سامانه پشتیبانی خدمات اطلاعات

  اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات161
تعداد شماره‌ها6,532
تعداد مقالات70,504
تعداد مشاهده مقاله124,123,522
تعداد دریافت فایل اصل مقاله97,231,690
عطاری, محمدرضا, مرادی شهربابک, حسین, نهضتی, غلامعلی, بنابازی, محمد حسین, هاشمی, محمدرضا. (1398). مطالعه بیان ژن افتراقی زنبور عسل ملکه، نر و کارگر با استفاده از داده‌های RNA-seq. , 50(2), 103-113. doi: 10.22059/ijas.2019.257296.653635
محمدرضا عطاری; حسین مرادی شهربابک; غلامعلی نهضتی; محمد حسین بنابازی; محمدرضا هاشمی. "مطالعه بیان ژن افتراقی زنبور عسل ملکه، نر و کارگر با استفاده از داده‌های RNA-seq". , 50, 2, 1398, 103-113. doi: 10.22059/ijas.2019.257296.653635
عطاری, محمدرضا, مرادی شهربابک, حسین, نهضتی, غلامعلی, بنابازی, محمد حسین, هاشمی, محمدرضا. (1398). 'مطالعه بیان ژن افتراقی زنبور عسل ملکه، نر و کارگر با استفاده از داده‌های RNA-seq', , 50(2), pp. 103-113. doi: 10.22059/ijas.2019.257296.653635
عطاری, محمدرضا, مرادی شهربابک, حسین, نهضتی, غلامعلی, بنابازی, محمد حسین, هاشمی, محمدرضا. مطالعه بیان ژن افتراقی زنبور عسل ملکه، نر و کارگر با استفاده از داده‌های RNA-seq. , 1398; 50(2): 103-113. doi: 10.22059/ijas.2019.257296.653635

مطالعه بیان ژن افتراقی زنبور عسل ملکه، نر و کارگر با استفاده از داده‌های RNA-seq

علوم دامی ایران
مقاله 2، دوره 50، شماره 2، شهریور 1398، صفحه 103-113    اصل مقاله (913.26 K)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2019.257296.653635
نویسندگان
محمدرضا عطاری* 1؛ حسین مرادی شهربابک2؛ غلامعلی نهضتی2؛ محمد حسین بنابازی3؛ محمدرضا هاشمی1
1دانشجوی سابق کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
2استادیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
3استادیار، مؤسسه تحقیقات علوم دامی کشور، کرج، ایران
چکیده
این پژوهش با هدف مطالعه پروفایل بیان ژن و تعیین ژن‌های شاخص در تمایز و تکامل ملکه، نر و کارگر با مقایسه تفریقی آن‌ها در سن 5 لاروی یا همان سن تمایز انجام شد. لذا ترانسکریپتوم (توالی کل mRNA) 15 نمونه از زنبور عسل نژاد ایتالیایی (A. m. ligustica) شامل 5 زنبور نر، 5 کارگر و 5 ملکه از طریق همردیفی و مکان­یابی خوانش­های RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع زنبور عسل نسخه Amel_4.5 مرتب شد. سپس آنالیز بیان افتراقی ژن صورت گرفت و در نهایت 15962 ژن و 31297 ایزوفرم بر روی ترانسکریپتوم این نمونه‌ها مشخص شد و نهایتاً 465 ژن با بیان متفاوت بین تیمارهای نر و ملکه، 495 ژن بین تیمارهای کارگر و ملکه و 764 ژن بین تیمارهای نر و کارگر بود (000005/0p<)، (0001/0p<) و بیشترین تفاوت بیان ژنی بین تیمارهای کارگر و نر، ژن‌های GB45614 و GB42053 با لگاریتم 2 fold change به‌ترتیب با مقادیر 10- و 5/11 به‌دست آمدند و در مقایسه تیمارهای نر و ملکه ژن‌های GB45614 و GB48020 به‌ترتیب با مقادیر 7/11 و 8/11 و در مقایسه تیمارهای ملکه و کارگر ژن‌های GB43508 و GB42053 به‌ترتیب با مقادیر 6/6 و 9- با بیشترین تفاوت بیان ژنی مشاهده شدند. آنالیز ماهیت ژن (GO) و مسیرهایی که در آن­ها درگیر هستند نشان داد، که بررسی دقیقی و جامعی بر روی تعداد زیادی از این ژن‌ها انجام نشده است، ولی تعداد زیادی از این ژن‌های شاخص در مقایسه تیمارهای: ملکه و نر مرتبط با اجزای ساختاری و جدایی‌ناپذیر غشا، پردازش متابولیکی کیتین، بازدارنده‌های تریپسین، فعالیت گیرنده گاسترین، باندشونده با هورمون جوانی، پاسخ‌های دفاعی نسبت به باکتری‌ها، پروتئین‌های کوتیکول شفیره هستند درصورتی‌که در مقایسه ژن‌های شاخص متمایز در تیمارهای ملکه و کارگر مرتبط با مسیرهای متابولیکی، متابولیسم داروها و سایر آنزیم­ها، متابولیسم لیپیدها، باندشونده با نوکلئیک اسید، انتقال‌دهنده کلسترول داخل سلولی، پردازش‌های متابولیکی کیتین، بیوسنتز یوبیکینون و سایر ترپنوئید کینون‌ها و ژن‌های متمایز در مقایسه کارگر و نر مرتبط ا اجزای ساختاری و جدایی‌ناپذیری از غشای متابولیسم و انتقال آمینو اسیدها، باند شونده با یون کلسیم، باندشونده با فلز یون، انتقال‌دهنده کلسترول کیتین درون سلول، متابولیسم بودند.
کلیدواژه‌ها
بیان افتراقی ژن؛ ترانسکریپتوم؛ زنبورعسل؛ ماهیت ژن؛ RNA-Seq
مراجع
  1. Andrews, S. (2010). FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data. From: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc.
  2. Banabazi, M. H., Naserkheil, M. & Miraei-Ashtiani, S. R. (2012a). Network regulatory Gene expreesion of cerevisiae cell cycle with correlation weight method. The third national conference on agricultural biotechnology Iran. Ferdowsi University of Mashhad. (in Farsi)
  3. Banabazi, M. H., Naserkheil, M. & Miraei-Ashtiani, S. R. (2012b). Algorithm to identify genes expressed differently in the yeast Saccharomyces cerevisiae microarray data using software packages R. The third national conference on agricultural biotechnology Iran. Ferdowsi University of Mashhad. (in Farsi)
  4. Barchuk, A. R., Cristino, A. S., Kucharski, R., Costa, L. F., Simões, Z. L. & Maleszka, R. (2007). Molecular determinants of caste differentiation in the highly eusocial honeybee Apis mellifera. BMC Developmental Biology, 7(1), 70.
  5. Bolger, A. M., Lohse, M. & Usadel, B. (2014). Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics, 30(15), 2114-2120.
  6. Park, D., Jung, J. W., Choi, B. S., Jayakodi, M., Lee, J., Lim, J., ... & Choi, I. Y. (2015). Uncovering the novel characteristics of Asian honey bee, Apis cerana, by whole genome sequencing. BMC Genomics, 16(1), 1.
  7. Ekblom, R. & Galindo, J. (2010). Applications of next generation sequencing in molecular ecology of non-model organisms. Heredity, 107(1), 1-15.
  8. Gan, Q., Chepelev, I., Wei, G., Tarayrah, L., Cui, K., Zhao, K. & Chen, X. (2010). Dynamic regulation of alternative splicing and chromatin structure in Drosophila gonads revealed by RNA-seq. Cell Research, 20(7),763-783.
  9. Haas, B. J. & Zody, M. C. (2010). Advancing RNA-seq analysis. Nature Biotechnology, 28(5), 421.
  10. He, X.-J., Jiang, W.-J., Zhou, M., Barron, A. B. & Zeng, Z.-J. (2017). A comparison of honeybee (Apis mellifera) queen, worker and drone larvae by RNA-Seq. Insect Science
  11. Langmead, B. & Salzberg, S. (2012). Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods 9, 357-359.
  12. Li, H. & Durbin, R. (2009). Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform. Bioinformatics, 25(14), 1754-1760.
  13. Goff, L. A., Trapnell, C. & Kelley, D. (2012). CummeRbund: visualization and exploration of Cufflinks high-throughput sequencing data. R Package Version, 2(0).
  14. Marguerat, S. & Bähler, J. (2010). RNA-seq: from technology to biology. Cellular and Molecular Life Sciences, 67(4), 569-579.
  15. Mortazavi, A., Williams, B., McCue, K., Schaeffer, L. & Wold, B. (2008). Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq. Nature Methods, 5(7), 621-628.
  16. Ashby, R., Forêt, S., Searle, I. & Maleszka, R. (2016). MicroRNAs in honey bee caste determination. Scientific Reports, 6, 18794.
  17. Sultan, M., Schulz, M. H., Richard, H., Magen, A., Klingenhoff, A., Scherf, M. & Schmidt, D. (2008). A global view of gene activity and alternative splicing by deep sequencing of the human transcriptome. Science, 321(5891), 956-960.
  18. Tahmasebi, Gh. & Porgharaei, H. (2000). Investigating the role of bee in pollination and increasing the production of agricultural products in Iran
  19. Wilhelm, B. T. & Landry, J. R. (2009). RNA-Seq-quantitative measurement of expression through massively parallel RNA-Sequencing. Methods, 48, 249-257.
  20. Wu, X. B., Wang, Z. L., Gan, H. Y., Li, S. Y. & Zeng, Z. J. (2016). Transcriptome comparison between newly emerged and sexually matured bees of Apis mellifera. Journal of Asia-Pacific Entomology, 19(3), 893-897.
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 613
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 713


سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب