مطالعه بیان افتراقی ژنهای مرتبط با باروری در بافت جسم زرد گاو نژاد هلشتاین با استفاده از دادههای RNA-Seq | ||
| علوم دامی ایران | ||
| مقاله 3، دوره 54، شماره 3، پاییز 1402، صفحه 239-251 اصل مقاله (1.13 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2022.344531.653893 | ||
| نویسندگان | ||
| قربان الیاسی زرین قبایی؛ مصطفی صادقی* ؛ سید رضا میرائی آشتیانی | ||
| گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران | ||
| چکیده | ||
| صفت باروری بعنوان عامل اصلی برای تداوم سودآوری در مزارع گاو شیرده محسوب میشود. پژوهش حاضر، به منظور تعیین ژنهای بیان شده افتراقی در باروری گاو نژاد هلشتاین با استفاده از دادههای ترانسکریپتوم صورت گرفت. بدین منظور، در مجموع نمونه بافت جسم زرد 18 رأس گاو نژاد هلشتاین با نوبت زایش 2 به بالا که بهصورت ترکیب شد(Pooling) در دو گروه با باروری زیاد و باروری کم هر کدام در سه تکرار بیولوژیک تقسیمبندی شده بودند استفاده شد. تمامی مراحل آمادهسازی توالیهای خام و تجزیه و تحلیل آنها در پلتفرم گالاکسی نسخه 01/22 انجام شد و متعاقباً، هستیشناسی ژن با استفاده از پایگاه داده DAVID نسخه 2021 صورت پذیرفت. در نهایت، نتایج آنالیز بیان افتراقی ژن در بافت جسم زرد نشان داد که از 13049 رونوشت ترانسکریپتومی بیان شده، 19 ژن بهعنوان ترانسکریپتومهای شاخص عمل کردهاند (q- value≤0.05). همچنین، ژنهای UBE3B، NIF3L1 و ORC2 سه ژن شاخص عملکردی بودند که مقدار بیان بیشتری در جسم زرد گاوهای با باروری زیاد داشتند. ژن UBE3B در فرآیندهای بیولوژیک بهعنوان پروتئین درگیر در فرآیند کاتابولیک پروتئین وابسته به یوبیکوئیتین است. در جهت تفسیر بیشتر نتایج، ژن NIF3L1 در فرایند بیولوژیک تمایز نورون، تنظیم مثبت رونویسی، الگوی DNA، تنظیم منفی رونویسی با الگوی اسید نوکلئیک، نقش دارد. همچنین، ژن ORC2 در فرایند بیولوژیک همانندسازی DNA نقش بازی میکند. ژنهای KRT8، PHLDB3، PPT2، LOC787628، PPYR1، TOX، TP73، DHX8، KCNN1، CLEC6A، PXMP4، LRRC26، SLC34A3 و OR13C7 در گاوهای با باروری کم، مقدار بیان بیشتری در جسم زرد نشان داده است. سه ژن PPT2، PPYR1 و CLEC6A جزو ژنهای شاخص محسوب میشوند. به عنوان نتیجه گیری کلی، جایگاههای UBE3B، NIF3L1 و ORC2 که مقدار بیان بیشتری در جسم زرد گاوهای با باروری زیاد داشتند میتوانند بعنوان ژنهای شاخص عملکردی در انتخاب ژنتیکی گاوهای شیری مورد استفاده قرار گیرند. | ||
| کلیدواژهها | ||
| ترانسکریپتوم؛ گالاکسی؛ هستیشناسی؛ هلشتاین؛ همترازی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 737 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 539 |
||