مقایسه ناحیه های ژنی ITS، D1/D2 LSU rDNA، بتاتوبولین و RNA پلیمراز II در جداسازی گونههای Allophoma ،Didymella و Neodidymelliopsis از خانواده Didymellaceae | ||
| دانش گیاهپزشکی ایران | ||
| مقاله 13، دوره 49، شماره 2، اسفند 1397، صفحه 309-320 اصل مقاله (2.73 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijpps.2018.255524.1006842 | ||
| نویسندگان | ||
| مهدی مهرابی کوشکی* 1، 2؛ رضا فرخی نژاد3 | ||
| 1استادیار بیماریشناسی گیاهی، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، استان خوزستان، ایران | ||
| 2مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی و علوم زیستی، دانشگاه شهید چمران اهواز، اهواز، استان خوزستان، ایران | ||
| 3استاد بیماریشناسی گیاهی، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، استان خوزستان، ایران | ||
| چکیده | ||
| در این پژوهش، 12 سویۀ بومی و 80 سویه از گونههای شناختهشدۀ سه جنس Allophoma،Didymella و Neodidymelliopsis گزینش شدند و در یک تجزیهوتحلیل تبارزایشی جهت همسنجی ناحیههای ژنی ITS، دومین D1 و D2 از زیرواحد بزرگ ژن ریبوزومی (D1/D2 LSU rDNA)، بتاتوبولین و RNA پلیمراز در جداسازی گونهها استفاده شدند. ناحیههای ژنی سویههای بومی با بهکارگیری DNA استخراجشده از زیستتودۀ میسیلیومی خشکانجمادی شده تکثیر و توالییابی شدند. تجزیهوتحلیل تبارزایشی با بهکارگیری الگوریتم درستنمائی بیشینه انجام شد. ناحیههای D1/D2 LSU rDNA، ITS، rpb2 و tub2 به ترتیب 0، 20، 43 و 46 گونه از 61 گونۀ مربوط به سه جنس موردبررسی را جداسازی کردند. در تجزیهوتحلیل تبارزایشی ترکیب ناحیههای ژنی، همۀ توالیهای ترکیبی (ITS-tub2، ITS-rpb2، tub2-rpb2، ITS-tub2-rpb2 و ITS-28S-tub2-rpb2) توانستند، نزدیک به 49 گونه از 61 گونۀ موردبررسی را جدا کنند. نتیجهها نشان دادند که برای شناسایی و جداسازی دقیق گونههای Allophoma، Didymella و Neodidymelliopsis، توالییابی و تجزیهوتحلیل تبارزایشی سه ناحیه ITS، tub2 و rpb2 در کنار بررسیهای ریختشناسی نیازین است. چنانچه به خاطر محدودیتهای مالی یا زمانی در یک پژوهش، تنها تکثیر و توالییابی یک ناحیه دلخواه باشد، ژنtub2 یا rpb2 بهترین نتایج را ارائه میکنند. | ||
| کلیدواژهها | ||
| تجزیهوتحلیل تبارزایشی؛ شناسایی گونه؛ فیلوژنی تکژنی و چندژنی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 786 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 595 |
||