| تعداد نشریات | 127 |
| تعداد شمارهها | 7,237 |
| تعداد مقالات | 77,623 |
| تعداد مشاهده مقاله | 161,088,098 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 120,787,426 |
بررسی تحلیلی نقش miRNAهای شناسایی شده بر ژنهای هدف مرتبط با ورم پستان در گاوهای شیری | ||
| علوم دامی ایران | ||
| دوره 57، شماره 2، تیر 1405، صفحه 213-232 اصل مقاله (2.62 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2025.398979.654091 | ||
| نویسنده | ||
| مصطفی قادری زفره ایی* | ||
| گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران. | ||
| چکیده | ||
| با توجه به اهمیت شناسایی زودهنگام و مدیریت مؤثر ورم پستان، پژوهش حاضر با رویکرد In silco به کنکاش نقش تعدادی از ریزRNAها یا miRNAها در بیماری زایی ورم پستان در ژنوم گاو می پردازد. در این پژوهش، انتخاب miRNAهای کاندید بر اساس یک سری معیار های چند مرحله ای انجام شد. در ابتدا، یک مرور نظاممند از پژوهش های پیشین که به طور تجربی (از طریق RNA-Seq، qPCR یا ریز آرایه DNA) بیان اختصاصی miRNAها را در نمونههای التهابی یا عفونی ورم پستان گاو گزارش کرده بودند، صورت گرفت. سپس، miRNAهایی که در حداقل دو پژوهش مستقل و یا در بیش از یک پایگاه داده معتبر(miRBase، NCBI GEO ،miRTarBase ) به عنوان miRNAهای دخیل در پاسخ التهابی یا ایمنی شناسایی شده بودند، مورد توجه قرار گرفتند. با استفاده از تحلیل های بیو انفورماتیکی و پایگاه های داده معتبری نظیر Mirtar Base، TargetScan، DAVID و NCBI، ژن های کاندید مرتبط با ورم پستان شناسایی و مسیرهای پیام دهی هدف آن ها مورد بررسی قرار گرفتند. این فرآیند انتخاب چند مرحله ای به منظور اطمینان از دقت و اعتبار miRNAهای انتخاب شده به کار گرفته شد. نتایج این تحلیل ها منجر به شناسایی پنج miRNA کلیدی شامل bta-mir-146a، bta-mir-16a، bta-mir-181، bta-mir-21-5p و bta-mir-223 گردید که هر یک در مسیرهای زیستی مهمی مانند TLR4/NF- κB، MAPK، PI3K-AKT، TGFβ و پیام دهی هورمونی استروژن و پروژسترون نقش دارند. همچنین، نتایج – بر اساس نمره context++ score ≤ –0.2 و conservation ≥ 0.7 - نشان دادند که bta-mir-146a، bta-mir-21-5p و bta-mir-223 به ترتیب بر 7، 9 و 11 پروتئین مهم در این مسیرهای زیستی تأثیر می گذارند. این مسیرها در تنظیم ژنی پاسخ ایمنی، التهاب، رشد، تمایز و مرگ سلولی مؤثر بودند که احتمالا اختلال در آنها می تواند منجر به بروز یا تشدید ورم پستان گردد. هر یک از این miRNAها با هدف قرار دادن چندین پروتئین کلیدی، می توانند به عنوان زیست نشانگرهای حساس و اختصاصی برای تشخیص زودهنگام ورم پستان گاو شیری مورد استفاده قرار گیرند. از آنجایی که این miRNAها در شیر و سرم خون نیز قابل شناسایی هستند، امکان طراحی آزمایش های غیر تهاجمی برای غربالگری و پایش سلامت دام فراهم می شود. این یافته ها شاید بتوانند به متخصصان دامپزشکی کمک کند تا با استفاده از آزمونهای مبتنی بر miRNA، ورم پستان را در مراحل اولیه شناسایی و درمان کنند و از گسترش بیماری و خسارات اقتصادی جلوگیری نمایند. | ||
| کلیدواژهها | ||
| تنظیم ژنی؛ ریزRNAها؛ ژنوم گاو؛ ورم پستان | ||
| مراجع | ||
منابعسجادی, سعیدرضا, س., خرمیان, عزیززاده, & فرزانه. (2021). ارزیابی دقت تشخیص ورم پستان تحت بالینی با استفاده از نوارهای تشخیص لاکتات دهیدروژناز. مجله تحقیقات دامپزشکی (Journal of Veterinary Research), 76(2), 260-267.
REFERENCES Bartel, D. P. (2018). Metazoan micrornas. Cell, 173(1), 20 51. https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.03.006 Bennett, H., Fleming, J., O'prey, J., Ryan, K., & Leung, H. (2010). Androgens modulate autophagy and cell death via regulation of the endoplasmic reticulum chaperone glucose-regulated protein 78/BiP in prostate cancer cells. Cell death & disease, 1(9), e72-e72. https://doi.org/10.1038/cddis.2010.50 Bohlin, J., Brynildsrud, O. B., Sekse, C., & Snipen, L. (2014). An evolutionary analysis of genome expansion and pathogenicity in Escherichia coli. BMC genomics, 15(1), 882. https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-882 Campbell, B., Kendall, N., & Baird, D. (2009). Effect of direct ovarian infusion of bone morphogenetic protein 6 (BMP6) on ovarian function in sheep. Biology of Reproduction, 81(5), 1016-1023. https://doi.org/10.1095/biolreprod.109.076653 Cimmino, A., Calin, G. A., Fabbri, M., Iorio, M. V., Ferracin, M., Shimizu, M.,…Dono, M. (2005). miR-15 and miR-16 induce apoptosis by targeting BCL2. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(39), 13944-13949. https://doi.org/10.1073/pnas.0506654102 Donnelly, M. R., Hazel, A. R., Hansen, L. B., & Heins, B. J. (2023). Health treatment cost of Holsteins in eight high-performance herds. Animals, 13(13), 2061. https://doi.org/10.3390/ani13132061 Esteller, M. (2011). Non-coding RNAs in human disease. Nature reviews genetics, 12(12), 861-874. https://doi.org/10.1038/nrg3074 Ha, M., & Kim, V. N. (2014). Regulation of microRNA biogenesis. Nature reviews Molecular cell biology, 15(8), 509-524. https://doi.org/10.1038/nrm3838 Halasa, T., Huijps, K., Østerås, O., & Hogeveen, H. (2007). Economic effects of bovine mastitis and mastitis management: A review. Veterinary quarterly, 29(1), 18-31. https://doi.org/10.1080/01652176.2007.9695224 Haneklaus, M., Gerlic, M., O'Neill, L. A., & Masters, S. (2013). miR‐223: infection, inflammation and cancer. Journal of internal medicine, 274(3), 215-226. https://doi.org/10.1111/joim.12099 Henao-Mejia, J., Williams, A., Goff, L. A., Staron, M., Licona-Limón, P., Kaech, S. M.,…Flavell, R. A. (2013). The microRNA miR-181 is a critical cellular metabolic rheostat essential for NKT cell ontogenesis and lymphocyte development and homeostasis. Immunity, 38(5), 984-997. https://doi.org/10.1016/j.immuni.2013.02.021 Hou, J., Cui, A., Song, P., Hua, H., Luo, T., & Jiang, Y. (2015). Reactive oxygen species‑mediated activation of the Src‑epidermal growth factor receptor‑Akt signaling cascade prevents bortezomib‑induced apoptosis in hepatocellular carcinoma cells. Molecular medicine reports, 11(1), 712-718. Johnnidis, J. B., Harris, M. H., Wheeler, R. T., Stehling-Sun, S., Lam, M. H., Kirak, O.,…Camargo, F. D. (2008). Regulation of progenitor cell proliferation and granulocyte function by microRNA-223. Nature, 451(7182), 1125-1129. https://doi.org/10.3892/mmr.2014.2736 Kawai, T., & Akira, S. (2010). The role of pattern-recognition receptors in innate immunity: update on Toll-like receptors. Nature immunology, 11(5), 373-384. https://doi.org/10.1038/nature06607 Knutson, S. K., Warholic, N. M., Johnston, L. D., Klaus, C. R., Wigle, T. J., Iwanowicz, D.,…Moyer, M. P. (2014). Synergistic anti-tumor activity of EZH2 inhibitors and glucocorticoid receptor agonists in models of germinal center non-Hodgkin lymphomas. PloS one, 9(12), e111840. https://doi.org/10.1038/ni.1863 Krol, J., Loedige, I., & Filipowicz, W. (2010). The widespread regulation of microRNA biogenesis, function and decay. Nature reviews genetics, 11(9), 597-610 https://doi.org/10.1038/nrg2843 Lawless, N., Vegh, P., O’Farrelly, C., & Lynn, D. J. (2014). The role of microRNAs in bovine infection and immunity. Frontiers in immunology, 5, 611. https://doi.org/10.3389/fimmu.2014.00611 Li, Q.-J., Chau, J., Ebert, P. J., Sylvester, G., Min, H., Liu, G.,…Skare, P. (2007). miR-181a is an intrinsic modulator of T cell sensitivity and selection. Cell, 129(1), 147-161. https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.03.008 Liu, G., Friggeri, A., Yang, Y., Milosevic, J., Ding, Q., Thannickal, V. J.,…Abraham, E. (2010). miR-21 mediates fibrogenic activation of pulmonary fibroblasts and lung fibrosis. Journal of Experimental Medicine, 207(8), 1589-1597. https://doi.org/10.1084/jem.20100035 Lo Presti, E., Pizzolato, G., Corsale, A. M., Caccamo, N., Sireci, G., Dieli, F., & Meraviglia, S. (2018). γδ T cells and tumor microenvironment: from immunosurveillance to tumor evasion. Frontiers in immunology, 9, 1395. https://doi.org/10.3389/fimmu.2018.01395 Mercer, T. R., Dinger, M. E., & Mattick, J. S. (2009). Long non-coding RNAs: insights into functions. Nature reviews genetics, 10(3), 155-159. https://doi.org/ 10.1038/nrg2521 O'Brien, J., Hayder, H., Zayed, Y., & Peng, C. (2018). Overview of microRNA biogenesis, mechanisms of actions, and circulation. Frontiers in endocrinology, 9, 402. https://doi.org/10.3389/fendo.2018.00402 O'connell, R. M., Rao, D. S., Chaudhuri, A. A., & Baltimore, D. (2010). Physiological and pathological roles for microRNAs in the immune system. Nature Reviews Immunology, 10(2), 111-122. https://doi.org/10.1038/nri2708 Oriá, A. P., Lacerda, A. d. J., Raposo, A. C. S., Araújo, N. L., Portela, R., Mendonça, M. A., & Masmali, A. M. (2020). Comparison of electrolyte composition and crystallization patterns in bird and reptile tears. Frontiers in Veterinary Science, 7, 505983. https://doi.org/10.3389/fvets.2020.00574 Putz, E. J., Putz, A. M., Jeon, H., Lippolis, J. D., Ma, H., Reinhardt, T. A., & Casas, E. (2019). MicroRNA profiles of dry secretions through the first three weeks of the dry period from Holstein cows. Scientific Reports, 9(1), 19658. https://doi.org/10.1038/s41598-019-56193-5 Rottiers, V., & Näär, A. M. (2012). MicroRNAs in metabolism and metabolic disorders. Nature reviews Molecular cell biology, 13(4), 239-250. https://doi.org/10.1038/nrm3313 Tang, Y.-J., Wang, J.-L., Xie, K.-G., & Lan, C.-G. (2016). Association of interleukin 16 gene polymorphisms and plasma IL16 level with osteosarcoma risk. Scientific Reports, 6(1), 34607. https://doi.org/10.1038/srep34607 Van Soest, F. J., Santman-Berends, I. M., Lam, T. J., & Hogeveen, H. (2016). Failure and preventive costs of mastitis on Dutch dairy farms. Journal of dairy science, 99(10), 8365-8374. https://doi.org/10.3168/jds.2015-10561 Veshkini, A., Hammon, H. M., Lazzari, B., Vogel, L., Gnott, M., Tröscher, A.,…Ceciliani, F. (2022). Investigating circulating miRNA in transition dairy cows: What miRNAomics tells about metabolic adaptation. Frontiers in Genetics, 13, 946211. https://doi.org/10.3389/fgene.2022.946211 Wang, K. C., & Chang, H. Y. (2011). Molecular mechanisms of long noncoding RNAs. Molecular cell, 43(6), 904-914. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2011.08.018 Zhang, Y., Zhang, X.-O., Chen, T., Xiang, J.-F., Yin, Q.-F., Xing, Y.-H.,…Chen, L.-L. (2013). Circular intronic long noncoding RNAs. Molecular cell, 51(6), 792-806. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2013.08.017 https://doi.org/10.1136/ard.2008.098293 Zheng, W., Zhang, X., Wang, Q., Xu, D., Zeng, X., & Zhang, F. (2009). Refractory severe connective tissue disease thrombocytopenia: is rituximab treatment effective and safe? Annals of the rheumatic diseases, 68(6), 1077-1078. https://doi.org/10.1136/ard.2008.098293 Zhuang, G., Meng, C., Guo, X., Cheruku, P. S., Shi, L., Xu, H.,…Safe, S. (2012). A novel regulator of macrophage activation: miR-223 in obesity-associated adipose tissue inflammation. Circulation, 125(23), 2892-2903. https://doi.org/10.1161/circulationaha.111.087817 | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 126 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 52 |
||