سامانه پشتیبانی خدمات اطلاعات

  اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات161
تعداد شماره‌ها6,572
تعداد مقالات71,021
تعداد مشاهده مقاله125,497,882
تعداد دریافت فایل اصل مقاله98,759,564
بارانی, سمیه, مرادی شهربابک, محمد, نجاتی جوارمی, اردشیر, مرادی, محمد حسین, قلی زاده, محسن, خان سفید, مجید. (1396). بررسی الگوی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران. , 48(1), 11-18. doi: 10.22059/ijas.2017.221876.653485
سمیه بارانی; محمد مرادی شهربابک; اردشیر نجاتی جوارمی; محمد حسین مرادی; محسن قلی زاده; مجید خان سفید. "بررسی الگوی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران". , 48, 1, 1396, 11-18. doi: 10.22059/ijas.2017.221876.653485
بارانی, سمیه, مرادی شهربابک, محمد, نجاتی جوارمی, اردشیر, مرادی, محمد حسین, قلی زاده, محسن, خان سفید, مجید. (1396). 'بررسی الگوی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران', , 48(1), pp. 11-18. doi: 10.22059/ijas.2017.221876.653485
بارانی, سمیه, مرادی شهربابک, محمد, نجاتی جوارمی, اردشیر, مرادی, محمد حسین, قلی زاده, محسن, خان سفید, مجید. بررسی الگوی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران. , 1396; 48(1): 11-18. doi: 10.22059/ijas.2017.221876.653485

بررسی الگوی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران

علوم دامی ایران
مقاله 2، دوره 48، شماره 1، خرداد 1396، صفحه 11-18    اصل مقاله (831.83 K)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2017.221876.653485
نویسندگان
سمیه بارانی1؛ محمد مرادی شهربابک* 2؛ اردشیر نجاتی جوارمی3؛ محمد حسین مرادی4؛ محسن قلی زاده5؛ مجید خان سفید6
1دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
2استاد، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
3دانشیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
4استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه اراک
5استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه ساری
6استادیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
چکیده
شناخت الگوی عدم تعادل پیوستگی در جمعیت‌های مختلف اطلاعات سودمندی برای بررسی‌های انتخاب ژنومیک (ژنومیک) (GS) و پویش ژنوم یا ژنوم (GWAS) و شناخت معماری ژنتیکی صفات از طریق بررسی فاز پایداری عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفت کمی فراهم می‌کند. هدف از این پژوهش بررسی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران (بلوچی، لری-بختیاری و زل) است. بدین منظور از 186 نمونه گوسفند (شامل 96 نمونه بلوچی، 45 نمونه لری بختیاری و 45 نمونه زل) خون‌گیری به عمل آمد و با استفاده از آرایه‌های Ovine 50K SNPChip شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ و آنگاه عدم تعادل پیوستگی در هر نژاد با استفاده از آماره r2 اندازه‌گیری شد. بنابر نتایج این بررسی، بیشترین میانگین LD در فاصله‌های کمتر از Kb10 در نژاد بلوچی، لری بختیاری و زل به‌ترتیب 323/0±392/0، 308/0±360/0 و 306/0±340/0 برآورد شد. بررسیLD در کروموزوم‌های اتوزوم هر نژاد، کروموزوم‌های 24 و 25 در نژاد بلوچی، 9 و 21 در نژاد لری بختیاری و 23 و 24 در نژاد زل بیشترین میانگین r2 را داشتند. بررسی همبستگی عدم تعادل پیوستگی بین نژادهای مختلف، بیشترین پایداری فاز LD را بین نژادهای زل و لری بختیاری نشان داد که احتمال دارد ناشی از وجود نیاکان مشترک بین این نژادها باشد. هر چه میزان LD بالاتر باشد تراکم نشانگری پایین‌تری در بررسی‌های ارتباطی مورد نیاز است. نتایج این بررسی مشخص کرد برای به دست آمدن صحت 85 درصدی (با فرض اینکه دیگر عامل‌های مؤثر بر صحت انتخاب ژنومیک برطرف شده باشد) در بررسی‌های انتخاب ژنومیک و GWAS به آرایه‌هایی با تراکم نشانگری بالاتر از 50K نیاز خواهد بود.
کلیدواژه‌ها
انتخاب ژنومیک؛ پویش ژنومیک؛ لری- بختیاری؛ زل؛ بلوچی؛ عدم تعادل پیوستگی
مراجع
  1. Alhaddad, H., Khan, R., Grahn, R. A., Gandolfi, B., Mullikin, J. C., Cole, S. A., ... & Lyons, L. A. (2013). Extent of linkage disequilibrium in the domestic cat, Felis silvestris catus, and its breeds. PLoS One, 8(1), e53537
  2. Al-Mamun, H. A., Clark, S., Kwan, P. & Gondro, C. (2015). Genome-wide linkage disequilibrium and genetic diversity in five populations of Australian domestic sheep. Genetics Selection Evolution, 47(1), 1.
  3. Ardlie, K. G., Kruglyak, L. & Seielstad, M. (2002). Patterns of linkage disequilibrium in the human genome. Nature Reviews Genetics, 3(4), 299-309.
  4. Badke, Y. M., Bates, R. O., Ernst, C. W., Schwab, C. & Steibel, J. P. (2012). Estimation of linkage disequilibrium in four US pig breeds. BMC genomics, 13(1), 1.
  5. Barrett, J. C., Fry, B., Maller, J. D. M. J. & Daly, M. J. (2005). Haploview: analysis and visualization of LD and haplotype maps. Bioinformatics, 21(2), 263-265.
  6. BEAGLE 3.3.2 (2011). Department of Medicine Division of Medical Genetics University of Washington. Browning, B. L.
  7. Biegelmeyer, P., Gulias-Gomes, C. C., Caetano, A. R., Steibel, J. P. & Cardoso, F. F. (2016). Linkage disequilibrium, persistence of phase and effective population size estimates in Hereford and Braford cattle. BMC genetics, 17(1), 1.
  8. Bohmanova, J., Sargolzaei, M. & Schenkel, F. S. (2010). Characteristics of linkage disequilibrium in North American Holsteins. BMC genomics, 11(1), 1.
  9. Brito, L. F., Jafarikia, M., Grossi, D. A., Kijas, J. W., Porto-Neto, L. R., Ventura, R. V., ... & Schenkel, F. S. (2015). Characterization of linkage disequilibrium, consistency of gametic phase and admixture in Australian and Canadian goats. BMC genetics, 16(1), 1.
  10. Corbin, L. J., Blott, S. C., Swinburne, J. E., Vaudin, M., Bishop, S. C. & Woolliams, J. A. (2010). Linkage disequilibrium and historical effective population size in the Thoroughbred horse. Animal Genetics, 41(s2), 8-15.
  11. Fu, W., Dekkers, J. C., Lee, W. R. & Abasht, B. (2015). Linkage disequilibrium in crossbred and pure line chickens. Genetics Selection Evolution, 47(1), 1.
  12. Gabriel, S. B., Schaffner, S. F., Nguyen, H., Moore, J. M., Roy, J., Blumenstiel, B., ... & Liu-Cordero, S. N. (2002). The structure of haplotype blocks in the human genome. Science, 296(5576), 2225-2229.
  13. Gholizadeh, M., Rahimi-Mianji, G., Nejati-Javaremi, A., de Koning, D. J. & Jonas, E. (2014). Genome-wide association study to detect QTL for twinning rate in Baluchi sheep. Journal of genetics, 93(2), 489.
  14. Gouveia, J. J. D. S., Silva, M. V. G. B. D., Paiva, S. R. & Oliveira, S. M. P. D. (2014). Identification of selection signatures in livestock species. Genetics and molecular biology, 37(2), 330-342.
  15. Hayes, B. J. & Goddard, M. E. (2001). Prediction of total genetic value using genome-wide dense marker maps. Genetics, 157(4), 1819-1829.
  16. Jasielczuk, I., Gurgul, A., Szmatoła, T., Ząbek, T., Pawlina, K., Semik, E. & Bugno-Poniewierska, M. (2016). Linkage disequilibrium and haplotype block structure in Limousin, Simmental and native Polish Red cattle. Livestock Science, 191, 57-63.
  17. Karimi, K., Koshkoiyeh, A. E. & Gondro, C. (2015). Comparison of linkage disequilibrium levels in Iranian indigenous cattle using whole genome SNPs data. Journal of Animal Science and Technology, 57(1), 1.
  18. Khatkar, M. S., Nicholas, F. W., Collins, A. R., Zenger, K. R., Cavanagh, J. A., Barris, W., ... & Raadsma, H. W. (2008). Extent of genome-wide linkage disequilibrium in Australian Holstein-Friesian cattle based on a high-density SNP panel. BMC genomics, 9(1), 1.
  19. Lewontin, R. C. (1964). The interaction of selection and linkage. I. General considerations; heterotic models. Genetics, 49(1), 49-67.
  20. Mokry, F. B., Buzanskas, M. E., de Alvarenga Mudadu, M., do Amaral Grossi, D., Higa, R. H., Ventura, R. V., ... & da Silva, M. V. G. B. (2014). Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. BMC genomics, 15(7), 1.
  21. Moradi, M. H., Nejati-Javaremi, A., Moradi-Shahrbabak, M., Dodds, K. G. & McEwan, J. C. (2012). Genomic scan of selective sweeps in thin and fat tail sheep breeds for identifying of candidate regions associated with fat deposition. BMC genetics, 13(1), 1.
  22. Nilsen, H., Hayes, B., Berg, P. R., Roseth, A., Sundsaasen, K. K., Nilsen, K. & Lien, S. (2008). Construction of a dense SNP map for bovine chromosome 6 to assist the assembly of the bovine genome sequence. Animal genetics, 39(2), 97-104.
  23. Niu, H., Zhu, B., Guo, P., Zhang, W., Xue, J., Chen, Y., ... & Li, J. (2016). Estimation of linkage disequilibrium levels and haplotype block structure in Chinese Simmental and Wagyu beef cattle using high-density genotypes. Livestock Science, 190, 1-9.
  24. Pfahler, S. & Distl, O. (2015). Effective Population Size, Extended Linkage Disequilibrium and Signatures of Selection in the Rare Dog Breed Lundehund. PloS one, 10(4), e0122680.
  25. Purcell, S., Neale, B., Todd-Brown, K., Thomas, L., Ferreira, M. A., Bender, D., ... & Sham, P. C. (2007). PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses. The American Journal of Human Genetics, 81(3), 559-575.
  26. Qanbari, S., Hansen, M., Weigend, S., Preisinger, R. & Simianer, H. (2010). Linkage disequilibrium reveals different demographic history in egg laying chickens. BMC Genetics, 11(1), 1.
  27. Qanbari, S., Pimentel, E. C. G., Tetens, J., Thaller, G., Lichtner, P., Sharifi, A. R. & Simianer, H. (2010). The pattern of linkage disequilibrium in German Holstein cattle. Animal genetics, 41(4), 346-356.
  28. Shrestha, J. N. B. & Fahmy, M. H. (2005). Breeding goats for meat production: a review: 1. Genetic resources, management and breed evaluation. Small Ruminant Research, 58(2), 93-106.
  29. Skipper, L., Wilkes, K., Toft, M., Baker, M., Lincoln, S., Hulihan, M., ... & Farrer, M. (2004). Linkage disequilibrium and association of MAPT H1 in Parkinson disease. The American Journal of Human Genetics, 75(4), 669-677.
  30. Wang, L., Sørensen, P., Janss, L., Ostersen, T. & Edwards, D. (2013). Genome-wide and local pattern of linkage disequilibrium and persistence of phase for 3 Danish pig breeds. BMC Genetics, 14(1), 115.
  31. Zygoyiannis, D. (2006). Sheep production in the world and in Greece. Small Ruminant Research, 62(1), 143-147.
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 1,160
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 916





سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب