مطالعه پویش ژنومی و آنالیز مسیرهای زیستی برای شناسایی ژنهای موثر بر رنگ پوشش در گوسفندان لری-بختیاری | ||
| علوم دامی ایران | ||
| دوره 53، شماره 3، پاییز 1401، صفحه 153-160 اصل مقاله (416.91 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2022.329848.653846 | ||
| نویسندگان | ||
| حسین محمدی* 1؛ محمد حسین مرادی2؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی2 | ||
| 1استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران | ||
| 2دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران | ||
| چکیده | ||
| رنگ پوشش، یکی از صفات مهم اقتصادی در گوسفند بوده و همچنین میتواند در شناسایی و تعیین خصوصیات نژادی مورد استفاده قرار گیرد. هدف پژوهش حاضر، مطالعه پویش کل ژنوم و آنالیز مسیرهای زیستی بر مبنای تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاهها و ژنهای مرتبط با صفت رنگ پوشش گوسفندان لری-بختیاری بوده است. پویش کل ژنوم بر اساس روش مورد-شاهدی در برنامه PLINK نسخه 90/1 انجام شد. آنالیز غنیسازی مجموعه ژنی با بسته نرمافزاری goseq برنامه R نسخه 1/6/3 با هدف شناسایی سطوح عملکردی و مسیرهای زیستی ژنهای نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا انجام شد و در نهایت برای آنالیز بیوانفورماتیکی از پایگاههای برخط GO، Metacyc، KEGG، Reactome و Panther استفاده گردید. در این پژوهش نشانگر تک نوکلئوتیدی معنیدار روی کروموزومهای 1، 2، 6، 9، 10 و 16 شناسایی شدند که با ژنهای EDNRB، PDGFRA، TCF25 و TYRP1 مرتبط بودند. در آنالیز غنیسازی مجموعه ژنی تعداد 5 مسیر هستیشناسی ژنی با صفت رنگ پوشش مرتبط بودند (05/0P<). از این بین، مسیرهای Regulation of protein tyrosine kinase activity، Regulation of protein kinase A signaling وActivation of protein kinase activity نقش مهمی در رشد و توسعه ملانوسیتها و تنظیم رنگدانه ها در بدن داشتند. با توجه به تأیید ارتباط برخی از مناطق ژنومی شناسایی شده در تحقیق حاضر با رنگ پوشش در گوسفند و بعضی گونههای دیگر و همچنین شناسایی مناطق ژنومی جدید، ژنهای شناسایی شده در این مطالعه میتوانند به عنوان ژنهای کاندیدا برای مطالعات تکمیلی و نهایتا در انتخاب ژنتیکی رنگ پوشش در گوسفند مورد استفاده قرار گیرد. | ||
| کلیدواژهها | ||
| پویش ژنومی؛ رنگ پوشش؛ گوسفند؛ مسیرهای زیستی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1,209 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 482 |
||