بررسی تنوع ساختاری ژنگان سگ و گرگ بومی ایران با روش توالییابی کل ژنوم | ||
| علوم دامی ایران | ||
| مقاله 11، دوره 47، شماره 2، 1395، صفحه 271-277 اصل مقاله (389.73 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2016.59032 | ||
| نویسندگان | ||
| زینب امیری قنات سامان1؛ علی اسمعیلی زاده کشکوئیه* 2؛ مسعود اسدی فوزی3 | ||
| 1دانشجوی دکتری اصلاح نژاد دام، بخش مهندسی علوم دامی، دانشکدة کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران و عضو انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان | ||
| 2استاد، بخش مهندسی علوم دامی، دانشکدة کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران | ||
| 3دانشیار، بخش مهندسی علوم دامی، دانشکدة کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران | ||
| چکیده | ||
| در این پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلادة گرگ بومی ایران نمونهگیری شد. توالییابی کل ژنگان (ژنوم) برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالییابی نسل جدید انجام شد. دادهها توسط برنامة BWA با ژنگان مرجع (رفرنس) همردیف شدند. چندریختیهای تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامة GATK شناسایی شدند. تغییرپذیری (واریانت)های ساختاری با برنامة BreakDancer-1.1تعیین شدند. مستندسازی چندریختیهای تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامةSnpEff انجام شد. مقادیر تنوع نوکلئوتیدی در نمونههای سگ و گرگ با VCFtools محاسبه شدند. در این پژوهش 12459651 چندریختی تک نوکلئوتیدی به دست آمد که 7819789 و 10454994 به ترتیب مربوط به نمونههای سگ و گرگ بودند. از شمار کل چندریختیهای تک نوکلئوتیدی 57/53، 989/31 و 811/0 درصد به ترتیب در ناحیة بین ژنی، اینترون و اگزون قرار گرفتند. نتایج تجزیهوتحلیل دادهها نشان داد که تنوع ساختاری در ژنگان گرگ بیشتر از سگ است. | ||
| کلیدواژهها | ||
| تغییرپذیری ساختاری؛ حذف و اضافة کوچک؛ چندریختی تک نوکلئوتیدی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 2,010 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 1,920 |
||