بررسی الگوی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران | ||
| علوم دامی ایران | ||
| مقاله 2، دوره 48، شماره 1، 1396، صفحه 11-18 اصل مقاله (831.83 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2017.221876.653485 | ||
| نویسندگان | ||
| سمیه بارانی1؛ محمد مرادی شهربابک* 2؛ اردشیر نجاتی جوارمی3؛ محمد حسین مرادی4؛ محسن قلی زاده5؛ مجید خان سفید6 | ||
| 1دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج | ||
| 2استاد، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج | ||
| 3دانشیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج | ||
| 4استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه اراک | ||
| 5استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه ساری | ||
| 6استادیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج | ||
| چکیده | ||
| شناخت الگوی عدم تعادل پیوستگی در جمعیتهای مختلف اطلاعات سودمندی برای بررسیهای انتخاب ژنومیک (ژنومیک) (GS) و پویش ژنوم یا ژنوم (GWAS) و شناخت معماری ژنتیکی صفات از طریق بررسی فاز پایداری عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفت کمی فراهم میکند. هدف از این پژوهش بررسی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران (بلوچی، لری-بختیاری و زل) است. بدین منظور از 186 نمونه گوسفند (شامل 96 نمونه بلوچی، 45 نمونه لری بختیاری و 45 نمونه زل) خونگیری به عمل آمد و با استفاده از آرایههای Ovine 50K SNPChip شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ و آنگاه عدم تعادل پیوستگی در هر نژاد با استفاده از آماره r2 اندازهگیری شد. بنابر نتایج این بررسی، بیشترین میانگین LD در فاصلههای کمتر از Kb10 در نژاد بلوچی، لری بختیاری و زل بهترتیب 323/0±392/0، 308/0±360/0 و 306/0±340/0 برآورد شد. بررسیLD در کروموزومهای اتوزوم هر نژاد، کروموزومهای 24 و 25 در نژاد بلوچی، 9 و 21 در نژاد لری بختیاری و 23 و 24 در نژاد زل بیشترین میانگین r2 را داشتند. بررسی همبستگی عدم تعادل پیوستگی بین نژادهای مختلف، بیشترین پایداری فاز LD را بین نژادهای زل و لری بختیاری نشان داد که احتمال دارد ناشی از وجود نیاکان مشترک بین این نژادها باشد. هر چه میزان LD بالاتر باشد تراکم نشانگری پایینتری در بررسیهای ارتباطی مورد نیاز است. نتایج این بررسی مشخص کرد برای به دست آمدن صحت 85 درصدی (با فرض اینکه دیگر عاملهای مؤثر بر صحت انتخاب ژنومیک برطرف شده باشد) در بررسیهای انتخاب ژنومیک و GWAS به آرایههایی با تراکم نشانگری بالاتر از 50K نیاز خواهد بود. | ||
| کلیدواژهها | ||
| انتخاب ژنومیک؛ پویش ژنومیک؛ لری- بختیاری؛ زل؛ بلوچی؛ عدم تعادل پیوستگی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1,493 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 1,119 |
||