سامانه پشتیبانی خدمات اطلاعات

  اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات158
تعداد شماره‌ها6,228
تعداد مقالات67,750
تعداد مشاهده مقاله115,081,941
تعداد دریافت فایل اصل مقاله89,820,799
برادر, علی, حسینی, احمد, عبدانی بابکی, سمیه, حسینی فرهنگی, ثمین السادات. (1399). بررسی ساختار و روابط تبارزایی پروتئین پوششی جدایه‌های ویروس موزائیک زرد لوبیا از مزارع باقلای ایران. , 51(1), 147-159. doi: 10.22059/ijpps.2020.299695.1006933
علی برادر; احمد حسینی; سمیه عبدانی بابکی; ثمین السادات حسینی فرهنگی. "بررسی ساختار و روابط تبارزایی پروتئین پوششی جدایه‌های ویروس موزائیک زرد لوبیا از مزارع باقلای ایران". , 51, 1, 1399, 147-159. doi: 10.22059/ijpps.2020.299695.1006933
برادر, علی, حسینی, احمد, عبدانی بابکی, سمیه, حسینی فرهنگی, ثمین السادات. (1399). 'بررسی ساختار و روابط تبارزایی پروتئین پوششی جدایه‌های ویروس موزائیک زرد لوبیا از مزارع باقلای ایران', , 51(1), pp. 147-159. doi: 10.22059/ijpps.2020.299695.1006933
برادر, علی, حسینی, احمد, عبدانی بابکی, سمیه, حسینی فرهنگی, ثمین السادات. بررسی ساختار و روابط تبارزایی پروتئین پوششی جدایه‌های ویروس موزائیک زرد لوبیا از مزارع باقلای ایران. , 1399; 51(1): 147-159. doi: 10.22059/ijpps.2020.299695.1006933

بررسی ساختار و روابط تبارزایی پروتئین پوششی جدایه‌های ویروس موزائیک زرد لوبیا از مزارع باقلای ایران

دانش گیاهپزشکی ایران
دوره 51، شماره 1، شهریور 1399، صفحه 147-159    اصل مقاله (1.05 M)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijpps.2020.299695.1006933
نویسندگان
علی برادر1؛ احمد حسینی* 2؛ سمیه عبدانی بابکی3؛ ثمین السادات حسینی فرهنگی4
1دانشجوی دکتری ویروس شناسی گیاهی دانشگاه ولی عصر(عج) رفسنجان
2عضو هیات علمی/ دانشگاه ولی عصر رفسنجان
3کارشناسی ارشد/ دانشگاه ولی عصر (عج) رفسنجان
4هیات علمی
چکیده
ویروس موزائیک زرد لوبیا (Bean yellow mosaic virus) یکی از ویروس‌های متعلق به جنس پوتی‌ویروس، دارای دامنه میزبانی وسیع و پراکندگی جغرافیایی گسترده‌ای می‌باشد. این ویروس سالیانه خسارت بالایی به حبوبات مختلف از جمله باقلا در ایران وارد می‌کند. در این پژوهش13 جدایه‌ ویروس موزائیک زرد لوبیا از مزارع باقلای استان‌های مختلف ایران (استان‌های سیستان و بلوچستان، هرمزگان، کرمان، خوزستان، فارس، لرستان، ایلام، همدان، قزوین، زنجان، اردبیل و آذربایجان‌شرقی) جمع‌آوری گردید. ناحیه پروتئین پوششی جدایه‌های جمع‌آوری شده پس از توالی‌یابی با توالی پروتئین پوششی 178جدایه‌ منتخب از GenBank، مورد مقایسه قرار گرفت. توالی‌های نوکلئوتیدی جدایه‌های ایرانی مورد بررسی، به میزان 99-86 درصد با سایر توالی‌هایBYMV مشابهت داشتند. روابط تبارزایی جدایه‌های ویروس موزائیک زرد لوبیا پس از حذف جدایه‌های نوترکیب، با رسم درخت به روش Maximum Likelihood و بر اساس توالی نوکلئوتیدی ناحیه پروتئین پوششی مورد بررسی قرار گرفت. بر این اساس همه جدایه‌ها به جز سه جدایه AI38، PAC-1، BYMV-W در هشت گروه مونوفیلتیک قرار گرفتند. جدایه‌های ایرانی در دو گروه متمایز در کنار جدایه‌های باقلا، عدس، لوبیا، گلایول و آفتابگردان از کشورهای ژاپن، استرالیا، عراق و اسپانیا تقسیم‌بندی شدند. براساس نتایج بدست آمده، رابطه مستقیمی بین گروه‌بندی جدایه‌ها براساس بررسی تبارزایی توالی نوکلئوتیدی ناحیه پروتئین پوششی و منشا میزبانی و جغرافیایی مشاهده نشد. بررسی ساختار پروتئین پوششی در جدایه‌های ایرانی و سایر جدایه‌های موجود در GenBank نشان‌دهنده حفاظت‌شدگی بالای نواحی انتهایی کربوکسیل و ناحیه مرکزی پروتئین پوششی و متغیر بودن ناحیه ابتدای آمینی بود.
کلیدواژه‌ها
بیماری‌های ویروسی؛ پی‌سی‌آر؛ تبارزایی؛ موتیف؛ نوترکیبی
عنوان مقاله [English]
Structure and phylogenetic analysis of the coat protein of Bean yellow mosaic virus isolates from Iranian faba bean farms
نویسندگان [English]
Ali Baradar1؛ Ahmad Hosseini2؛ somaye abdani babaki3؛ Samin Alsadat Hosseini Farhangi4
1PhD student of Agricultural and Plant Protection, Vali-e-Asr University of Rafsanjan
2Plant Protection, Vali-e-Asr University of Rafsanjan
3M.Sc. / Rafsanjan Valiasr University
4Plant Protection. Vali-e-Asr University of Rafsanjan
چکیده [English]
Bean yellow mosaic virus, a species of the genus Potivirus, has a wide host range and a broad geographical distribution. BYMV causes high annual economic damage in various legumes such as faba beans in Iran. In this study, 13 BYMV isolates were collected from faba bean fields of different provinces of Iran (Sistan and Baluchestan, Hormozgan, Kerman, Khuzestan, Fars, Lorestan, Ilam, Hamadan, Ghazvin, Zanjan, Ardabil, East Azerbaijan). The coat protein (CP) region of the collected isolates was sequenced and then compared with the CP sequence of 178 isolates available in GenBank. The selected Iranian sequences showed 86-99% nucleotide sequence identities with other BYMV isolates. Phylogenetic relationships based on CP nucleotide sequences were estimated using the Maximum Likelihood method, after removing all recombinant sequences. Accordingly, all isolates excluding three isolates, AI38, PAC-1, BYMV-W were placed in eight monophyletic groups. Iranian isolates were located in two distinct groups, along with broadbean, lentil, bean, gladiolus and sunflower isolates from Japan, Australia, Iraq and Spain. According to the results there is no significant relation among clustering of BYMV isolates based on phylogenetic analysis of CP sequences and original host and country. The CP structure analysis of Iranian isolates and other selected isolates from GenBank revealed conservation of the C-terminus and the central region of the coat protein and the variation of the N-terminus.
کلیدواژه‌ها [English]
Viral disease, PCR, Phylogeny, Motif, Recombination
مراجع
  1. Arif, I. A., Khan, H. A., Bahkali, A. H., Al Homaidan, A. A., Al Farhan, A. H., Shobrak, M. and Al Sadoon, M. (2009). Comparison of neighbor-joining and maximum-parsimony methods for molecular phylogeny of Oryx species using 12s rRNA and 16s rRNA gene sequences. Animal Biology Journal, 1(2), 1-9.
  2. Bond, D. A., Jellis, G. J., Rowland, G. G., Le Guen, J., Robertson, L. D., Khalil, S. A. and Li-Juan, L. (1994). Present status and future strategy in breeding faba beans (Vicia faba L.) for resistance to biotic and abiotic stresses. Euphytica, 73, 151-166.
  3. Boye, K., Jensen, P. E., Stummann, B. M. and Henningsen, K. W. (1990). Nucleotide sequence of cDNA encoding the BYMV coat protein gene. Nucleic Acids Research, 18(16), 4926.
  4. Clark, M. F. and Adams, A. N. (1977). Characteristics of the microplate method of enzyme-linked immunosorbent assay for the detection of plant viruses. Journal of General Virology, 34, 475-483.
  5. Crooks, G. E., Hon, G., Chandonia, J. M. and Brenner, S. E. (2004). WebLogo: a sequence logo generator. Genome Research, 14(6), 1188-90.
  6. Davodi, Z., Hosseini, S. and Hosseini, A. (2014). Occurance and Detection of Bean Yellow Mosaic Virus in faba bean Fields of Kerman Province. Agricultural Biotechnology, 7(2), 73-78.
  7. Farzadfar, Sh., Golnaraghi, A. R. and Pourrahim, R. (2002). Plant viruses of Iran. Saman company, Iran.
  8. Gibbs, M. J., Armstrong, J. S. and Gibbs, A. J. (2000). Sister-Scanning: a Monte Carlo procedure for assessing signals in recombinant sequences. Bioinformatics, 16, 573-582.
  9. Harrison, B. D. and Robinson, D. J. (1988). Molecular variation in vector-borne plant viruses: Epidemiological [and Discussion] significance. Philos. Trans. R.  Soc. Lond. B, 321, 447-462.

10. Hassanvand, H., Siyadat, S. A., Moradi Telavat, M. R., Mousavi, S. H. and Karaminegad, A. (2015). Response of Yield and Some Morphological Traits of Two Bean (Vicia faba L.) Cultivars to Different Planting Dates in Ahvaz. Agricultural Knowledge and Sustainable Production, 25 (2), 79-89.

11. Kaiser, W. J., Mueller, K. E. and Danesh, D. (1968). An outbreak of broad bean disease in Iran. Iranian Journal of Plant Pathology, 4, 1.

12. Kalyaanamoorthy, S., Minh, B. Q., Wong, T. K., von Haeseler, A., and Jermiin, L. S. (2017). ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates. Nature methods, 14 (6), 587-589. https://doi.org/10.1038/nmeth.4285.

13. Kashiwazaki, S., Hayano, Y., Minobe, Y., Omura, T., Hibino, H. and Tsuchizaki, T. (1989). Nucleotide sequence of the capsid protein gene of barley yellow mosaic virus. Journal of General Virology, 70(11), 3015-3023.

14. Katoh, K., Standley, D.M. (2013). MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability. Molecular Biology and Evolution, 30(4), 772-80.

15. Kehoe, M. A., Coutts, B. A., Buirchell, B. J. and Jones, R. A. (2014). Plant virology and next generation sequencing: experiences with a Potyvirus. PLoS One, 9(8), e104580.

16. Kežar, A., Kavčič, L., Polák, M., Nováček, J., Gutiérrez-Aguirre, I., Žnidarič, M. T. and Pahovnik, D. (2019). Structural basis for the multitasking nature of the potato virus Y coat protein. Science advances, 5(7), eaaw3808.

17. Khalil, S. A. and Erskine, W. (2001). Combating disease problems of grain legumes in Egypt. Grain Legumes, 32, 24-26.

18. King, A. M., Lefkowitz, E., Adams, M. J. and Carstens, E. B. (Eds.). (2011). Virus taxonomy: ninth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses (Vol. 9). Elsevier.

19. Kouchaki, A. and Banayan Aval, M. (2004). Cultivation of legumes, Publications University of Mashhad.

20. Kyrychenko, A. M., Antipov, I. O. and Hrynchuk, K. V. (2017). Phylogenetic analysis of Ukrainian BYMV isolates from soybeans and beans. Cytology and Genetics, 51(3), 173-178.

21. Lam H.M., Ratmann O., Boni M.F. (2018). Improved algorithmic complexity for the 3SEQ recombination detection algorithm. Molecular Biology and Evolution, 35, 247-251.

22. Lindbo, J.A. and Falk, B.W., (2017). The impact of “coat protein-mediated virus resistance” in applied plant pathology and basic research. Phytopathology, 107(6), 624-634.

23. Maddison, W. P., Maddison, D. R. (2015). Mesquite: a modular system for evolutionary analysis, Version 2.75. Hosseini, M. (2008). Agriculture and Bean Production (New Version of Beans in Iran). Tehran University Jahad Publications.

24. Martin, D. P, Murrell, B., Golden, M., Khoosal, A. and Muhire, B. (2015) RDP4: Detection and analysis of recombination patterns in virus genomes. Virus Evolution, 1 (1).

25. Martin, D. P., Posada, D., Crandall, K. A. and Williamson, C. (2005). A modified bootscan algorithm for automated identification of recombinant sequences and recombination breakpoints. AIDS Res Hum Retroviruses, 21, 98-102.

26. Maynard Smith, J. (1992). Analyzing the mosaic structure of genes. Journal of Molecular Evolution, 34, 126-129.

27. Padidam, M., Sawyer, S. and Fauquet, C. M. (1999). Possible emergence of new geminiviruses by frequent recombination. Virology, 265, 218-225.

28. Pappu, S. S., Brand, R., Pappu, H. R., Rybicki, E. P., Gough, K. H., Frenkel, M. J. and Niblett, C. L. (1993). A polymerase chain reaction method adapted for selective amplification and cloning of 3’ sequences of potyviral genome: application to dasheen mosaic virus, Journal Virology Methods, 41(1), 9-20.

29. Posada, D. and Crandall, K. A. (2001). Evaluation of methods for detecting recombination from DNA sequences: Computer simulations. Proc Natl Acad Sci, 98, 13757-13762.

30. Rabiee, S., Hosseini, S. and Hosseini, A. (2015). Occurrence and distribution of some sunflower viruses from sunflower fields in Kerman and Isfahan provinces, Iran. Archives of Phytopathology and Plant Protection, 1, 223-228.

31. Salomon, R. (1989). A possible mechanism for exclusion of plant viruses from embryonic and meristemic tissues. Research in virology, 140, 453-455.

32. Salomon, R. and Raccah, B. (1990). The role of the N-terminus of potyvirus coat in aphid transmission. In: Proceedings of VIIIth International Congress of Virology, August, Berlin, pp. 83-007.

33. Seifers, D.L., Tatineni, S. and French, R. (2013). Variants of Triticum mosaic virus isolated from wheat in Colorado show divergent biological behavior. Plant Disease, 97(7), 903-911.

34. Selvaraj, D., Pokorny, R. and Holkova, L. (2009). Variability of Bean yellow mosaic virus isolates in the Czech Republic, Acta Virology, 53(4), 277–280.

35. Sharifi Nezamabad, P., Koohi Habibi, M., Dizadji, A., Kalantari, S. and Ranjbar Aghdam, M. (2015). Biological and phylogenetic characteristics of an Iranian gladiolus isolate of Bean yellow mosaic virus. Iranian Journal of Plant Protection Science, 45(1), 13-27.

36. Sherwood, J. L. and Fulton, R. W. (1982). The specific involvement of coat protein in Tobacco mosaic virus cross protection. Virology, 119,150-158.

37. Shukla, D. D. and Ward, C. W. (1989b). Identification and classification of potyviruses on the basis of coat protein sequence data and serology. Archives of Virology, 106(3-4), 171-200.

38. Shukla, D. D., Ford, R. E., Tosic, M., Jilka, J. and Ward, C. W. (1989a). Possible members of the potyvirus group transmitted by mites or whiteflies share epitopes with aphid-transmitted definitive members of the group. Archives of virology, 105(3-4), 143-151.

39. Shukla, D. D., Frcnkel, M. J. and Ward, C. W. (1991). Structure and function of the potyvirus genome with special reference to the coat protein coding region. Canadian Journal of Plant Pathology, 13(2), 178-191.

40. Shukla, D. D., Strike, P. M., Tracy, S. L., Gough, K. H. and Ward, C. W. (1988). The N and C termini of the coat proteins of potyviruses are surface-located and the N terminus contains the major virus-specific epitopes. Journal of General Virology, 69(7), 1497-1508.

41. Shukla, D. D., Tosic, M., Jilka, J., Ford, R. E., Toler, R. W. and Langham, M. A. C. (1989b). Taxonomy of potyviruses infecting maize, sorghum and sugarcane in Australia and the United States as determined by reactivities of polyclonal antibodies directed towards virus-specific N-termini of coat proteins. Phytopathology, 79(2), 223-229.

42. Shukla, D. T. and Ward, C. W. (1989a). Structure of potyvirus coat proteins and its application in the taxonomy of the potyvirus group. In Advances in virus research (Vol. 36, pp. 273-314). Academic Press.

43. Shukla, D.D., Strike, P.M., Tracy, S.L., Gough, K.H. and Ward, C.W. (1988). The N and C Termini of the coat proteins of Potyviruses are surface located and the N terminus contains the major virus-specific epit opes. Journal of General Virology, 69, 1497-1508.

44. Sillero, J. C., Villegas-Fermandez, A. M., Thomas, J., Rojas-Molina, M. M., Emeran, A. A., Fermandez-Aparicio, M. and Rubialez, D. (2010). Faba bean breeding for disease resistance. Field Crops Research, 115, 297-307.

45. Wada, Y., Iwai, H., Ogawa, Y. and Arai, K. (2000). Pathogenicity and serological properties of Bean yellow mosaic virus isolates from gladiolus in Kagoshima prefecture, Japan. Journal Phytopathology, 66(1), 44-48.

46. Ward, C. W. and Shukla, D. D. (1991). Taxonomy of potyviruses: current problems and some solutions. Intervirology, 32(5), 269-296.

47. Wylie, S. J., Coutts, B. A., Jones, M. G. K. and Jones, R. A. C. (2008). Phylogenetic analysis of Bean yellow mosaic virus isolates from four continents: Relationship between the seven distinct groups found and their natural isolation hosts and geographical origins. Plant Disease, 92, 1596-1603.

48. Zamora, M., Méndez-López, E., Agirrezabala, X., Cuesta, R., Lavín, J. L., Sánchez-Pina, M. A. and Valle, M. (2017). Potyvirus virion structure shows conserved protein fold and RNA binding site in ssRNA viruses. Science advances, 3(9), eaao2182.

آمار
تعداد مشاهده مقاله: 389
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 220


سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب