotyping errors. Animal Genetics, 37(4): 387-389. doi:10.1111/j.1365-2052.2006.01455.x.
  4. Wright S (1951) The genetical structure of populations. Annals of Eugenics, 15(1):323-354. doi:10.1111/j.1469-1809.1949.tb02451.x.
  5. Holsinger KE and Weir BS (2009) Genetics in geographically structured populations: Defining, estimating and interpreting F(ST) Nature Reviews Genetics, 10(9): 639-650, doi:10.1038/nrg2611.
  6. Weir BS and Cockerham CC (1984) Estimating F-Statistics for the Analysis of Population Structure. Evolution, 38(6): 1358-1370. doi:10.2307/2408641.
  7. Akey JM, Zhang G, Zhang K, Jin L and Shriver MD (2002). Interrogating a high-density SNP map for signatures of natural selection. Genome Research, 12, doi:10.1101/gr.631202.
  8. Kijas JW, Townley D, Dalrymple BP, Heaton MP, Maddox JF, McGrath A and et al. (2009) A Genome Wide Survey of SNP Variation Reveals the Genetic Structure of Sheep Breeds. PLOS ONE, 4, doi:10.1371/journal.pone.0004668.
  9. Jost LOU (2008) GST and its relatives do not measure differentiation. Molecular Ecology, 17(18): 4015-4026. doi:10.1111/j.1365-294X.2008.03887.x.
  10. Meirmans PG and Hedrick PW (2011) Assessing population structure: FST and related measures. Molecular Ecology Resources, 11(1): 5-18. doi:10.1111/j.1755-0998.2010.02927.x.
  11. Nei M and Chesser RK (1983) Estimation of fixation indices and gene diversities. Annals of Human Genetics, 47(3): 253-259. doi:10.1111/j.1469-1809.1983.tb00993.x.
  12. Hedrick PW (2005) A Standardized genetic differentiation measure. Evolution, 59(8):1633-1638. doi:10.1111/j.0014-3820.2005.tb01814.x.
  13. Smith MW, Lautenberger JA, Shin HD, Chretien JP, Shrestha S, Gilbert DA et al. (2001) Markers for mapping by admixture linkage disequilibrium in African American and Hispanic populations. American Journal of Human Genetics, 69. doi:10.1086/323922.
  14. Paschou P, Ziv E, Burchard EG, Choudhry S, Rodriguez-Cintron W, Mahoney MW et al. (2007) PCA-Correlated SNPs for Structure Identification in Worldwide Human Populations. PLoS Genetics, 3(9):e160, doi:10.1371/journal.pgen.0030160.
  15. Petersen, J. L, Mickelson, J. R, Cothran, E. G, Andersson, L. S, Axelsson, J, Bailey, E, et al. (2013). Genetic Diversity in the Modern Horse Illustrated from Genome-Wide SNP Data. PLOS ONE, 8(1):e54997. doi:10.1371/journal.pone.0054997.
  16. R Core Team (2017) R: A Language and Environment for Statistical Computing. Retrieved from https://www.R-project.org/
  17. Paetkau D, Calvert W, Stirling, I and Strobeck C (1995) Microsatellite analysis of population structure in Canadian polar bears. Molecular Ecology, 4(3): 347-354.
  18. Rosenberg NA, Li LM, Ward R and Pritchard JK (2003) Informativeness of genetic markers for inference of ancestry. American Journal of Human Genetics, 73, doi:10.1086/380416.
  19. Lao O, van Duijn K, Kersbergen P, de Knijff P and Kayser M (2006) Proportioning whole-genome single-nucleotide-polymorphism diversity for the identification of geographic population structure and genetic ancestry, American Journal of Human Genetics, 78, doi:10.1086/501531.
  20. Liu N, Chen L, Wang S, Oh C and Zhao H (2005) Comparison of single-nucleotide polymorphisms and microsatellites in inference of population structure, BMC Genetics, Dec 30;6, doi: 10.1186/1471-2156-6-S1-S26. PMID: 16451635; PMCID: PMC1866760.
  21. Smouse PE, Spielman RS and Park MH (1982) Multiple-locus allocation of individuals to groups as a function of the genetic variatio within and differences among human populations, American Naturalist, 119, doi:10.1086/283925.
  22. Falush D, Stephens M and Pritchard JK (2003) Inference of population structure using multilocus genotype data: Linked loci and correlated allele frequencies, Genetics, 164(4): 1567-1587.
  23. Maudet C, Luikart G and Taberlet P (2002) Genetic diversity and assignment tests among seven French cattle breeds based on microsatellite DNA analysis, Journal of Animal Science, 80(4): 942- https://doi.org/10.2527/2002.804942x.
  24. Negrini R, Nicoloso L, Crepaldi P, Milanesi E, Colli L, Chegdani F and et al. (2009) Assessing SNP markers for assigning individuals to cattle populations, Animal genetics, 40(1): 18-26, doi: 10.1111/j.1365-2052.2008.01800.x.

 

آمار
تعداد مشاهده مقاله: 235
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 248


سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب