| تعداد نشریات | 127 |
| تعداد شمارهها | 7,120 |
| تعداد مقالات | 76,525 |
| تعداد مشاهده مقاله | 152,963,187 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 115,129,556 |
شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات نسبت اسیدهای چرب فرّار شکمبهای در گاوهای هلشتاین با استفاده از پویش کل ژنومی | ||
| تولیدات دامی | ||
| مقاله 1، دوره 27، شماره 4، دی 1404، صفحه 365-375 اصل مقاله (1010.88 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/jap.2025.392025.623839 | ||
| نویسندگان | ||
| فاطمه اسماعیلی لیما1؛ محمد مرادی شهربابک* 2؛ حسین مرادی شهربابک3؛ علی جلیل سرقلعه4 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تهران، کرج، ایران. رایانامه: fatemeh.lima@ut.ac.ir | ||
| 2نویسنده مسئول، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تهران، کرج، ایران. رایانامه: moradim@ut.ac.ir | ||
| 3گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تهران، کرج، ایران. رایانامه: hmoradis@ut.ac.ir | ||
| 4گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تهران، کرج، ایران. رایانامه: ali_jalil17@ut.ac.ir | ||
| چکیده | ||
| هدف: متان یک گاز گلخانهای قدرتمند است که پتانسیل گرمایش جهانی آن 2/27 برابر بیشتر از دیاکسیدکربن است. فرایند تخمیر در روده نشخوارکنندگان منجر به تولید گاز گلخانهای قوی متان میشود. این پژوهش با هدف شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با انتشار متان در نسبتهای اسیدهای چرب فرّار استات به پروپیونات و پروپیونات به بوتیرات در گاو هلشتاین با استفاده از روش پویش کل ژنومی انجام شد. روش پژوهش: نمونههای مو و مایع شکمبه (از طریق لوله مری) از 150 راس حیوان انتخابشده براساس روش ارزشهای اصلاحی صفت تولید شیر دوطرفه در یک گله پرورش گاو شیری صنعتی و مطابق با استانداردهای مربوطه نمونهگیری شد. بعد از اندازهگیری غلظت اسیدهای چرب فرّار مایع شکمبه، انتشار متان بهازای هر حیوان با استفاده از این اسیدها اندازهگیری شد. کارت مو 150 حیوان جهت ژنوتاپینگ برای شرکت GeneSeek در کشور آمریکا فرستاده شده بود و این نمونهها با GGP-LD v4 SNP panel (حاوی SNPs30٬108) ژنوتایپ شده بودند. جهت کنترل کیفیت ژنوتایپینگ از نرمافزار PLINK 2.0 استفاده شده بود. کل SNPهای برآوردشده 29558 بود و بعد از کنترل کیفیت به تعداد 5723 از SNPها حذف شدند آنالیز GWAS برای شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با انتشار متان: جهت شناسایی عوامل ثابت مؤثر بر صفت انتشار متان درGWAS، دادهها با استفاده از تجزیه واریانس حداقل مربعات با استفاده از رویه (GLM= Generalized linear model) در نرمافزار SAS نسخه 1/9 مورد آنالیز قرار گرفتند (SASS, 2002). آنالیز ارتباط بین ژنوتیپها و صفت انتشار متان با استفاده از یک مدل خطی مختلط در نرمافزار (19) plink انجام شد. یافتهها: براساس، آنالیز تجزیه واریانس حداقل مربعات با استفاده از رویه GLM اثر بهاربند و سن حیوان برای صفت انتشار متان پیشبینیشده معنیدار بود (05/0P<). برای صفتهای نسبت استات به پروپیونات و نسبت پروپیونات به بوتیرات بهترتیب پنج و دو اسنیپ معنیدار مشخص گردید که SNPهای در ارتباط با صفت استات به پروپیونات در کروموزمهای 3، 28 و SNPهای در ارتباط با صفت نسبت پروپیونات به بوتیرات در کروموزومهای 11 و 10 شناسایی گردید. با استفاده از Annotating، یکسری QTLهای مرتبط با انتشار متان، وزن بدن، دوره شیردهی و شیر تولیدی و ترکیبهای آن اطراف بعضی از این SNPها نشان داده شد. نتیجهگیری: این نتایج نشاندهنده پتانسیل انتخاب ژنتیکی برای کاهش انتشار متان بهازای هر حیوان را نشان میدهد، بهطوریکه بهبود حاصل از انتخاب ژنتیکی بهدلیل توارثپذیری، تجمعی و دائمیبودن بسیار مفید میباشد. | ||
| کلیدواژهها | ||
| انتشار متان؛ مطالعه پویش کل ژنومی؛ گاو هلشتاین؛ انتخاب ژنتیکی | ||
| مراجع | ||
|
جلیل سرقلعه، علی؛ مرادی شهربابک، حسین؛ مرادی شهربابک، محمد؛ نجاتی جوارمی، اردشیر؛ ساعتچی، مهدی و میار، یونس (1397). پویش کل ژنومی برای شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با انتشارمتان درگاو بااستفاده ازتراشه 30K. مجله پژوهشهای سلولی و مولکولی، مجله زیستشناسی ایران، 34 (1)، 65-76.
