کاوش ژنومی نشانههای انتخاب در نژادهای گاو بومی (سرابی، نجدی و تالشی) و هلشتاین با استفاده از روش hapFLK | ||
| علوم دامی ایران | ||
| دوره 53، شماره 3، پاییز 1401، صفحه 203-209 اصل مقاله (319.09 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2022.341411.653884 | ||
| نویسندگان | ||
| مهدی فرضی1؛ محمد مرادی شهربابک* 2؛ حسین مرادی شهربابک3؛ محمد باقر زندی باغچه مریم4 | ||
| 1دانشجوی کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران | ||
| 2استاد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران | ||
| 3استادیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران | ||
| 4استادیار، گروه علوم دامی دانشگاه زنجان، زنجان، ایران | ||
| چکیده | ||
| به منظور شناسایی نشانههای انتخاب بین گاوهای نژادهای بومی با نژاد هلشتاین از اطلاعات ژنومی 153 رأس گاو بومی (شامل 63 رأس سرابی، 44 رأس نجدی و 46 رأس تالشی) و 60 رأس گاو هلشتاین با در نظر گرفتن 46 رأس گاو نژاد برهمن به عنوان نژاد خارج گروهی استفاده شد. جهت تعیین ژنوتیپ نمونهها از تراشههای Illumina Bead Chip 40K (برای نژادهای بومی) وIllumina Bead Chip 770K (برای نژاد هلشتاین و برهمن) استفاده شده بود. اطلاعات ژنومی نژادهای خارجی از پایگاه داده WIDDE استخراج گردید. پس از اجرای مراحل مختلف کنترل کیفیت دادهها، برای شناسایی نشانههای انتخاب از روش آماری hapFLK با نرمافزار hapFLK v1.4 استفاده شد و با در نظر گرفتن 1/0درصد بالای ارزش hapFLK، نشانههای انتخاب روی کرموزوم 25 با استفاده از ابزار Ensmble Biomart شناسایی شدند که شامل 57 ژن بودند. سپس با استفاده از پایگاه اطلاعاتی PANTHER عملکرد بیولوژیکی کلی ژنها بررسی شده و QTLهای موجود در ناحیه مورد انتخاب با استفاده از پایگاه داده Animalgenome استخراج شدند و ژنها با تحقیقات دیگر نیز مقایسه شدند. نتایج حاصل نشان داد این ژنها با مسیرهای بیولوژیکی مختلف مانند فعالیت وابسته به ATP، اتصال، فعالیت کاتالیزوری، فعالیت آداپتور مولکولی، تنظیمکننده عملکرد مولکولی، فعالیت مبدل مولکولی، فعالیت تنظیمکننده رونویسی و فعالیت انتقالی در ارتباط بودند. QTLهای گزارش شده در این نواحی نیز با صفات قد و ارتفاع جدوگاه، میزان شیر و محتویات شیر، میزان آهن عضلانی، صفات مربوط به وزن بدن و آسانزایی ارتباط داشتند. | ||
| کلیدواژهها | ||
| پویش ژنومی؛ گاو بومی؛ نشانه انتخاب؛ QTL؛ hapFLK | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 995 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 493 |
||