برآورد میزان ضرایب همخونی ژنومی، شناسایی جزایر همخون و ژنهای متاثر در برخی از گوسفندان نژاد مصری سازگار با شرایط محیطی متفاوت | ||
| علوم دامی ایران | ||
| دوره 55، شماره 1، بهار 1403، صفحه 95-109 اصل مقاله (1.73 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2023.354946.653933 | ||
| نویسندگان | ||
| حسین محمدی* 1؛ محمد شمس اللهی2 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران | ||
| 2گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام، ایلام، ایران | ||
| چکیده | ||
| در پژوهش حاضر، به منظور برآورد میزان ضرایب همخونی ژنومی و شناسایی جزایر ROH، مجموع 206رأس گوسفند متعلق به سه نژاد گوسفند مصری با تراشههای K50 تعیین ژنوتیپ شدند. پس از کنترل کیفیت دادهها، 48361 تعداد نشانگر SNP در تعداد نمونه 204 رأس گوسفند باقی ماند. تخمین ضریب همخونی، از طریق چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامتها (FUNI)، با استفاده از نرمافزار GCTA (نسخه0/1) و همچنین، قطعات هموزیگوت ژنومی (FROH) با PLINK (نسخه 9/1) محاسبه شد. بعنوان پیش فرض، 1 درصد از نشانگرهای SNP با بالاترین فراوانی در قطعات هموزیگوت بعنوان، جزایر ROH در نظر گرفته شد. نتایج این بررسی نشان داد که بطور کلی، پس از تجزیه و تحلیلهای انجام شده مجموع، 62 جزیره ROH با طول 60/24 تا 13 مگاباز شناسایی شد. بطورئیکه، توزیع جزایر ROH در سرتاسر ژنوم یکنواخت نبود و بین نژادها متفاوت بود، بطوری که بیشترین و کمترین تعداد جزایر ROH به ترتیب روی کروموزومهای شماره 1، 24 و 26 مشاهده شد، ولی، برخی مناطق مشترک شناسایی شدند. میانگین تعداد و طول ROH محاسبه شده در تمام نژادهای گوسفند مورد مطالعه به ترتیب برابر، با 11 و 78/205 مگا جفت باز بود. کمترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مربوط به نژاد گوسفند وهیتی و بیشترین مربوط به نژاد گوسفند سیدی بود. همچنین، بیشترین میزان FROH (043/0) در نژاد سیدی و کمترین مقدار آن (018/0) در نژاد بارکی برآورد شد. بررسی بیوانفورماتیکی، مناطق شناسایی شده نشان داد که برخی از این مناطق ژنومی با ژنهای مؤثر بر آداپتاسیون و سیستم ایمنی (SEMA3D، CSF2، ITPR1)، ژنهای کاندیدای دخیل صفات رشد و توسعه عضلات اسکلتی (UGGT1، ITGA2)، ژنهای کاندیدای تولیدمثل (ABHD16B) همپوشانی دارند. به عنوان جمع بندی نتایج پژوهش حاضر نشان داد که فرآیند انتخاب برای صفات مهم اقتصادی در طی سالهای متوالی، منجر به شکلگیری قطعات هموزیگوت زیادی به نام جزایر ROH در ژنوم گوسفندان شده است که پویش ژنومی این جزایر در سطح ژنوم میتواند بعنوان، راهبرد جایگزین برای شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با صفات مهم اقتصادی باشد. | ||
| کلیدواژهها | ||
| ژن کاندیدا؛ سیستم ایمنی؛ سیگنال انتخاب؛ جزایر ROH؛ گوسفند | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 773 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 619 |
||