ReferencesAllen, M., Bradford, B., & Oba, M. (2009). Board-invited review: The hepatic oxidation theory of the control of feed intake and its application to ruminants. Journal of animal science, 87(10), 3317-3334. doi:10.2527/jas.2009-1779 Aschenbach, J. R., Kristensen, N. B., Donkin, S. S., Hammon, H. M., & Penner, G. B. (2010). Gluconeogenesis in dairy cows: the secret of making sweet milk from sour dough. IUBMB life, 62(12), 869-877. DOI:10.1002/iub.400. Bannink, A., Kogut, J., Dijkstra, J., France, J., Kebreab, E., Van Vuuren, A., & Tamminga, S. (2006). Estimation of the stoichiometry of volatile fatty acid production in the rumen of lactating cows. Journal of theoretical biology, 238(1), 36-51. https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2005.05.026 Calderón-Chagoya, R., Vega-Murillo, V. E., García-Ruiz, A., Ríos-Utrera, Á., Martínez-Velázquez, G., & Montaño-Bermúdez, M. (2022). Genome and chromosome wide association studies for growth traits in Simmental and Simbrah cattle. Animal bioscience, 36(1), 19. https://doi.org/10.5713/ab.21.0517 Czerkawski, J. W. (2013). An introduction to rumen studies. Elsevier. Dekkers, J. C. (2004). Commercial application of marker-and gene-assisted selection in livestock: strategies and lessons. Journal of animal science, 82(suppl_13), E313-E328. DOI:10.2527/2004.8213_supplE313x Di, D. (1975). Methanogenesis, an integrated part of carbohydrate fermentation and its control. Digestion and Metabolism in the Ruminant. Dijkstra, J., Van Zijderveld, S., Apajalahti, J., Bannink, A., Gerrits, W., Newbold, J., Perdok, H., & Berends, H. (2011). Relationships between methane production and milk fatty acid profiles in dairy cattle. Animal Feed Science and Technology, 166, 590-595. https://doi.org/10.1016/j.anifeedsci.2011.04.042 Halachmi, I., Børsting, C. F., Maltz, E., Edan, Y., & Weisbjerg, M. R. (2011). Feed intake of Holstein, Danish Red, and Jersey cows in automatic milking systems. Livestock Science, 138(1-3), 56-61..https://doi.org/10.1016/j.livsci.2010.12.001 Jalil Sarghale, A., Moradi Shahrbabak, H., Moradi Shahrbabak,M.,NejatiJavaremi,A., Saatchi, M., & Mayar, Y. (2003). Genome wide association study to identify genome region associated with methane emission in cattle using 30K panel. Journal of Cellular and Molecular Research, 34(1), 65-76. DOI: 20.1001.1.23832738.1400.34.1.8.5. (In Persian) Janssen, P. H. (2010). Influence of hydrogen on rumen methane formation and fermentation balances through microbial growth kinetics and fermentation thermodynamics. Animal Feed Science and Technology, 160(1-2), 1-22. https://doi.org/10.1016/j.anifeedsci.2010.07.002 Jiménez-Montero, J. A., Gonzalez-Recio, O., & Alenda, R. (2012). Genotyping strategies for genomic selection in small dairy cattle populations. Animal, 6(8), 1216-1224. https://doi.org/10.1017/S1751731112000341 Jonker, A., Hickey, S. M., McEwan, J. C., Rowe, S. J., Janssen, P. H., MacLean, S., Sandoval, E., Lewis, S., Kjestrup, H., & Molano, G. (2019). Genetic parameters of plasma and ruminal volatile fatty acids in sheep fed alfalfa pellets and genetic correlations with enteric methane emissions. Journal of animal science, 97(7), 2711-2724. https://doi.org/10.1093/jas/skz162 Kristensen, N. B. (2001). Rumen microbial sequestration of [2-13C] acetate in cattle. Journal of animal science, 79(9), 2491-2498. https://doi.org/10.2527/2001.7992491x Malhi, M., Gui, H., Yao, L., Aschenbach, J. R., Gäbel, G., & Shen, Z. (2013). Increased papillae growth and enhanced short-chain fatty acid absorption in the rumen of goats are associated with transient increases in cyclin D1 expression after ruminal butyrate infusion. Journal of dairy science, 96(12), 7603-7616. https://doi.org/10.3168/jds.2013-6700 Meuwissen, T. H., Hayes, B. J., & Goddard, M. (2001). Prediction of total genetic value using genome-wide dense marker maps. genetics, 157(4), 1819-1829. https://doi.org/10.1093/genetics/157.4.1819 Nejati-Javaremi, A., Smith, C., & Gibson, J. (1997). Effect of total allelic relationship on accuracy of evaluation and response to selection. Journal of animal science, 75(7), 1738-1745. https://doi.org/10.2527/1997.7571738x Ottenstein, D., & Bartley, D. (1971). Improved gas chromatography separation of free acids C2-C5 in dilute solution. Analytical Chemistry, 43(7), 952-955. https://doi.org/10.1021/ac60302a043 Pearson, T. A., & Manolio, T. A. (2008). How to interpret a genome-wide association study. Jama, 299(11), 1335-1344. doi:10.1001/jama.299.11.1335 Penner, G., Taniguchi, M., Guan, L., Beauchemin, K., & Oba, M. (2009). Effect of dietary forage to concentrate ratio on volatile fatty acid absorption and the expression of genes related to volatile fatty acid absorption and metabolism in ruminal tissue. Journal of dairy science, 92(6), 2767-2781. https://doi.org/10.3168/jds.2008-1716 Saleem, F., Ametaj, B., Bouatra, S., Mandal, R., Zebeli, Q., Dunn, S., & Wishart, D. (2012). A metabolomics approach to uncover the effects of grain diets on rumen health in dairy cows. Journal of dairy science, 95(11), 6606-6623. https://doi.org/10.3168/jds.2012-5403 SAS, S. (2002). 9.1 for Windows SAS Institute. Inc., Cary, North Carolina, 2004. Sehested, J., Diernæs, L., Møller, P. D., & Skadhauge, E. (1999). Ruminal transport and metabolism of short-chain fatty acids (SCFA) in vitro: effect of SCFA chain length and pH. Comparative Biochemistry and Physiology Part A: Molecular & Integrative Physiology, 123(4), 359-368. https://doi.org/10.1016/S1095-6433(99)00074-4 Świerk, S., Przybyło, M., Flaga, J., Szczepanik, K., Białek, W., Flieger, P., & Górka, P. (2024). Effect of butyrate sources in a high-concentrate diet on rumen structure and function in growing rams. Animal, 18(9), 101285. https://doi.org/10.1016/j.animal.2024.101285 Urrutia, N. L., & Harvatine, K. J. (2017). Acetate dose-dependently stimulates milk fat synthesis in lactating dairy cows. The Journal of nutrition, 147(5), 763-769. https://doi.org/10.3945/jn.116.245001 Van Gastelen, S., Antunes-Fernandes, E., Hettinga, K., Klop, G., Alferink, S., Hendriks, W., & Dijkstra, J. (2015). Enteric methane production, rumen volatile fatty acid concentrations, and milk fatty acid composition in lactating Holstein-Friesian cows fed grass silage-or corn silage-based diets. Journal of dairy science, 98(3), 1915-1927. https://doi.org/10.3168/jds.2014-8552 Van Nevel, C., & Demeyer, D. (1996). Control of rumen methanogenesis. Environmental Monitoring and assessment, 42, 73-97. DOI: 10.1007/BF00394043 Van Valenberg, H., Hettinga, K., Dijkstra, J., Bovenhuis, H., & Feskens, E. (2013). Concentrations of n-3 and n-6 fatty acids in Dutch bovine milk fat and their contribution to human dietary intake. Journal of dairy science, 96(7), 4173-4181. https://doi.org/10.3168/jds.2012-6300 Wolin, M. J. (1960). A theoretical rumen fermentation balance. Journal of dairy science, 43(10), 1452-1459. https://doi.org/10.3168/jds.S0022-0302(60)90348-9 | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 108 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 86 |
||