شناسایی و آنالیز حذف و درجها در ژنوم شترهای تککوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنوم | ||
| تولیدات دامی | ||
| مقاله 9، دوره 20، شماره 1، بهار 1397، صفحه 109-120 اصل مقاله (813.7 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/jap.2018.242902.623229 | ||
| نویسندگان | ||
| رضا خلخالی ایوریق1؛ سید حسن حافظیان* 2؛ نعمت هدایت ایوریق3؛ ایوب فرهادی4؛ محمدرضا بختیاری زاده5 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری ایران | ||
| 2گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران | ||
| 3دانشگاه محقق اردبیلی- دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- گروه علوم دامی | ||
| 4ساری، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، دانشکده کشاورزی، گروه علوم دام و آبزیان، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی/ بیوتکنولوژی/ سیتوژنتیک و نقشه یابی ژن ها/ کشت سلولی/ مهندسی ژنتیک | ||
| 5پردیس ابوریحان، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی/ بیوانفورماتیک | ||
| چکیده | ||
| این مطالعه به منظور شناسایی حذف و درجهای (ایندلها) موجود در ژنوم شتر تککوهانه ایرانی و ارزیابی گروههای عملکردی مرتبط با آنها، با استفاده از دادههای توالییابی شده ژنوم کامل دو نفر شتر تککوهانه ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. در این تحقیق، برای افزایش دقت و صحت ایندلهای شناسایی شده، از دو برنامه قدرتمند شناسایی واریانت (GATK و SAMtools) استفاده گردید. در نهایت، تنوعهای شناسایی شده مشترک بین دو برنامه، بعد از پالایش کیفی به عنوان ایندلهای نهایی در نظر گرفته شدند. مطالعه حاضر منجر به شناسایی تعداد 351429 ایندل برای شتر یزدی و 341479 ایندل برای شتر طرودی شد. برای انجام آنالیزهای بیشتر، از ایندلهایی استفاده شد که در حاشیهنویسی به عنوان واریانتهای با اثر بالا طبقهبندی شده بودند. تعداد ایندلهای با اثر بالا به ترتیب برای شتر یزدی و طرودی برابر با 3424 و 3506 بودند. برای انجام مقایسه بین نمونه شترهای ایرانی و شترهای غیر ایرانی، از دادههای توالییابی کل ژنوم یک نمونه شتر با منشاء آفریقایی استفاده شد. مقایسه ایندلهای با اثر بالا بین سه نمونه، نشان داد که تعداد 1595 ایندل، بین آنها مشترک میباشند. ارزیابی نتایج ژن آنتولوژی نشان داد که بسیاری از عبارات معنیدار شده، مربوط به توانایی شترها برای تحمل شرایط سخت بیابانی میباشند. | ||
| کلیدواژهها | ||
| ایندل؛ ایلومینا؛ تنوع ژنتیکی؛ ژن آنتولوژی؛ گروههای عملکردی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 997 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 623 |
||