شناسایی ماژول‌های هم‌بیان کلیدی و مسیرهای عملکردی مرتبط با ورم‌پستان گاوهای شیری ناشی از گونه‌های پروتوتکا از طریق رویکرد ادغام کاربردی تجزیه و تحلیل‌های بیوانفورماتیکی | ||
| علوم دامی ایران | ||
| دوره 57، شماره 3، پاییز 1405، صفحه 445-471 اصل مقاله (2.86 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2026.410169.654126 | ||
| نویسندگان | ||
| فرزاد غفوری1؛ مصطفی صادقی* 1؛ سیدرضا میرائی آشتیانی1؛ هرمان ویلدریک بارکما2؛ مسعود شیرعلی3 | ||
| 1گروه مهندسی علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، البرز، ایران | ||
| 2دانشکده دامپزشکی، دانشگاه کلگری، کلگری، آلبرتا، کانادا | ||
| 3مؤسسه تحقیقات کشاورزی، غذا و علوم زیستی، هیلزبرا، ایرلند شمالی، انگلستان | ||
| چکیده | ||
| ورم‌پستان یکی از جدی‌ترین چالش‌های صنعت گاوهای شیری می‌باشد که تاکنون سازوکارهای تنظیم ژنی مؤثر در میزبان در پاسخ به گونه‌های پروتوتکا به عنوان پاتوژن‌های نوظهور به طور کامل شناسایی نشده‌اند. هدف از ارائة پژوهش حاضر، ادغام چندلایه‌ای تجزیه و تحلیل‌های ترانسکریپتوم مقایسه‌ای، شبکههای هم‌بیانی ژنی وزن‌دار و شبکههای تنظیمی دوبخشی برای شناسایی ماژول‌های هم‌بیان هاب دارای افزایش و کاهش بیان دخیل در سازوکارهای تنظیم‌ژنی سلول‌های سوماتیک شیر دو گروه از گاوهای شیری هلشتاین مبتلا به ورم‌پستان (8 نمونه) و سالم (7 نمونه) بود. ژن‌های دارای افزایش و کاهش بیان حاصل از هر تجزیه و تحلیل به صورت مستقل از هم تفکیک شدند (FC ≥ 2 and ≤ −2, FDR < 0.05) و برای هر گروه شبکههای تنظیمی دوبخشی بازسازی گردید. ماژول هم‌بیان هاب دارای افزایش بیان شامل 13 ژن هاب (POU2AF1، FCRL5، JCHAIN، CD19، MS4A1، CD79A، IL17A، IFNG، PAX5، CXCR5، TNFRSF13C، CD79B و CD22) و 2 miRNA هاب (bta-miR-2404 و bta-miR-2887) بود که به طور کلی در پاسخ‌های دفاعی، فعال‌سازی سیستم ایمنی بدن با تنظیم پاسخ‌های التهابی، سیستم ایمنی تطبیقی، سلول‌های B و T و مسیر سیگنالی IL-17 نقش داشتند. همچنین ماژول هم‌بیان دارای کاهش بیان حاصل تعامل 6 ژن هاب (CSN1S1، CSN1S2، CSN2، BTN1A1، LALBA و PLIN2) و 6 miRNA هاب (bta-miR-2462، bta-miR-34a، bta-miR-1434، bta-miR-12001، bta-miR-11981 و bta-miR-1835) بود که به طور عمده در تنظیم فعالیت‌های مرتبط با سنتز شیر و ترکیبات آن، تنظیم سازوکارهای هورمونی و مسیر سیگنالی گلوکاگون کد می‌شدند. نتایج این پژوهش، می‌تواند زمینه‌ساز معرفی ترانسکریپت‌های کلیدی دخیل در سازوکارهای تنظیم ژنی مرتبط با میزان حساسیت و یا مقاومت به ورم‌پستان گاوی ناشی از گونه‌های پروتوتکا برای راهبُردهای اصلاح‌نژادی باشد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| ترانسکریپتوم؛ گاو شیری؛ گونه‌های پروتوتکا؛ ماژول‌های هم‌بیان؛ ورم‌پستان | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 154 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 103 |
||