بررسی جمعیت مؤثر، نامتعادلی پیوستگی و ساختار بلوک تکجوری در گاومیشهای نژاد آذربایجانی با استفاده از تراشههای متراکم نشانگری | ||
| علوم دامی ایران | ||
| مقاله 8، دوره 49، شماره 2، تابستان 1397، صفحه 247-255 اصل مقاله (586.81 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2017.214013.653463 | ||
| نویسندگان | ||
| محمد حسین فلاحی1؛ حسین مرادی شهربابک* 2؛ محمد مرادی شهربابک3؛ رستم عبدالهی آرپناهی4 | ||
| 1دانشجوی کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج | ||
| 2استادیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج | ||
| 3استاد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج | ||
| 4استادیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی ابوریحان، دانشگاه تهران | ||
| چکیده | ||
| هدف از این پژوهش برآورد میزان نامتعادلی پیوستگی، تعیین ساختار بلوکهای تکجوری (هاپلوتیپی) و اندازۀ مؤثر جمعیت گاومیش آذربایجانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP پراکنده در سراسر ژنگان (ژنوم) حاصل از تراشههای متراکمK 90 (SNPchip 90k) بود. حیوانهای مورد بررسی و ارزیابی 243 رأس گاومیش آذربایجانی پراکنده در استانهای گیلان، اردبیل، آذربایجان شرقی و آذربایجان غربی بود. پس از کنترل کیفیت دادههای نژادگانی (ژنوتیپی)، 62141 SNP برای تجزیهوتحلیل ساختار جمعیت، شناسایی ساختار تکجورها و اندازۀ مؤثر جمعیت استفاده شد. بیشترین میانگین نامتعادلی پیوستگی در کل جمعیت در فاصلۀ بین 5/2 کیلو جفت باز تا 5 کیلو جفت باز بین 25/0-29/0 و کمترین میانگین نامتعادلی پیوستگی (r2) در فاصلۀ 900-1000 کیلو جفت باز بین 014/0-012/0 بهدست آمد. مقدار r2 با افزایش فاصلۀ میان جفت SNPها کاهش زیادی نشان داد. در کل نمونههای تجزیهشده، 1693 بلوک مشاهده شد که 11 درصد کل SNPها درون بلوکهای تکجوری خوشهبندی شدند و 4/3±202 مگا جفت باز از کل ژنگان اتوزومی را پوشش میدهند.اندازۀ مؤثر جمعیت با استفاده از آمارۀ (r2) محاسبه شد. اندازۀ مؤثر جمعیت حدود دو نسل پیش نزدیک به 422 برآورد شد. | ||
| کلیدواژهها | ||
| اندازۀ مؤثر جمعیت؛ بلوک تکجوری؛ چندشکلی تک نوکلئوتیدی؛ گاومیش؛ نامتعادلی پیوستگی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 833 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 495 |
||