سامانه پشتیبانی خدمات اطلاعات

  اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات161
تعداد شماره‌ها6,572
تعداد مقالات71,005
تعداد مشاهده مقاله125,494,162
تعداد دریافت فایل اصل مقاله98,754,832
محمودی, بیژن, فیاضی, جمال, روشنفکر, هدایت اله, ساری, محسن, بختیاری زاده, محمدرضا. (1399). مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با lncRNA‌های شناخته شده بین ژنی در بافت شکمبه گوساله‌های مبتلاء به اسیدوز. , 22(3), 337-348. doi: 10.22059/jap.2020.291923.623463
بیژن محمودی; جمال فیاضی; هدایت اله روشنفکر; محسن ساری; محمدرضا بختیاری زاده. "مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با lncRNA‌های شناخته شده بین ژنی در بافت شکمبه گوساله‌های مبتلاء به اسیدوز". , 22, 3, 1399, 337-348. doi: 10.22059/jap.2020.291923.623463
محمودی, بیژن, فیاضی, جمال, روشنفکر, هدایت اله, ساری, محسن, بختیاری زاده, محمدرضا. (1399). 'مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با lncRNA‌های شناخته شده بین ژنی در بافت شکمبه گوساله‌های مبتلاء به اسیدوز', , 22(3), pp. 337-348. doi: 10.22059/jap.2020.291923.623463
محمودی, بیژن, فیاضی, جمال, روشنفکر, هدایت اله, ساری, محسن, بختیاری زاده, محمدرضا. مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با lncRNA‌های شناخته شده بین ژنی در بافت شکمبه گوساله‌های مبتلاء به اسیدوز. , 1399; 22(3): 337-348. doi: 10.22059/jap.2020.291923.623463

مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با lncRNA‌های شناخته شده بین ژنی در بافت شکمبه گوساله‌های مبتلاء به اسیدوز

تولیدات دامی
مقاله 2، دوره 22، شماره 3، مهر 1399، صفحه 337-348    اصل مقاله (1.18 M)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/jap.2020.291923.623463
نویسندگان
بیژن محمودی1؛ جمال فیاضی* 2؛ هدایت اله روشنفکر3؛ محسن ساری4؛ محمدرضا بختیاری زاده5
1گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان، اهواز، ایران
2دانشیار دانشکدۀ علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان
3استاد،دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی رامین، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور
4دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان، تخصص: تغذیه نشخوارکنندگان/گاو شیری/ گوسفند/گاومیش/ روشهای آزمایشگاهی/ کشت پیوسته دو
5دانشیار،پردیس ابوریحان، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی/ بیوانفورماتیک
چکیده
هدف این پژوهش شناسایی lncRNA­های دخیل در کنترل فعالیت مسیرهای بیولوژیکی مؤثر در بروز اسیدوز بود. به این منظور دو گروه گوساله شامل گروه شاهد (3 گوساله نر سالم) و گروه بیمار (3 گوساله نر مبتلا به اسیدوز) به‌صورت مقایسه­ای مورد مطالعه قرار گرفتند. توالی‌یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq2500 انجام شد. از نرم‌افزار Hisat2 برای هم‌ترازی خوانش­ها با ژنوم مرجع گاو و بسته نرم‌افزاری StringTie جهت سرهم­بندی رونوشت­ها استفاده شد. با استفاده از توالی‌یابی نسل بعد، 1636 ژن متعلق به lncRNAهای شناخته‌شده بین ژنی شناسایی شد که تغییرات بیان 56 ژن معنی­دار بود (05/0P≤). ژن­های هم­جوار lncRNAهای شناخته‌شده بین ژنی روی ژنوم گاو هلشتاین تعیین شدند. نتایج نشان داد با سطح احتمال 05/0P≤، پنج مسیر بیولوژیکی Apelin signaling pathway، Gap junction، Glucagon signaling pathway، Renin secretion وAGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications غنی می‌شوند. آنالیز عملکرد مولکولی این ژن­ها نشان داد دو عملکرد مولکولی شامل gap junction channel activity و phosphatidylinositol phospholipase C activity به‌طور معنی­دار غنی می­شوند. برخی lncRNAها در نمونه­های سالم و اسیدوزی بیان متفاوتی داشتند و کاهش pH به‌عنوان محرکی برای فعال‌شدن برخی مسیرهای بیولوژیکی ترارسانی پیام عمل کرد. براساس نتایج حاصل، lncRNAهایی که تفاوت بیان معنی­دار در گروه کنترل و اسیدوز دارند با مسیرهای مرتبط با سوخت‌وساز انرژی شکمبه و ترارسانی پیام همراه می‌باشند. از lncRNAها می­توان به‌عنوان عامل پیش‌آگاهی‌دهنده اسیدوز و بیومارکر در اصلاح دام استفاده نمود.
کلیدواژه‌ها
الگوی بیان ژن؛ ایلومینیا؛ ترارسانی پیام؛ توالی یابی؛ LncRNA
مراجع

1. Adeva MM and Souto G (2011) Diet-induced metabolic acidosis. Clinical nutrition 30 (4): 416-421.
2. Bakhtiarizadeh MR and Salami SA (2019) Identification and expression analysis of long noncoding RNAs in fat-tail of sheep breeds. G3: Genes, Genomes, Genetics 9 (4): 1263-1276.
3. Bakhtiarizadeh MR, Hosseinpour B, Arefnezhad B, Shamabadi N and Salami SA (2016) In silico prediction of long intergenic non-coding RNAs in sheep. Genome 59 (4): 263-275.

4. Catanzaro DF (2018) Molecular biology of renin and regulation of its gene, in Textbook of Nephro Endocrinology. Elsevier. p. 389-400.
5. Chapman NA, Dupré DJ and Rainey JK (2014) Theapelin receptor: physiology, pathology, cell signalling, and ligand modulation of a peptide-activated class A GPCR. Biochemistry and cell biology 92 (6): 431-440.
6. Cocco L, FolloMY, Manzoli L and Suh PG (2015) Phosphoinositide-specific phospholipase C in health and disease. Journal of lipid research 56 (10): 1853-1860.
7. Galsgaard KD, Pedersen J, Knop FK, Holst JJ and Albrechtsen NJW (2019) Glucagon Receptor Signaling and Lipid Metabolism. Frontiers in physiology 10:413.
8. Giepmans BN (2006) Role of connexin43- interacting proteins at gap junctions, in Cardiovascular Gap Junctions. Karger Publishers. p. 41-56.
9. Hangauer MJ, Vaughn IW and McManus MT (2013) Pervasive transcription of the human genome produces thousands of previously unidentified long intergenic noncoding RNAs. PLoS genetics 9 (6): e1003569 .
10. Ibeagha-Awemu EM and Zhao X (2015) Epigenetic marks: regulators of livestock phenotypes and conceivable sources of missing variation in livestock improvement programs.Frontiers in genetics 6 302.
11. Kawakami T and Xiao W (2013) Phospholipase C-β in immune cells. Advances in biological regulation 53 (3): 249-257.
12. Kay AM, Simpson CL and Stewart JA (2016) The role of AGE/RAGE signaling in diabetesmediated vascular calcification. Journal of diabetes research 2016: 1-8.
13. Kong L, Zhang Y, Ye ZQ, Lio XQ, Zhao SQ, Wei L and Gao G (2007) CPC: assess the protein-coding potential of transcripts using sequence features and support vector machine. Nucleic acids research 35 (suppl_2): W345- W349.
14. Kudla G, Lipinski L, Caffin F, Helwak A and Zylicz M (2006) High guanine and cytosine content increases mRNA levels in mammalian cells. PLoS biology 4 (6): e180.
15. Leblanc S (2010) Monitoring metabolic health of dairy cattle in the transition period. Journal of reproduction and Development. 56(S): S29-S35.
16. Li A, Zhang J, and Zhou Z (2014) PLEK: a tool for predicting long non-coding RNAs and messenger RNAs based on an improved k-mer scheme. BMC bioinformatics 15 (1): 311.
17. Li T, Wang S, Wu R, Zhou X, Zhu D and Zhang Y (2012) Identification of long nonprotein coding RNAs in chicken skeletal muscle using next generation sequencing. Genomics 99 (5): 292-298.
18. Mackey E (2013) Effects of ruminal acidosis on rumen papillae transcriptome. University of Delaware, Newark, Delaware, thesis.
19. Mohanty I, Parija SC, Suklabaidya S and Rattan S (2018) Acidosis potentiates endothelium-dependent vasorelaxation and gap junction communication in the superior mesenteric artery. European journal of pharmacology 827: 22-31.
20. Quinn JJ and Chang HY (2016) Unique features of long non-coding RNA biogenesis and function. Nature Reviews Genetics 17 (1): 47.
21. Ransohoff JD, Wei Y and Khavari PA (2018) The functions and unique features of long intergenic non-coding RNA. Nature reviews Molecular cell biology 19 (3): 143.
22. Rao YS, Chai XW, Wang ZF, Nie QH and Zhang XQ (2013) Impact of GC content on gene expression pattern in chicken. Genetics Selection Evolution 45 (1): 9.
23. Sun L, Luo H, Bu D, Zhao C, Liu Y, Chen R and Zhao Y (2013) Utilizing sequence intrinsic composition to classify protein-coding and long non-coding transcripts. Nucleic acids research 41 (17): e166.
24. Sun YY, Cheng M, Xu M, Song LW, Gao M and Hu HL (2018) The effects of subacute ruminal acidosis on rumen epithelium barrier function in dairy goats. Small ruminant research 169: 1-7.
25. Trapnell C, Hendrickson DG, Sauvageau M, Goff L, Rinn JL and Pachter L (2013) Differential analysis of gene regulation at transcript resolution with RNA-seq. Nature biotechnology 31: 46-53.

آمار
تعداد مشاهده مقاله: 692
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 383





سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب