برآورد ضریب همخونی ژنومی و اندازه مؤثر جمعیت در نژادهای مختلف بز | ||
| تولیدات دامی | ||
| مقاله 2، دوره 25، شماره 2، تابستان 1402، صفحه 133-143 اصل مقاله (857.83 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/jap.2023.349362.623707 | ||
| نویسندگان | ||
| حسین محمدی* 1؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی2؛ محمد حسین مرادی2؛ محمد شمس الهی3 | ||
| 1نویسنده مسئول، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران. رایانامه: H-mohammadi64@araku.ac.ir | ||
| 2گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران. | ||
| 3گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام، ایلام، ایران. | ||
| چکیده | ||
| در این پژوهش، میزان همخونی ژنومی و اندازه مؤثر جمعیت در 879 رأس بز نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دینپناه و پوسوری با استفاده از یک پنل K50 که بعد از کنترل کیفیت 36861 نشانگر SNPو 827 رأس بز بود، بررسی شد. ضریب همخونی با چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامتها (FUNI)، با نرمافزار GCTA (نسخه1/0) و قطعات هموزیگوت ژنومی (FROH) با PLINK (نسخه 1/9) محاسبه شد. اندازه مؤثر جمعیت (Ne) از اطلاعات عدم تعادل پیوستگی با نرمافزار SNeP (نسخه 1/1) محاسبه شد. کمترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مربوط به نژاد بیتال و بیشترین مربوط به نژاد بربری بود. بیشترین میزان FROH (0/159) در نژاد بربری و کمترین مقدار آن (0/028) در نژاد پوسوری برآورد شد. میانگین طول قطعات ROH بین 70/2 تا 391/4 مگاباز و متوسط تعداد قطعات ROH بین 8/19 تا 48/65 متغیر بود. همچنین بیشترین و کمترین تعداد ROH بهترتیب روی کروموزومهای دو و 29 مشاهده شدند. اندازه Ne در نسلهای حاضر (نسل پنج) نژادهای موردبررسی در دامنه 365-35 رأس بود. بیشترین Ne در نژاد بیتال (365 رأس) و کمترین در نژاد بربری (35 رأس) برآورد شد. میانگین ضریب همخونی در نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دینپناه و پوسوری بهترتیب 0/035، 0/081، 0/031، 0/052، 0/15، 0/11 و 0/02 بهدست آمد. همچنین Ne اکثر جمعیتهای موردمطالعه کاهش یافت. بنابراین، اقتصادینمودن تولید و طراحی برنامههای مناسب جفتگیری برای کنترل همخونی و حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژادها ضروری است. | ||
| کلیدواژهها | ||
| ارزیابی ژنومی؛ بز؛ تنوع ژنتیکی؛ قطعات هموزیگوت ژنومی؛ نشانگرهای تک نوکلئوتیدی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 621 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 498 |
||