سامانه پشتیبانی خدمات اطلاعات

  اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات161
تعداد شماره‌ها6,573
تعداد مقالات71,037
تعداد مشاهده مقاله125,511,351
تعداد دریافت فایل اصل مقاله98,773,760
پرنا, ناهید, نجاتی جوارمی, اردشیر, صادقی, مصطفی, عبداللهی آرپناهی, رستم. (1397). تأثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی‌های ژنگانی. , 49(1), 73-81. doi: 10.22059/ijas.2018.227090.653506
ناهید پرنا; اردشیر نجاتی جوارمی; مصطفی صادقی; رستم عبداللهی آرپناهی. "تأثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی‌های ژنگانی". , 49, 1, 1397, 73-81. doi: 10.22059/ijas.2018.227090.653506
پرنا, ناهید, نجاتی جوارمی, اردشیر, صادقی, مصطفی, عبداللهی آرپناهی, رستم. (1397). 'تأثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی‌های ژنگانی', , 49(1), pp. 73-81. doi: 10.22059/ijas.2018.227090.653506
پرنا, ناهید, نجاتی جوارمی, اردشیر, صادقی, مصطفی, عبداللهی آرپناهی, رستم. تأثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی‌های ژنگانی. , 1397; 49(1): 73-81. doi: 10.22059/ijas.2018.227090.653506

تأثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی‌های ژنگانی

علوم دامی ایران
مقاله 8، دوره 49، شماره 1، خرداد 1397، صفحه 73-81    اصل مقاله (663.17 K)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2018.227090.653506
نویسندگان
ناهید پرنا1؛ اردشیر نجاتی جوارمی2؛ مصطفی صادقی* 2؛ رستم عبداللهی آرپناهی3
1دانشجوی کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
2دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
3استادیار، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران
چکیده
با دسترسی به اطلاعات نشانگرهای تک نوکلئوتیدی (SNP­)، پیش­بینی شایستگی ژنتیکی افراد بدون اطلاعات پدیدگانی (فنوتیپی) با استفاده از ارزیابی ژنگانی (ژنومی) امکان­پذیر شده است. لیکن، استفاده از تراشه (چیپ)‌های متراکم برای ارزیابی همۀ افراد جمعیت مقرون‌به‌صرفه نیست. برای دستیابی به بیشترین بازدهی در بررسی‌های ژنگانی می­توان گروهی از حیوان‌ها را با تراشه­های با تراکم بالا و دیگر افراد را با تراشه­های کم­تراکم تعیین نژادگان­ (ژنوتیپ) کرد، سپس آن‌ها را به تراکم بالا اسناد (ایمپیوت) کرد. در این بررسی، تأثیر سه تراشۀ کم­تراکم (1k، 2k و 4k)، اسناد‌شده به تراکم بالای 10k و رابطۀ ­خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت­های تأیید بر درستی ارزیابی ژنگانی و نیز همبستگی ارزش­های اصلاحی برآورد­شده در تراشه­های مختلف با استفاده از دادۀ همانند‌سازی­شده، بررسی شد. برای ساختن تراشه­های کم­تراکم، 10، 20 و 40 درصد از نشانگرهای 10k به‌صورت تصادفی انتخاب شدند. اسناد کردن (ایمپیوتیشن) با استفاده از نرم­افزار FImpute صورت گرفت. به‌طورکلی با افزایش تراکم نشانگری، همبستگی بین ارزش­های اصلاحی برآورد­شده به‌دست‌آمده از تراشه­های مختلف افزایش پیدا کرد. به‌گونه‌ای که، درستی ارزیابی ژنگانی تراشۀ کم­تراکم 4k و تراشۀ متراکم 10k همسان بودند. همچنین پس از اسناد کردن نژادگان­های تراشۀ 4k به 10k، تفاوتی بین درستی ارزیابی­های ژنگانی ایجاد نشد. با افزایش فاصلۀ جمعیت مرجع و جمعیت­های تأیید، درستی اسناد کردن کاهش یافت.
کلیدواژه‌ها
رابطۀ خویشاوندی؛ نشانگر؛ همانند‌سازی
مراجع
  1. Berry, D. P., McClure, M. C., Waters, S., Weld, R., Flynn, P., Creevey, C. & Mullen, M. P. (2013). Development of a custom genotyping panel for dairy and beef cattle breeding and research. Advances in Animal Biosciences, 4, 249.
  2. Bolormaa, S., Gore, K., Werf, J. H. J., Hayes, B. J. & Daetwyler, H. D. (2015). Design of a low‐density SNP chip for the main Australian sheep breeds and its effect on imputation and genomic prediction accuracy. Animal Genetics, 46(5), 544-556.
  3. Goddard, M. E. & Hayes, B. J. (2007). Genomic selection. Journal of Animal Breeding and Genetics, 124(6), 323-330.
  4. Habier, D., Fernando, R. L. & Dekkers, J. C. (2009). Genomic selection using low-density marker panels. Genetics, 182(1), 343-353.
  5. Harris, B. L., Creagh, F. E., Winkelman, A. M. & Johnson, D. L. (2011). Experiences with the Illumina high density bovine beadchip. Interbull Bulletin, (44).
  6. Hayes, B. J. & Goddard, M. E. (2001). Prediction of total genetic value using genome-wide dense marker maps. Genetics, 157(4), 1819-1829.
  7. Judge, M. M., Kearney, J. F., McClure, M. C., Sleator, R. D. & Berry, D. P. (2016). Evaluation of developed low-density genotype panels for imputation to higher density in independent dairy and beef cattle populations. Journal of Animal Science, 94(3), 949-962.
  8. Marchini, J. & Howie, B. (2010). Genotype imputation for genome-wide association studies. Nature Reviews Genetics, 11(7), 499-511.
  9. Meuwissen, T. H., Hayes, B. J. & Goddard, M. E. (2001). Prediction of total genetic value using genome-wide dense marker maps. Genetics, 157(4), 1819-1829.
  10. Ogawa, S., Matsuda, H., Taniguchi, Y., Watanabe, T., Takasuga, A., Sugimoto, Y. & Iwaisaki, H. (2016). Accuracy of imputation of single nucleotide polymorphism marker genotypes from low‐density panels in Japanese Black cattle. Journal of Animal Science, 87(1), 3-12.
  11. Sargolzaei, M., Chesnais, J. P. & Schenkel, F. S. (2014). A new approach for efficient genotype imputation using information from relatives. BMC Genomics, 15:478.
  12. Schaeffer, L. R. (2006). Strategy for applying genome‐wide selection in dairy cattle. Journal of Animal Breeding and Genetics, 123(4), 218-223.
  13. Solberg, T. R., Sonesson, A. K. & Woolliams, J. A. (2008). Genomic selection using different marker types and densities. Journal of Animal Science, 86(10), 2447-2454.
  14. Szyda, J., Zukowski, K., Kaminski, S. & Zarnecki, A. (2013). Testing different single nucleotide polymorphism selection strategies for prediction of genomic breeding values in dairy cattle based on low density panels. Czech Journal of Animal Science, 58(3), 136-145.
  15. Technow FR [Package hypred]. (2011). Simulation of Genomic Data in Applied Genetics. University of Hohenheim.
  16. VanRaden, P. M. (2008). Efficient methods to compute genomic predictions. Journal of Dairy Science, 91, 4414-23.
  17. VanRaden, P. M., Van Tassell, C. P., Wiggans, G. R., Sonstegard, T. S., Schnabel, R. D., Taylor, J. F. & Schenkel, F. S. (2009). Invited review: Reliability of genomic predictions for North American Holstein bulls. Journal of Dairy Science, 92, 16-24.
  18. Wiggans, G. R., VanRaden, P. M. & Cooper, T. A. (2011). The genomic evaluation system in the United States: Past, present, future. Journal of Dairy Science, 94(6), 3202-3211.
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 488
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 297





سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب