پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 158 |
| تعداد شماره‌ها | 6,232 |
| تعداد مقالات | 67,789 |
| تعداد مشاهده مقاله | 115,260,219 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 90,002,515 |
شناسایی تنوع‌های ژنومی و بررسی نقش آنها در سطح ژنوم گاومیش‌های نژاد مازندرانی | ||
| علوم دامی ایران | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 29 مهر 1402 اصل مقاله (380.5 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2023.359835.653948 | ||
| نویسندگان | ||
| میلاد حسینی؛ حسین مرادی شهربابک* ؛ محمد مرادی شهربابک | ||
| گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران | ||
| چکیده | ||
| زمینه: امروزه با پیشرفت در بیوانفورماتیک، روش‌های جایگزینی جهت افزایش سرعت و بازدهی تعیین-توالی دی‌ان‌ای ابداع شده است. در روش توالی‌یابی‌کل‌ژنوم، کل‌توالی‌ژنومی موجود (ژنوم هسته‌ای به‌همراه دی‌ان‌ای میتوکندریایی) توالی‌یابی می گردد. هدف: یکی از مباحث مهم در ژنومیکس، مطالعه تفاوت‌ها و تغییرات ژنوم، شامل چندشکلی‌های‌تک-نوکلئوتیدی و حذف‌و‌درج‌ها به‌منظور شناخت ارتباط میان ژنوتایپ و فنوتایپ می باشد. در‌ژنوم موجودات چندشکلی‌ها ابزارهای نیرومندی برای تشریح مولکولی صفات اقتصادی هستند و کاربردهای بالقوه‌ای در برنامه‌های اصلاحی دارند. به‌همین‌منظور در این مطالعه تنوع‌های کل‌ژنوم گاومیش‌های مازندرانی شناسایی و طبقه‌بندی شدند. روش‌پژوهش: در‌این مطالعه توالی‌یابی‌کل‌ژنوم 4راس گاومیش مازندرانی به‌وسیله‌ی پلتفرم توالی‌یابی ایلیومینا انجام شد. سنجش کیفیت داده‌ها توسط نرم‌افزار FastQC انجام شد. برای همردیفی با ژنوم‌مرجع از نرم‌افزار BWA-MEM استفاده شد. در‌نهایت واریانت‌ها با‌ستفاده از freebayes به‌دست آمد و به‌منظور محاسبه‌ی آثار واریانت‌ها با ذکر نوع، محل و تعداد آنها از برنامه SnpEff استفاده شد. یافته‌ها: نتیجه‌ی همردیفی خوانش‌ها، با ژنوم مرجع منجر‌به شناسایی 56.537.534 اسنیپ و 6.128.529 حذف‌و‌درج با میانگین پوشش x4 تاx13 شد. یشترین واریانت‌ها در کروموزومهای جنسی (X) و 1، کم-ترین آن در کروموزومهای میتوکندریال و 25 مشاهده شد. جهش‌های جابه‌جایی 236.549.743 و معکوس 108.015.966 بود. همچنین نرخ جهش‌های جابه‌جایی/ معکوس 2.19 تخمین محاسبه شد. فراوانی واریانت‌ها در مناطق اینترژنیک 52,746,727، اینترون 23,560,994، پایین‌دست‌ژنی 3,713,594، بالادست‌ژنی 3,571,409 و اگزون 574.093 برآورد شدند. نتیجه‌گیری: با‌توجه به این‌که مطالعه‌ی حاضر تنها تحقیق انجام شده در زمینه‌ی شناسایی تنوع‌های ژنومی گاومیش نژاد مازندرانی می‌باشد، تنوع‌های ژنومی شناسایی‌شده در‌این مطالعه می‌تواند برای توسعه-ی آرایه‌های اسنیپ با چگالی‌بالادر نژاد‌های ایرانی برای کاربردهای ژنتیکی و اصلاحی استفاده شود. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| تنوع‌های کل ژنوم؛ توالی‌یابی نسل جدید؛ گاومیش؛ مازندرانی | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Discovery of genomic variants and investigation of their effects in Mazandarani buffaloes | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Milad Hosseini؛ Hossein Moradi Shahrbabak؛ Mohammad Moradi Shahrbabak | ||
| Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| Background: Today, progress in bioinformatics, alternative methods have been invented to increase the speed and efficiency of DNA sequencing. In the whole-genome sequencing method, the whole genome sequence of organism (nuclear-genome with mitochondrial DNA) is sequenced. Objective: One of the important topics in genomics is genome differences, including single-nucleotide polymorphisms and INDELs for the relationship between genotype and phenotype. Polymorphisms are powerful tools for molecular analysis of economic traits and are important in breeding programs. For this purpose, whole-genome variations of Mazandaran buffaloes were identified. Research method: In this study, the whole-genome of 4 Mazandarani buffaloes was sequenced with the Illumina platform. Data quality was measured by FastQC software. BWA-MEM was used for alignment with reference genome. Finally, the variants were obtained using freebayes and the SnpEff was used to calculate the effects of the variants. Findings: The result of aligning led to identification of 56,537,534 SNPs, 6,128,529 indels with an average coverage of x4 to x13. The most variants were observed in sex-chromosomes (X) and 1, and the least in mitochondrial chromosomes and 25. The transition, transversion and rate of transition/transversion mutations were 236,549,743 108,015,966 2.19 respectively. Also, the mutations was calculated as. The frequency of variants in intergenic regions was estimated to be 52,746,727, intron 23,560,994, downstream 3,713,594, upstream 3,571,409 and exon 574,093. Conclusion: This study is the only research carried out to identify the genomic variations of Mazandarani buffalo, the identified genomic variations can be used for the development of SNP-arrays in Iranian breeds for genetic applications. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Whole-Genome, Variations, Next-Generation-Sequencing, Buffalo, Mazandarani | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 60 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 37 |
||