سامانه پشتیبانی خدمات اطلاعات

  اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات161
تعداد شماره‌ها6,532
تعداد مقالات70,501
تعداد مشاهده مقاله124,098,027
تعداد دریافت فایل اصل مقاله97,205,604
آذریار, مهدی, حاجی زاده, محمد, عزیزی, عبدالباسط, نادرپور, مسعود. (1398). شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی ویروس لکه‌حلقوی بافت مرده هسته‌دارها (Prunus necrotic ring spot virus) در درختان میوه هسته‌دار و دانه‌دار استان کردستان. , 50(1), 15-26. doi: 10.22059/ijpps.2018.254029.1006834
مهدی آذریار; محمد حاجی زاده; عبدالباسط عزیزی; مسعود نادرپور. "شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی ویروس لکه‌حلقوی بافت مرده هسته‌دارها (Prunus necrotic ring spot virus) در درختان میوه هسته‌دار و دانه‌دار استان کردستان". , 50, 1, 1398, 15-26. doi: 10.22059/ijpps.2018.254029.1006834
آذریار, مهدی, حاجی زاده, محمد, عزیزی, عبدالباسط, نادرپور, مسعود. (1398). 'شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی ویروس لکه‌حلقوی بافت مرده هسته‌دارها (Prunus necrotic ring spot virus) در درختان میوه هسته‌دار و دانه‌دار استان کردستان', , 50(1), pp. 15-26. doi: 10.22059/ijpps.2018.254029.1006834
آذریار, مهدی, حاجی زاده, محمد, عزیزی, عبدالباسط, نادرپور, مسعود. شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی ویروس لکه‌حلقوی بافت مرده هسته‌دارها (Prunus necrotic ring spot virus) در درختان میوه هسته‌دار و دانه‌دار استان کردستان. , 1398; 50(1): 15-26. doi: 10.22059/ijpps.2018.254029.1006834

شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی ویروس لکه‌حلقوی بافت مرده هسته‌دارها (Prunus necrotic ring spot virus) در درختان میوه هسته‌دار و دانه‌دار استان کردستان

دانش گیاهپزشکی ایران
مقاله 2، دوره 50، شماره 1، خرداد 1398، صفحه 15-26    اصل مقاله (1.2 M)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijpps.2018.254029.1006834
نویسندگان
مهدی آذریار1؛ محمد حاجی زاده* 2؛ عبدالباسط عزیزی2؛ مسعود نادرپور3
1دانشجوی سابق کارشناسی ارشد، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
2استادیار، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
3استادیار پژوهش، موسسه تحقیقات ثبت و گواهی بذر و نهال، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
چکیده
شمار 149 نمونۀ برگی از درختان میوۀ هسته‌دار و دانه‌دار استان کردستان هنگام بهار و تابستان سال‌های 1394 و 1396 به‌منظور شناسایی مولکولی و بررسی گوناگونی ژنتیکی عامل لکه حلقوی بافت مردۀ درختان هسته‌دار جمع‌آوری شدند و با آغازگرهای اختصاصی ژن پروتئین پوششی PNRSV-F3/PNRSV-R3 آزمون RT-PCR شدند. نتیجه‏ها RT-PCR نشان دادند که 8/20 درصد از نمونه‌ها آلوده به PNRSV بودند. سیزده جدایه بر پایۀ نوع میزبان و منطقۀ جغرافیایی گزینش و پس از تکثیر و پیوست بخشی از ژن پروتئین پوششی آن‌ها به پلاسمید pTG-19 و همسانه‌سازی در باکتری E. coli تعیین توالی شدند. توالی‌های به‌دست‌آمده در سطح نوکلئوتیدی به‌طور میانگین 002/0 ± 9/98 درصد با یکدیگر و 006/0 ± 4/94 درصد با دیگر جدایه‌های موجود در بانک ژن همانندی نوکلئوتیدی نشان دادند. در واکاوی تبارزایی بر پایۀ ترادف نوکلئوتیدی جدایه‌های PNRSV در سه گروه تبارزایی PV96، PV32 و PE5 قرار گرفتند که سیزده جدایۀ این پژوهش به همراه بیشتر جدایه‌های ایرانی در گروه تبارزایی PV96 قرار گرفتند. بیشترین همانندی نوکلئوتیدی میان جدایه‌های هلو از کامیاران (KH10)، زردآلو از سنندج (SZ93) و هلو از دهگلان (D7) با جدایۀ شلیل از ایران (KX353935) با 98 درصد و کمترین همانندی نوکلئوتیدی میان جدایۀ زردآلو از سنندج (SZ26) با جدایۀ آلو از لهستان (DQ983499) با 6/83 درصد همانندی دیده شد. نسبت‌های کم جانشینی مترادف به غیر مترادف (dN/dS) در ژن پروتئین پوششی این ویروس روشنگر این نکته است که گزینش منفی نقش بزرگی را در فرگشت این ژن بازی کرده است و بررسی نوترکیبی با نرم‌افزار RDP v.4.63 نیز نشان داد که در جدایه‌های موردبررسی در این پژوهش نوترکیبی در این بخش از ژنوم رخ نداده است.
کلیدواژه‌ها
پروتئین پوششی؛ گزینش منفی؛ نوترکیبی؛ واکاوی تبارزایی
مراجع
  1. Abtahi, F. S., Shams-Bakhsh, M., Mahdiyeh, M. & Safaie, N. (2015). Detection and distribution of the important viruses infecting Damask rose in floricultures of Isfahan, Markazi and Kerman provinces. Modern Genetics Journal, 1, 11-20.
  2. Aparicio, F. & Pallás, V. (2002). The molecular variability analysis of the RNA 3 of fifteen isolates of Prunus necrotic ringspot virus sheds light on the minimal requirements for the synthesis of its subgenomic RNA. Virus Genes, 25(1), 75-84.
  3. Aparicio, F., Myrta, A., Di Terlizzi, B. & Pallas, V. (1999). Molecular variability among isolates of Prunus necrotic ringspot virus from different Prunus spp. Phytopathology, 89, 991-999.
  4. Aparicio, F., Pallás, V. & Sánchez-Navarro, J. (2010). Implication of the C terminus of the Prunus necrotic ringspot virus movement protein in cell-to-cell transport and in its interaction with the coat protein. Journal of General Virology, 91(7), 1865-1870.
  5. Boulila, M. (2009). Molecular Evidence for Recombination in Prunus Necrotic Ringspot Virus. Plant Molecular Biology Report, 27, 189-198.
  6. Boulila, M., Ben Tiba, S. & Jilani, S. (2013). Molecular adaptation within the coat protein-encoding gene of Tunisian almond isolates of Prunus necrotic ringspot virus. Journal of Genetics, 92(1), 11-24.
  7. Bujarski, J., Figlerowicz, M., Gallitelli, D., Roossinck, M. J. & Scott, S. W. (2012). Family Bromoviridae. In: Virus Taxonomy. Ninth report of the international committee on taxonomy of viruses. Elsevier Academic Press, San Diego, CA, pp, 965-976.
  8. Cochran, L. C. & Hutchins, L. M. (1941). A severe ring-spot virus on peach. Phytopathology, 31, 860.
  9. Cui, H. G., Liu, H. Z., Chen, J., Zhou J. F., Qu, L. N., Su, J. M., Wang, G. P. & Hong, N. (2012). Genetic diversity of Prunus necrotic ringspot virus infecting stone fruit trees grown at seven regions in China and differentiation of three phylogroups by multiplex RT-PCR. Crop protection, 74, 30-36.
  10. Delport, W., Poon, A. F., Frost, S. D. W. & Pond, K. S. L. (2010). Datamonkey: a suite of phylogenetic analysis tools for evolutionary biology. Bioinformatics, 26(19), 2455-2457.
  11. Fajardo, T. V. M., Nascimento, M. B., Eiras, M., Nickel, O. & Pio-Ribeiro, G. (2015). Molecular characterization of Prunus necrotic ringspot virus isolated from rose in Brazil. Ciência Rural, 45(12), 2197-220
  12. Fallah, T. & Nasrollanejad, S. (2009). Detection and distribution of PNRSV on stone fruits in Golestan provinces. Journal of Plant Production, 16, 88-98. (in Farsi)
  13. Fiore N., Fajardo T. V., Prodan, S., Herranz, M. C., Aparicio, F., Montealegre, J. & Sánchez-Navarro, J. (2008). Genetic diversity of the movement and coat protein genes of South American isolates of Prunus necrotic ringspot virus. Archives of Virology, 153(5), 909-919.
  14. ‏Foissac, X., Savalle-Dumas, L., Gentit, P., Dulucq, M. J. & Candresse, T. (2000). Polyvalent detection of fruit tree Tricho, Capillo and Faveaviruses by nested RT-PCR using degenerated and inosine containing primers (PDO RT-PCR). Acta Horticulture, 357, 52-59.
  15. Gao, F., Lin, W., Shen, J. & Liao, F. (2016). Genetic diversity and molecular evolution of arabis mosaic virus based on the CP gene sequence. Archives of Virology, 161, 1047-1051.
  16. Gao, R., Xu, Y., Candresse, T., He, Z., Li, S., Ma, Y. & Lu, M. (2017). Further insight into genetic variation and haplotype diversity of Cherry virus A from China. PLOS ONE, 12(10), e0186273.
  17. Garcı´a-Arenal, F., Fraile, A. & Malpica, J. M. (2003). Variation and evolution of plant virus populations. International Microbiology, 6, 225-232.
  18. García-Arenal, F., Fraile, A. & Malpica, J. M. (2001). Variability and genetic structure of plant virus populations. Annual Review of Phytopathology, 39, 157-186.
  19. Hammond, R. W. & Crosslin, J. M. (1998). Virulence and molecular polymorphism of Prunus necrotic ringspot virus isolates. Journal of General Virology, 79, 1815-1823.
  20. King, A. M., Lefkowitz, E., Adams, M. J. & Carstens, E. B. (2011). “Virus Taxonomy: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses”. Academic Press, London, UK.1327 pp.89.
  21. Librado, P. & Rozas, J. (2009). Dnasp V5: A software for Comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatics, 25, 1451-1452.
  22. Martin, D. P., Murrell, B., Golden, M., Khoosal, A., & Muhire, B. (2015). RDP4: Detection and analysis of recombination patterns in virus genomes, Virus Evolution, 1(1), vev003, doi: 10.1093/ve/vev003.
  23. Mink, G. I. (1992). Prunus necrotic ringspot virus, Pp 335-356. In: J. Kumer, H. S. Chaube, U. S. Singh, and A. N. Mukhadpadhyay (Eds). Plant Diseases of International Importance. Vol. III. Prentice Hall, New York.
  24. Moini, A. & Izadpanah, K. (2000). Serological identification of Prunus necrotic ring spot virus and PPV in Dasht-e-Moghan. In: Proceedings of the 14th Plant Protection Congress of Iran, 5-8 September, Isfahan, Iran, p. 338.
  25. Moury, B., Cardin, L., Onesto, J. P., Candresse, T. & Poupet, A. (2001). Survey of Prunus necrotic ringspot virus in rose and its variability in rose and Prunus spp. Phytopathology, 91, 84-91.
  26. Pallas, V., Aparicio, F., Herranz, c. M., Sanchez-Navarro, A. J. & Scott, W. S. (2013). The molecular biology of Ilarviruses. Advances in Virus Research, 87, 139-181.
  27. Rahmanian, P., Rakhshandehroo, F. & Zamanizadeh, H. (2013). Detection and distribution of Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV) on stone fruits in some gardens located in Fars and Golestan provinces. Iranian Journal of Plant Protection Science, 44, 129-139. (in Farsi)
  28. Rakhshandehroo, F., Zamani Zadeh, H. R., Modarresi, A. & Hajmansoor, S. (2006). Occurrence of Prunus necrotic ringspot virus and Arabis mosaic virus on rose in Iran. Plant Disease, 90, 975.
  29. Sokhandan-Bashir, N., Kashiha, Z., Koolivand, D. & Eini, O. (2017). Detection and phylogenetic analysis of Prunus necrotic ringspot virus isolates from stone fruits in Iran. Journal of Plant Pathology, 99(3), 717- 723.
  30. Tajima, F. & Nei, M. (1984). Estimation of evolutionary distance between nucleotide sequences. Molecular Biology and Evolution, 1, 269-285.
  31. Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A. & Kumar, S. (2013). MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution, 30(12), 2725-2729.
  32. Thompson, J. D., Higgins, D. G. & Gibson, T. J. (1994). CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research, 22, 4673-80.
  33. Vaskova, D., Pertzik, K., Spak, J. & Karesova, R. (2000). Variability and molecular typing of the woody tree infecting Prunus necrotic ringspot virus. Archive of Virology, 145(4), 699-709.
  34. Vives, M. C., Rubio, L., Galipienso, L., Navarro, L., Moreno, P. & Guerri, J. (2002). Low genetic variation between isolates of Citrus leaf blotch virus from different host species and of different geographical origins. Journal of General Virology, 83(10), 2587-2591.
  35. Uyemoto, J. K. & Scott, S. (1992). Important diseases of prunus caused by viruses and other graft transmissible pathogens in California and South Carolina. Plant Disease, 76, 5-11.
  36. Zindović, J., Autonell, C. R. & Ratti, C. (2015). Molecular characterization of the coat protein gene of Prunus necrotic ringspot virus infecting peach in Montenegro. European Journal of Plant Pathology, 143(4), 881-891.
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 796
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 709


سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب