سامانه پشتیبانی خدمات اطلاعات

  اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات158
تعداد شماره‌ها6,225
تعداد مقالات67,685
تعداد مشاهده مقاله114,982,337
تعداد دریافت فایل اصل مقاله89,654,215
نادری, حیدر, شکرپور, مجید, اصغری, علی, کانونی, همایون, اسفندیاری, عزت‌اله. (1393). بررسی تنوع ژنتیکی لاین‌های نخود با استفاده از نشانگرهای مولکولی ISSR. , 45(4), 509-519. doi: 10.22059/ijfcs.2014.53561
حیدر نادری; مجید شکرپور; علی اصغری; همایون کانونی; عزت‌اله اسفندیاری. "بررسی تنوع ژنتیکی لاین‌های نخود با استفاده از نشانگرهای مولکولی ISSR". , 45, 4, 1393, 509-519. doi: 10.22059/ijfcs.2014.53561
نادری, حیدر, شکرپور, مجید, اصغری, علی, کانونی, همایون, اسفندیاری, عزت‌اله. (1393). 'بررسی تنوع ژنتیکی لاین‌های نخود با استفاده از نشانگرهای مولکولی ISSR', , 45(4), pp. 509-519. doi: 10.22059/ijfcs.2014.53561
نادری, حیدر, شکرپور, مجید, اصغری, علی, کانونی, همایون, اسفندیاری, عزت‌اله. بررسی تنوع ژنتیکی لاین‌های نخود با استفاده از نشانگرهای مولکولی ISSR. , 1393; 45(4): 509-519. doi: 10.22059/ijfcs.2014.53561

بررسی تنوع ژنتیکی لاین‌های نخود با استفاده از نشانگرهای مولکولی ISSR

علوم گیاهان زراعی ایران
مقاله 4، دوره 45، شماره 4، دی 1393، صفحه 509-519    اصل مقاله (576.87 K)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijfcs.2014.53561
نویسندگان
حیدر نادری1؛ مجید شکرپور* 2؛ علی اصغری3؛ همایون کانونی4؛ عزت‌اله اسفندیاری5
1کارشناس ارشد، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه محقق اردبیلی
2استادیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
3دانشیار، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه محقق اردبیلی
4استادیار، مرکز تحقیقات جهاد کشاورزی، کردستان
5دانشیار، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه مراغه
چکیده
در این بررسی برای مطالعۀ تنوع ژنتیکی 56 لاین نخود زراعی از نشانگر مولکولی ISSR استفاده شد. از 34 آغازگر ارزیابی‌شده برای تکثیر قطعات DNA ژنومی لاین‌های نخود، نه آغازگر با تولید 35 نوار چندشکل، الگوهای نواربندی مناسبی تولید کردند. میانگین درصد چندشکلی برای همة آغازگرها 01/66 درصد با دامنة تغییرات 25 تا 100 درصد بود. میانگین تنوع ژنتیکی نی و شاخص اطلاعات شانون در همة آغازگرها به‌ترتیب 325/0 و 492/0 به‌دست آمد. بر مبنای ضریب تشابه جاکارد، لاین‌های FLIP 01-40C و  FLIP 02-84دارای کمترین تشابه ژنتیکی (166/0) و لاین‌های FLIP 03-6C و FLIP 03-8C دارای بیشترین تشابه ژنتیکی (1) بودند. تجزیة خوشه‌ای به‌روش UPGMA و با استفاده از ماتریس شباهت جاکارد انجام گرفت. برش دندروگرام در فاصلة 51/0 لاین‌ها را در شش گروه مجزا قرار داد.گروه‌بندی کاملاً متمایز و فواصل شایان توجه لاین‌ها در گروه‌های مختلف در این دندروگرام، بیانگر تنوع مولکولی زیاد لاین‌های نخود مورد بررسی است. نمایش لاین‌ها در یک نمودار سه‌بعدی براساس سه مؤلفة اصلی اول حاصل تجزیه به مؤلفه‌های هماهنگ، تا حدی گروه‌بندی حاصل تجزیة خوشه‌ای را تأیید کرد و توانست لاین‌ها را از هم تفکیک کند.
کلیدواژه‌ها
تجزیۀ خوشه‌ای؛ تنوع ژنتیکی؛ نخود زراعی؛ نشانگر ISSR
عنوان مقاله [English]
Investigation of Genetic Diversity in Chickpea (Cicer arietinum L.) Lines Using ISSR Markers
نویسندگان [English]
Heidar Naderi1؛ Majid Shokrpour2؛ Ali Asghari3؛ Homayoun Kanooni4؛ Ezatollah Esfandiari5
1Former Graduate Student, Faculty of Agriculture, University of Mohaghegh Ardabili, Aradabil
2Assisstant Professor, University College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj
3Associate Professor, Faculty of Agriculture, University of Mohaghegh Ardabili, Aradabil
4Assisstant Professor, Research Center of Agriculture, Kordestan
5Associate Professor, Faculty of Agriculture, University of Maragheh, Maragheh
چکیده [English]
In this research, ISSR technique was applied to assess genetic diversity among 56 chickpea lines. Out of 34 primers, nine primers produced appropriate banding patterns and produced 35 polymorphic bands in chickpea lines. Mean percentage of polymorphism of the primers was 66.01 with range of 25 to 100 percent. Mean of Nei's genetic diversity and Shannon information index over all primers were 0.325 and 0.492, respectively. Based on Jaccard's similarity coefficient, lines of FLIP01-40C and FLIP02-84 had the lowest similarity (0.166) and lines of FLIP03-6C and FLIP03-8C had the highest similarity coefficient Cluster analysis using UPGMA method and Jaccard's similarity matrix was done. The dendrogram was cut at 0.51 scaled interval and categorized the lines in six distinct groups. Distinct grouping and large genetic distances among the chickpea lines stated a good molecular variation. Showing the lines by a tri-plot based on the three first coordinates from PCoA, verified the clustering and efficiently separated them
کلیدواژه‌ها [English]
Chickpea, Cluster Analysis, genetic diversity and ISSR markers
مراجع
  1. Aggarwal, H., Kumar, V., Kumar, A., Singh, J. & Chhokar, V. (2011). Accessing genetic diversity in chickpea (Cicer arietinum L.) genotypes using ISSR markers. World Congress on Biotechnology, 21-23 March, page 368.
  2. Belaj, A., Satovic, Z., Cipriani, G., Baldoni, L., Testolin, R., Rallo, L. & Trujillo, I. (2003). Comparative study of the discriminating capacity of RAPD, AFLP and SSR markers and of their effectiveness in establishing genetic relationships in olive. Theoretical and Applied Genetics, 107, 736-744.
  3. Clarke, H.J. & Siddique, K.H.M. (2004). Response of chickpea genotypes to low temperature stress during reproductive development. Field Crops Research, 90, 323-334.
  4. Collard, B.C.Y., Jahufer, M.Z.Z., Brouwer, J. & Bandpang, E.C.K. (2005). An introduction to markers, quantitative trait loci (QTL) mapping and marker-assisted selection for crop improvement: The basic concept. Euphytica, 142, 169-196.
  5. Datta, J., Lal, N., Kaashyap, M. & Gupta, P.P. (2010). Efficiency of Three PCR based Marker Systems for Detecting DNA Polymorphism in Cicer arietinum L and Cajanus cajan L. Millspaugh. Genetic Engineering and Biotechnology Journal, 5, 1-15.
  6. Doyle, J.J. & Doyle, J.L. (1990). Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, 12, 11-15.
  7. Dwevdi, K.K. & Gaibriyal, M. (2009). Assessment of genetic diversity of cultivated chickpea (Cicer arietinum L.). Asian Journal of Agriculture science, 1(1), 7-8.
  8. Fazeli, F. & Cheghamirza, K. (2011). Investigation of genetic diversity in iranian landrace chickpea bulks using ISSR marker. Modern Genetic, 6 (2), 97-104. (In Farsi)
  9. Gaure, P. M., Tripathi, S., Gowda, C. L. L., Ranga, R. G. V., Sharma, H. C., Pande, S. & Sharma, M. (2010). Chickpea seed production manual, Andhra Pradesh, India: International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics.
  10. Jomová, K., Benková, M. & Kraic, J. (2009). Enrichment of Chickpea Genetic Resources Collection Monitored by Microsatellites. Czech Journal of Genetics and Plant Breeding, 45 (1), 11-17.
  11. Lewontin, R.C. (1972). The apportionment of human diversity. Evolution of Biology, 6, 381-398.
  12. Mahmood, Z., Athar, M., Aurangzeb, Khan, M.A., Ali, M., Saima, S. & Dasti, A.A. (2011). Analysis of genetic diversity in chickpea (Cicer arietinum L.) cultivars using random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. African Journal of Biotechnology, 10(2), 140-145.
  13. Mateescu, R.G., Zhang, Z., Tsai, K., Phavaphutanon B., Lust, G., Quaas, R., Murphy, K., Acland, G.M. & Todhunter, R.J. (2005). Analysis of allele fidelity polymorphic information content, and density of microsatellites in a genomewide screening for hip dysplasia in a crossbreed pedigree. Journal of Heredity, 96(7), 847-853
  14. Matus, I.A. & Hayes, P.M. (2002). Genetic diversity in three groups of barley germplasm assessed by simple sequence repeats. Genome, 45, 1095-1106.
  15. Mohammadi, S.A. & Prasanna, B.M. (2003). Analysis of genetic diversity in crop plant- salient statistical tools and consideration. Crop Science, 43, 1235-1248.
  16. Muminovic, J., Melchinger, A.E. & Lubberstedt, T. (2004). Genetic diversity in cornsalad (Valerianella locusta) and related species as determined by AFLP markers. Plant Breeding, 123, 460-466.
  17. Naderi, H., Shokrpour, M., Asghari, A., Kanouni, H. & Esfandiari, E. 2013. Evaluation of cold tolerance in winter sowing of chickpea (Cicer arietinum L.) using morphological and phenological traits in Kurdistan region. Iranian Journal of Pulses Research,  4(1), 69-80. (In Farsi)
  18. Nei, M. (1973). Analysis of gene diversity in subdivided populations. Proceeding National Academic Science, 70, 3321-3323.
  19. Peakall, R. & Smouse, P.E. (2012). GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research-an update. Bioinformatics, 28, 2537-2539.
  20. Powell, W., Morgante, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, J., Tingey. S. & Refalski, A. (1996). The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Molecular Breeding, 2, 225-238.
  21. Rao, L.S., Ran, U.P., Deshmukh, P.S., Kumar, P.A. & Panguluri, S.K. (2007). RAPD and ISSR fingerprinting in cultivated chickpea (Cicer arietinum L.) and its wild progenitor Cicer reticulatum Ladizinsky. Genetic Resource Crop Evolution, 54, 1235-1244.
  22. Reddy, M.P., Sarla, N., Neeraja, C.N. & Siddiq, E.A. (2000). Assessing genetic variation among Asian A-genome Oryza species using inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism. Fourth International Rice Genetics Symposium, 22–27 October 2000, IRRI, Philippines. Abstracts p. 212.
  23. Reif, J.C., Xia, X.C., Melchinger, A.E., Warburton, M.L., Hoisington, D.A., Beck, D., Bohn, M. & Frisch, M. (2004). Genetic diversity determined within and among CIMMYT maize population of tropical, subtropical, and temperate germplasm by SSR markers. Crop Science, 44, 326- 334.
  24. Renganayaki, K., Read, J.C. & Fritz, A.K. (2001). Genetic diversity among tegxas bluegrass (Poa arachnifera Torr.) revealed by AFLP and RAPD markers. Theoritical and Applied Genetics, 2, 1037-1045
  25. Rohlf, F. J. (1987). NTSYS-pc: Micro-computer programs for numerical taxonomy and multivariate analysis. American Statistician, 41, 330.
  26. Roldain-Ruiz, I., Calsyn, E., Gilliand, T.J., Coll., R., van Eijk, M.J.T. & De Loose, M. (2000). Estimating genetic conformity between related ryegrass (Lolium sp.) varieties, 2. AFLP characterization. Molecular Breeding, 6,  593-602.
  27. Samdaliri, M., Saiedsharifi, R. & Esmaielpor, B. (2010). Pulse Crops. Islamic Azad University the unit of Challos Publishers. (In Farsi)
  28. Setty, N. K., Shokeen, B., Edwards, K. J. & Bhatia, S. (2006). Development of microsatellite markers and analysis of intraspecific genetic variability in chickpea (Cicer arietinum L.). Theoretical and Applied Genetics, 112, 1416-1428.
  29. Singh, R., Sharma, P., Varshney, R.K., Sharma, S. & Singh, N.K. (2008). Chickpea improvement: role of wild species and genetic markers. Biotechnology and Genetic Engineering Reviews, 25, 267-314.
  30. Tahir, N.A.R. & Karim, H.F.H. (2011). Determination of genetic relationship among some varieties of chickpea (Cicer arietinum L.) in Sulaimani by RAPD and ISSR markers. Jordan Journal of Biological Sciences, 4, 77-86.
  31. Talebi, R., Babaeian, N.A., Mardi, M., Fayaz, F., Furman, B.J. & Bagheri, N.A. (2009). Phylogenetic diversity and relationship among annual Cicer species using random amplified polymorphic DNA markers. General and Applied Plant Physiology, 35, 3-12.
  32. Talebi, R., Naji, A.M. & Fayaz, F. (2008). Geographical patterns of genetic diversity in cultivated chickpea (Cicer arietinum L.) characterized by amplified fragment length polymorphism. Plant Soil Environment, 54(10), 447-452.
  33. Taylor, P.W.J., Redden, R.J. & Ford, R. (2004). Genetic diversity estimates in Cicer using AFLP analysis. Plant Breeding, 123, 173-179.
  34. Terzopoulos, P. J. & Bebeli, P. J. (2008). Genetic diversity analysis of Mediterranean faba bean (Vicia faba L.) with ISSR markers. Field Crops Research, 108, 39-44.
  35. Upadhyaya, H. D., Dwivedi, S. L., Gowda, C. L. L. & Singh, S. (2007). Identification of diverse germplasm lines for agronomic traits in chickpea (Cicer arietinum L.) core collection for use in crop improvement. Field Crop Research, 100, 320-326.
  36. Varshney, R.K., Horres, R., Molina, C., Nayak, S., Jungmann, R., Swamy, P., Winter, P., Jayashree, B., Kahl, G. & Hoisington, D.A. (2007). Extending the repertoire of microsatellite markers for genetic linkage mapping and germplasm screening in chickpea. Journal of SAT Agricultural Resarch, 5(1), 1-3.
  37. Virk, P.S., Zhu, J., Newbury, H.J., Bryan, G.J., Jackson, M.T. & Ford-Lioyd, B.V. (2000). Effectiveness of different classes of molecular markers for classifying and revealing variations in rice (Oryza sativa) germplasm. Euphytica, 112, 275-284.
  38. Vos, P., Hogers, R., Bleeker, M., Rerjans, M., Van der Lee, T., Hornes, M., Frijters, A., Pot, J., Peleman, J., Kuiper, M. & Zabeau, M. (1995). AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. Nucleic Acids Research, 23, 4407-4414.
  39. Vural, H.C. & Akcin, A. (2010). Molecular analysis of chickpea species through molecular markers. Biotechnology and Biotechnology Equipment, 24(2), 1828-1832.
  40. Yeh, F.C. & Yang, R. (1999). Popgene Version 1.31. Microsoft Window-based Freeware for Population Genetic Analysis Quick User Guide. University of Alberta And Tim Boyle, Centre for International Forestry Research.
  41. Zheleva, D., Todorovska, E., Chirstov, N., Ivanov, P., Ivanov, I. & Todorov,  I. (2007). Assessing the genetic variation in Bulgarian bred wheat varieties by biochemical and moleculars. Biotechnology and Biotechnology Equipment, 12, 311-321.
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 2,457
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 3,566


سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب