مروری اجمالی بر محاسبه همخونی: از کلاسیک تا ژنومیک

بحری بیناباج، ف. هادی فرجی، آ.رکوعی، م. جعفری، م. و شیخلو، م.ر. (1393). "برآورد میزان پسروی ناشی از همخونی بر صفات مرتبط با رشد بره‌های قره گل". نشریه پژوهش در نشخوارکنندگان. 4(2): 137-156.

رافت، ع. محمدی، ه. مرادی شهر بابک، ح. شجاع، ج. و مرادی شهر بابک، ح. (1397). "برآورد ضریب همخونی ژنومیکی و اندازه موثر جمعیت در گوسفندان نژاد زندی با استفاده از تراشه های متراکم نشانگری".  نشریه علوم دامی. شماره 119 :129 -142.

بحری بیناباج، ف. هادی فرجی، آ.رکوعی، م. جعفری، م. و شیخلو، م.ر. (1393). "برآورد میزان پسروی ناشی از همخونی بر صفات مرتبط با رشد بره‌های قره گل". نشریه پژوهش در نشخوارکنندگان. 4(2): 137-156.

رافت، ع. محمدی، ه. مرادی شهر بابک، ح. شجاع، ج. و مرادی شهر بابک، ح. (1397). "برآورد ضریب همخونی ژنومیکی و اندازه موثر جمعیت در گوسفندان نژاد زندی با استفاده از تراشه های متراکم نشانگری".  نشریه علوم دامی. شماره 119 :129 -142.

مخبر، م. مرادی شهر بابک، م. مرادی شهر بابک، ح. و ویلیامز، ج. (1397).  "برآوردضرایبهمخونیدرجمعیت‌هایگاومیشایرانبااستفادهازداده‌هایژنومی ". هشتمین کنگره علوم دامی ایران. ص:1-4.

Amos, W., J.W. Wilmer, K. Fullard, T. Burg, J. Croxall, D. Bloch, and T. Coulson. (2001). The influence of parental relatedness on reproductive success. In Proceedings of the Royal Society of London B: Biological Science. 268(1480): 2021-2027.

Bjelland, D.W., K.A. Weigel, N. Vukasinovic, and J.D. Nkrumah. (2013). Evaluation of inbreeding depression in Holstein cattle using whole-genome SNP markers and alternative measures of genomic inbreeding. J. Dairy Sci. 96(7):4697-706.

Bourdon R.M. (2000). Understanding animal breeding. 2th edition. Prentice Hall. Inc.New Jersey U.S.A. 538pp.

Carothers, A.D., I. Rudan, I. Kolcic, O. Polasek, C. Hayward, A.F. Wright, H. Campbell, P.Teague, N. Hastie, and J.L. Weber. (2006). Estimating human inbreeding coefficients:  comparison of genealogical and marker heterozygosity approaches. Ann. Hum. Genet. 70(5): 666-676.

Cassel B.G. (2000). Inbreeding. http://www.ext.vt.edu/pubs/dairy/404-080/404-80-

Chitneedi, P. K., Arranz, J. J., Suarez‐Vega, A., García‐Gámez, E., and Gutiérrez‐Gil, B. (2017). Estimations of linkage disequilibrium, effective population size and ROH‐based inbreeding coefficients in Spanish Churra sheep using imputed high‐density SNP genotypes. Animal Genetics, 48(4), 436-446.

Curik, I., M. Ferenčaković, and J. Sölkner. (2014). Inbreeding and runs of homozygosity: A possible solution to an old problem. Lives. Sci. 166: 26-34.

Falconer D.S. and Mackay T.F.C. (1996). Introduction to Quantitative Genetics. 4th Ed.Longman Group LTD. Harlow Essex UK.

Ferenčaković, M., J. Sölkner, and I. Curik. (2013). Estimating autozygosity from high-throughput information: effects of SNP density and genotyping errors. Genet. Sel. Evol. 45(1): 42.

Forutan, M., Ansari-Mahyari, S., Baes, C., Melzer, N. Schenkel, F.S. and Sargolzaei, M. (2018). Inbreeding andruns of homozygosity before and after genomic selection in North American Holstein cattle. BMC Genomics.19:98

Ghoreishifar, S. M., Moradi-Shahrbabak, H., Parna, N., Davoudi, P., and Khansefid, M. (2019). Linkage disequilibrium and within-breed genetic diversity in Iranian Zandi sheep. Archives Animal Breeding, 62(1), 143-151.

Gibson, J., Morton, N. E., and Collins, A. (2006). Extended tracts of homozygosity in outbred human populations. Human Molecular Genetics, 15(5), 789-795.

Illumina. (2011). Quality scores for next-generation sequencing. Retrieved from http://www.illumina.com/documents/products/technotes/technote_Q-Scores.pdf                              

Keller, M.C., Visscher, P.M., and Goddard, M.E. (2011). Quantification of inbreeding due to distant ancestorsand its detection using dense single nucleotide polymorphism data. Genetics.189(1), 237-249.

Kuhnlein, U., Zadworny, D., Dawe, Y., Fairfull, R. W., and Gavora, J. S. (1990). Assessment of inbreeding by DNA fingerprinting: development of a calibration curve using defined strains of chickens. Genetics, 125(1), 161-165.

Lencz, T., C. Lambert, P. DeRosse, K.E. Burdick, T.V. Morgan, J.M. Kane, R. Kucherlapati, and A.K. Malhotra. (2007). Runs of homozygosity reveal highly penetrant recessive loci in schizophrenia. In Proceedings of the National Academy of Sciences. 104(50): 19942-19947.

Lush, J.L. (1945). Animal breeding plans. 3rd ed. Iowa State University Press Iowa

Malécot, G., and D.M. Yermanos. (1969). The mathematics of heredity. Freeman,San Francisco

Martin, L.C. (2000). Simple genetics. http://studbook.co.za/blup/inbreed.html.

McQuillan, R., A.-L. Leutenegger, R. Abdel-Rahman, C.S. Franklin, M. Pericic, L. Barac-Lauc, N. Smolej-Narancic, B. Janicijevic, O. Polasek, and A. Tenesa. (2008). Runs of homozygosity in European populations. Am. J. Hum. Genet. 83(3): 359-372

Meuwissen, T.H. (1997). Maximizing the response of selection with a predefined rate of inbreeding. J. Anim. Sci. 75(4): 934-40.

Pryce, J.E., B.J. Hayes, and M.E. Goddard. (2012). Novel strategies to minimize progeny inbreeding while maximizing genetic gain using genomic information. J. Dairy Sci. 95(1): 377-88.

Purfield, D.C., D.P. Berry, S. McParland, and D.G. Bradley. (2012). Runs of homozygosity and population history in cattle. BMC Genet. 13(1): 70.

Saura, M., Fernández, A., Rodríguez, M. C., Toro, M. A., Barragán, C., Fernández, A. I., and Villanueva, B. (2013). Genome-wide estimates of coancestry and inbreeding in a closed herd of ancient Iberian pigs. PLoS One, 8(10), e78314.

Sölkner, J., M. Ferencakovic, B. Gredler, and I. Curik. (2010). Genomic metrics of individual autozygosity, applied to a cattle population. In 61st Annual Meeting of the European Association of Animal Production.

VanRaden, P.M. (2008). Efficient methods to compute genomic predictions. J. Dairy Sci. 91(11): 4414-23.

Vogt D. Swarts H.A. and Massey J. (1993). Inbreeding: It’s meaning Uses and effectson farm animals. http://www.muextension .missouri.edu/.

Wright, S. (1922). Coefficients of inbreeding and relationship. Amer. Nat. 56(645): 330-338.