تعداد نشریات | 161 |
تعداد شمارهها | 6,532 |
تعداد مقالات | 70,500 |
تعداد مشاهده مقاله | 124,087,942 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 97,190,982 |
تجزیه ساختار و تنوع ژنتیکی ارقام جو با استفاده از نشانگرهای اس.ان.پی | ||
علوم گیاهان زراعی ایران | ||
مقاله 5، دوره 49، شماره 2، مرداد 1397، صفحه 35-59 اصل مقاله (782.56 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijfcs.2017.233380.654321 | ||
نویسندگان | ||
رضا عطایی* 1؛ مجید غلامحسینی2؛ حسین احمدی2 | ||
1موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
2موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
چکیده | ||
جو یکی از مهمترین گیاهان خانواده غلات است و از نظر اهمیت اقتصادی در مقام چهارم دنیا قرار گرفته است. وجود تنوع ژنتیکی اساس برنامههای اصلاحی است و برای بهبود گیاهان زراعی ضروری است. نشانگرهای اس.ان.پی به دلیل فراوانی زیاد در ژنوم یکی از بهترین نشانگرها برای مطالعه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت است. در این مطالعه 100 رقم جو پاییزه با استفاده از 3964 نشانگر اس.ان.پی با MAF بیشتر از ده درصد مورد ارزیابی قرار گرفت. دامنه شاخص PIC در کل جمعیت از 0.19 تا 0.5 با میانگین 0.39بود. مقدار این شاخص برای اغلب نشانگرها (3352 نشانگر) بیشتر از 0.25 بود. میانگین شاخص PIC بر روی کروموزومهای مختلف از 0.37 (کروموزومهای شماره 2 و 5) تا 0.42(کروموزومهای شماره 3 و 7) متغیر بود. تعیین ساختار جمعیت نشان داد که ژنو تیپها بر اساس نشانگرهای مورد استفاده در دو زیرگروه قرار میگیرند که با مورفولوژی دوردیفه یا شش ردیفه بودن سنبله مطابقت داشت. تجزیه واریانس مولکولی و تعیین شاخص Fst در نواحی از ژنوم که باعث تمایز دو زیرجمعیت شدهاند، نشان داد این مناطق ژنومی با ژنهای کنترلکننده مورفولوژی سنبله هممکان هستند. میانگین عدم تعادل لینکاژی با افزایش فاصله ژنتیکی کاهش یافت و در داخل زیرگروهها بیشتر از عدم تعادل موجود در کل جمعیت بود. عدم تعادل ژنتیکی در ارقام شش ردیفه نسبت به ارقام دو ردیفه روند کاهشی سریعتری داشت. این پژوهش نشان داد تنوع ژنتیکی قابل ملاحظهای در ارقام جو پاییزه وجود دارد و میتوان از آن در برنامههای اصلاحی استفاده کرد. | ||
کلیدواژهها | ||
تنوع ژنتیکی؛ ساختار جمعیت؛ عدم تعادل لینکاژی؛ اس.ان.پی | ||
مراجع | ||
10. Flint-Garcia, S. A., Thornsberry, J. M. & IV, B. (2003). Structure of Linkage Disequilibrium in Plants. Annual Review of Plant Biology, 54(1), 357-374. 11. Flint‐Garcia, S. A., Thuillet, A. C., Yu, J., Pressoir, G., Romero, S. M., Mitchell, S. E., Doebley, J., Kresovich, S., Goodman, M. M. & Buckler, E. S. (2005). Maize association population: a high‐resolution platform for quantitative trait locus dissection. The plant journal, 44(6), 1054-1064. 12. Gupta, P. K. & Varshney, R. K. (2005). Cereal genomics: an overview. Cereal Genomics (pp. 1-18): Springer. 13. Hamblin, M. T., Close, T. J., Bhat, P. R., Chao, S., Kling, J. G., Abraham, K. J., Blake, T., Brooks, W. S., Cooper, B. & Griffey, C. A. (2010). Population structure and linkage disequilibrium in US barley germplasm: implications for association mapping. Crop Science, 50(2), 556-566. 14. Hammer, Ø., Harper, D. A. T. & Ryan, P. D. (2001). PAST: Paleontological Statistics Software Package for Education and Data Analysis. Palaeontologia Electronica, 4(1), 1-9. 15. Jacoby, W. G. (2000). Loess:: a nonparametric, graphical tool for depicting relationships between variables. Electoral Studies, 19(4), 577-613. 16. Jain, S. M., Brar, D. S. & Ahloowalia, B. S. (2002). Molecular Techniques in Crop Improvement. Kluwer Academic Pub. 17. Kanazin, V., Talbert, H., See, D., DeCamp, P., Nevo, E. & Blake, T. (2002). Discovery and assay of single-nucleotide polymorphisms in barley (Hordeum vulgare). Plant molecular biology, 48(5-6), 529-537. 18. Kraakman, A. T., Niks, R. E., Van den Berg, P. M., Stam, P. & Van Eeuwijk, F. A. (2004). Linkage disequilibrium mapping of yield and yield stability in modern spring barley cultivars. Genetics, 168(1), 435-446. 19. Laurentin, H. (2009). Data analysis for molecular characterization of plant genetic resources. Genetic Resources and Crop Evolution, 56(2), 277-292. 20. Malysheva-Otto, L. V., Ganal, M. W. & Röder, M. S. (2006). Analysis of molecular diversity, population structure and linkage disequilibrium in a worldwide survey of cultivated barley germplasm (Hordeum vulgare L.). BMC genetics, 7(1), 6. 21. Mandel, J. R., Nambeesan, S., Bowers, J. E., Marek, L. F., Ebert, D., Rieseberg, L. H., Knapp, S. J. & Burke, J. M. (2013). Association Mapping and the Genomic Consequences of Selection in Sunflower. PLoS genetics, 9(3), e1003378. 22. Mayer, K. F., Taudien, S., Martis, M., Šimková, H., Suchánková, P., Gundlach, H., Wicker, T., Petzold, A., Felder, M. & Steuernagel, B. (2009). Gene content and virtual gene order of barley chromosome 1H. Plant Physiology, 151(2), 496-505. 23. Melchinger, A. E., Graner, A., Singh, M. & Messmer, M. M. (1994). Relationships among European barley germplasm: I. Genetic diversity among winter and spring cultivars revealed by RFLPs. Crop Science, 34(5), 1191-1199. 24. Nasu, S., Suzuki, J., Ohta, R., Hasegawa, K., Yui, R., Kitazawa, N., Monna, L. & Minobe, Y. (2002). Search for and analysis of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in rice (Oryza sativa, Oryza rufipogon) and establishment of SNP markers. DNA research, 9(5), 163-171. 25. Nour-Mohammadi, G., Siadat, A. & Kashani, A. (2004). Cereal Crops (Vol. 1). Iran. Shahid Chamran University. 26. Pasam, R. K., Sharma, R., Malosetti, M., van Eeuwijk, F. A., Haseneyer, G., Kilian, B. & Graner, A. (2012). Genome-wide association studies for agronomical traits in a world wide spring barley collection. BMC Plant Biology, 12(1), 16. 27. Pasam, R. K., Sharma, R., Walther, A., Özkan, H., Graner, A. & Kilian, B. (2014). Genetic diversity and population structure in a legacy collection of spring barley landraces adapted to a wide range of climates. PLoS One, 9(12), e116164. 28. Paschou, P., Ziv, E., Burchard, E. G., Choudhry, S., Rodriguez-Cintron, W., Mahoney, M. W. & Drineas, P. (2007). PCA-correlated SNPs for structure identification in worldwide human populations. PLoS genetics, 3(9), 1672-1686. 29. Pritchard, J. K., Stephens, M. & Donnelly, P. (2000). Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics, 155(2), 945-959. 30. Ramsay, L., Comadran, J., Druka, A., Marshall, D. F., Thomas, W. T., Macaulay, M., MacKenzie, K., Simpson, C., Fuller, J. & Bonar, N. (2011). INTERMEDIUM-C, a modifier of lateral spikelet fertility in barley, is an ortholog of the maize domestication gene TEOSINTE BRANCHED 1. Nature genetics, 43(2), 169-172. 31. Rostoks, N., Ramsay, L., MacKenzie, K., Cardle, L., Bhat, P. R., Roose, M. L., Svensson, J. T., Stein, N., Varshney, R. K. & Marshall, D. F. (2006). Recent history of artificial outcrossing facilitates whole-genome association mapping in elite inbred crop varieties. Proceedings of the National Academy of Sciences, 103(49), 18656-18661. 32. Schulte, D., Close, T. J., Graner, A., Langridge, P., Matsumoto, T., Muehlbauer, G., Sato, K., Schulman, A. H., Waugh, R. & Wise, R. P. (2009). The international barley sequencing consortium—at the threshold of efficient access to the barley genome. Plant Physiology, 149(1), 142-147. 33. Shahinnia, F., Ebrahim Sayed-Tabatabaei, B., Sato, K., Pourkheirandish, M. & Komatsuda, T. (2009). Mapping of QTL for intermedium spike on barley chromosome 4H using EST-based markers. Breeding science, 59(4), 383-390. 34. Sreenivasulu, N., Graner, A. & Wobus, U. (2008). Barley genomics :an overview. International journal of plant genomics, 2008, 1-13. 35. Stracke, S., Presterl, T., Stein, N., Perovic, D., Ordon, F. & Graner, A. (2007). Effects of introgression and recombination on haplotype structure and linkage disequilibrium surrounding a locus encoding Bymovirus resistance in barley. Genetics, 175(2), 805-817. 36. Tondelli, A., Xu, X., Moragues, M., Sharma, R., Schnaithmann, F., Ingvardsen, C., Manninen, O., Comadran, J., Russell, J. & Waugh, R. (2013). Structural and temporal variation in genetic diversity of European spring two-row barley cultivars and association mapping of quantitative traits. The plant genome, 6(2), 1-14. 37. Wicker, T., Narechania, A., Sabot, F., Stein, J., Vu, G. T., Graner, A., Ware, D. & Stein, N. (2008). Low-pass shotgun sequencing of the barley genome facilitates rapid identification of genes, conserved non-coding sequences and novel repeats. BMC genomics, 9(1), 518. 38. Wicker, T., Schlagenhauf, E., Graner, A., Close, T., Keller, B. & Stein, N. (2006). 454 sequencing put to the test using the complex genome of barley. BMC genomics, 7(1), 275. 39. Yeh, F. C., Yang, R., Boyle, T., Ye, Z. & Mao, J. X. (1999). POPGENE, version 1.32: the user friendly software for population genetic analysis. Molecular Biology and Biotechnology Centre, University of Alberta, Edmonton, AB, Canada. 40. Zhang, L. Y., Marchand, S., Tinker, N. A. & Belzile, F. (2009). Population structure and linkage disequilibrium in barley assessed by DArT markers. Theoretical and Applied Genetics, 119(1), 43-52.
| ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 506 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 533 |